甲午戰爭打起來了。進入軍事統帥狀態的皇帝抑鬱一掃而光。他命令太監把記載聖祖皇帝平定準噶爾經過的《聖武記》搬到乾清宮，徹夜不眠地研究列祖列宗用兵的方略，仿照他們的口氣，雷厲風行地下達着一道又一道充斥着“決一死戰”、“迎頭痛擊”等雄性詞彙的作戰方略。親政以來，他終於能夠親自指揮帝國航船的航向，真正擔負起國家的重任，怎麼能不殫精竭慮、全力以赴。

然而，精讀過孫子兵法和《聖武記》並不證明皇帝就懂軍事，特別是近代軍事。戰爭過程與他的想像大相徑庭。清軍與日軍第一次交鋒於朝鮮成歡驛，即遭慘敗，不得不退守平壤。對此小挫，皇帝不以為意，勝敗乃兵家常事。此戰之後，他正式聲明對日宣戰，命對日本“迎頭痛擊，悉數殲除，毋得稍有退縮”（《清光緒朝中日交涉史料》）。然而，出乎他意料的是，在正式宣戰之後，清軍仍然一反他的指示，節節退縮，及至9月平壤之戰，朝廷寄予厚望的李鴻章嫡系精兵又一次全面潰敗，此後不到半個月，清軍全部被趕過鴨綠江，日本不費吹灰之力就占領了全朝鮮。

皇帝大為震怒。他認為這無疑是李鴻章指揮不力的結果。這個老滑頭顯然缺乏戰爭的決心和勇氣，所以他的部下才這樣缺乏血性和忠勇。皇帝以李鴻章未能迅赴戎機，日久無功，拔去三眼花翎，交部嚴加議處。希望他“激發天良”，痛改前非，用心指揮。（《清德宗實錄》）

然而諭旨還沒有發到李鴻章處，1894年10月，日本軍隊突破由三萬中國重兵把守的鴨綠江，排闥直入，兵鋒直指瀋陽。把守鴨綠江的是以敢戰聞名的悍將宋慶，他的部下也是中國軍隊中裝備最好、最精銳的部分，中國軍人在鴨綠江防衛戰中的表現也堪稱勇敢頑強，然而在日軍的強大火力面前仍然不堪一擊。直到這時，皇帝才發現，問題不是清軍不“敢於勝利”而是中國的軍事實力和日本根本不在同一水平線上。

慌了神的皇帝如同站在大堤決口旁的指揮者，第一反應就是全力以赴地試圖堵住缺口。聖旨雪片一樣從京師飛來，每一道都口氣急迫。皇帝要求將軍們竭盡全力把日本人就地截住，不得讓他們前進一步。

皇帝不知道，他這樣指揮，正是犯了軍法的大忌。日軍侵入中國境內的那一刻，李鴻章就已經明白這場局部戰爭已經演變成一場決定國家生死存亡的命運之戰。他給皇帝上了道長長的奏摺，提出了“打持久戰”的戰略主張。他說，形勢很明顯，敵強我弱，日軍利於速戰速決，我軍利於“持久拖延”。日本的國力無法支持它打一場漫長的戰爭，如果中國能以空間換時間，不爭一城一地之得失，把日本拖住，就能把日本人拖垮。相反，如果我們急於爭鋒，那麼就會在陣地戰中迅速消耗自己的力量。

應該說，李鴻章提出的“持久戰”主張是當時的唯一取勝之道。他是中國歷史上“持久戰”概念的首創者，這堪稱對中國軍事史的一個重大貢獻。（劉功成《李鴻章與甲午戰爭》）

然而皇帝卻根本聽不進李鴻章的建議。甚至連那封奏摺他都沒有讀完。他沒有這個耐心。日軍在中國境內越深入，皇帝就越驚惶。他最擔心的是日本人接近北京，讓他和太后再上演一次倉皇北逃的慘劇。戰前下的所有決心這時都已不翼而飛，他所有的心思，都放在如何把日本阻止住上面。他不能靜下心來分析整個局勢，沒有興趣在大腦中預演幾步之後的棋局，只是如同一個低劣的棋手一樣，憑着條件反射式的本能，盲目地把棋子一個個往前送。他一日不停地把各地最優秀的軍隊調上前線。他催戰甚急，對所有的前方將帥都不滿意。他對他們的態度只有兩種，一種是不斷的指責，指責他們不負責任，“玩誤”，“膽怯”，“無謀略。”另一種是恫嚇，動不動就以“有畏葸玩延情弊，即按軍律懲辦”、“軍法從事”、“決不寬貸”的聖旨相威脅。在他的不斷催促下，中國最精銳的部隊不斷被送上鋒線，不斷被日軍吞噬，這正中日本人的下懷。

陸軍的失敗，很大程度上與皇帝的指揮思想有關。海軍也同樣如此。皇帝的邏輯是只要戰敗就是有罪。甲午戰爭的第一戰豐島海戰之後，皇帝對海軍提督丁汝昌即極為不滿，認為他“畏葸無能，巧滑避敵”，要撤他的職，經過李鴻章力保，才僥倖留任，不過皇帝對丁的惡感一直沒有消除。

皇帝不懂海軍作戰規律，但是卻屢屢瞎指揮。戰爭正式打響後，光緒皇帝聽說日軍軍艦深入威海、旅順海口活動，深怕日本海軍進攻天津，並由天津威脅北京，遂下令命丁汝昌：“威海、大連灣、煙臺、旅順等處，為北洋要隘門戶，海軍各艦應在此數處來往梭巡，嚴行扼守，不得遠離，勿令一船闌入，倘有疏虞，定將丁汝昌從重治罪。”（《清光緒朝中日交涉史料》）這道聖旨，導致北洋艦隊從此放棄遠巡，主動放棄了制海權，極大地束縛了北洋水師，使海軍處於單純防禦，被動挨打的境地。

日軍圍攻威海，制定好了引誘北洋艦隊駛出威海衛港，在外海殲滅的戰略方針後，光緒皇帝似乎是為了配合日軍作戰，屢次電旨催逼剩下的幾艘戰艦，出海作戰。只是由於丁汝昌堅決不同意，才沒上日本人的圈套。

北洋海軍的最後覆沒，與光緒皇帝賞罰失當有直接關係。幾乎從戰爭開始，皇帝就不斷下嚴旨，威脅要將那些不敢拼命的海軍軍官們“從重治罪”。在皇帝的威脅下，著名勇將鄧世昌、劉步蟾、楊用霖先後自殺，最高統帥丁汝昌承受的精神壓力更大，“惟望死於戰陣”，每次作戰，他都身先士卒，站立在無保護的地方，“恆挺身外立，以求解脫。” （《甲午中日海戰見聞記》）希望用戰死來解脫壓力。在自殺殉國後，丁汝昌仍然被光緒“朝旨褫職，籍沒家產”，兒孫流離失所。直到光緒死後，才被恢復名譽。（陳詩《丁汝昌傳》）

中日戰爭中，光緒皇帝表現出了晚清統治者少有的血性，或者說，是堅定的愛國主義精神。然而，對於一場戰爭來說，僅僅有熱血是不夠的。在戰爭中，年輕皇帝的性情急躁，缺乏耐心暴露無遺。他的急脾氣實在不適合指揮戰爭。