最严重的自然灾害是连续数年的干旱。明朝崇祯五年至十五年（公元1632～1642年）间，黄河流域发生了连续11年的大旱，这是近500年来连旱时间最长、受灾范围最广的一次极为严重的旱灾。干旱初期，黄河流域仅少数地区有庄稼受害和人畜饥馑的现象。后来旱区向南扩展到苏、皖等省，个别地区有人相食的现象。到了1640年和1641年，年降水不足300毫米，每年5月至9月旱情加重，禾苗尽枯，庄稼绝收。山西汾水、漳河均枯竭。河北九河俱干，白洋淀涸。这种淀竭、河涸现象遍及各地，人吃人现象严重发生了。1640年，晋、陕、冀、鲁、豫严重干旱还伴随着蝗虫灾害和严重的疫灾，使灾情更趋严重。河南“大旱遍及全省，禾草皆枯，洛水深不盈尺，草木兽皮虫蝇皆食尽，人多饥死，饿殍载道，地大荒”。甘肃大片旱区人相食。陕西“绝粜米市，木皮石面食尽，父子夫妇相剖啖，十亡八九”。崇祯十二年（公元1639年），每石米价银一两，崇祯十三年以后，石米涨到银3两至5两，加上沉重的赋役，民不聊生，迫使农民揭竿而起，起义不断，导致明朝崩溃。