清军进克永昌。李定国即渡潞江,于磨盘山设伏同清兵吴三桂部展开了一场殊死之战,迫使吴三桂不敢再追。可永历帝还是安不下心来,一听慌报,便乘夜色离腾越西逃。就在这紧急的时刻,护将孙崇雅率兵哗变,“群臣妻子不及相顾,叛卒乘机剽掠,贵人、宫嫔亦失过半矣。”此时,永历帝已心如死灰,意识到“明朝晾没有中兴之日”了;眼见从臣多弃之而去,再无偷生之地,遂决意遁入缅甸,苟延时日。

意欲入缅的请求禀告缅甸东吁王朝朝廷后,缅王说,永历如有适当保证,可以前来。永历君臣遂于正月二十九日进入云南边关八关之一铜壁关。缅方提出从臣以下不得带兵器。众臣以为不可,然永历帝却命从者弃兵器。二月,永历帝抵大金沙江(即今缅属伊洛瓦底江)。缅甸东吁朝廷派四舟迎接,只可供永历帝及少数人用,其余自行买舟用。随从1478人,分水陆两路前往缅甸都城阿瓦王宫向缅王平达格力(Pindale,1648-1661年在位)朝贺。

缅王平达格力恩准永历帝与其从人居于实皆。永历帝草房为居,以竹为城,寄人篱下,无异于软禁的囚犯。不少拥戴和跟随永历帝者,无辜被缅兵杀害。有些不堪忍受虐待的随从,脱离永历政权,逃亡暹罗。李定国不肯随从永历帝入缅,率领余部到滇缅交界的勐缅(今临沧),组织抗清斗争。

永历入缅后,李定国、白文选极为不安,想尽一切办法力图使永历帝从缅甸人的控制下摆脱出来。先是白文选从木邦追赶永历帝,二月初五日追到缅京阿瓦,实际只差六十里,因无音信,只得返回。李定国上表三十余次派人去实皆迎接,因缅廷的为难和马吉翔的从中阻扰而没有结果。

永历十四年(顺治十七年,1660年)夏,白文选从木邦来到孟艮(今缅甸景栋)与李定国商定共同去接永历帝。次年二月和八月,他们两次领兵赴阿瓦,要求缅廷交出永历帝。缅廷不但不交,还派象兵与李定国作战。白文选领兵来了个横击,才把缅军打败。

入缅的永历流亡政府,大权操在马吉翔手中。他对李定国派来接永历帝的使者,谎称永历帝已航海到福建去了。沐天波主张奉永历帝逃离实皆去投奔李定国也被马吉翔阻止。马吉翔深恐回国后自己的罪行会遭到清算,力阻永历帝回国。

永历十五年(顺治十八年,1661年)四月,吴三桂上疏清廷,“请军入缅,以靖根株。”顺治帝从其言,决计进兵缅甸。

清廷命缅王平达格力交出永历帝。缅王不从。而王弟莽白不顾其兄的反对,表示同意。

1661年,缅甸王室发生政变,莽白弑兄自立(1661-1672年在位)。莽白一改其兄的政策,要除掉永历帝从臣,便编造理由,派人对永历帝说,你们的人心不良,请饮咒水,然后就可以和当地人民自由贸易,否则不能长久给予供应。马吉翔认为缅甸的风俗就是敬鬼重誓,沐天波对此颇持异议。七月十九日,马吉翔胁迫沐天波等文武大臣、内监43人(包括马本人)前去饮咒水,结果去了之后就被缅兵包围,再命令一个接一个外出,出来之后三十人搏杀一人,43人均遭杀害。同时,另一部分缅兵闯入永历君臣所居之处,抢掠财物。从臣妻女与贵人、宫女纷纷自尽。永历帝也如待决的囚犯,同其母等宫眷25人聚于一间斗室得免于难。他惊惧成病,痰火旧症复发。

缅王莽白为向清廷表明心迹,命人遣永历帝速居原处,送以衣被,暂安其心,而余存之300余人,无一不病,死者甚众。

永历十五年(顺治十八年,1661年)十月,吴三桂领清兵十万,从大理、腾越出边,向缅甸进发。清军昼夜兼程行300里,直趋缅甸都城阿瓦,传令交出永历帝,否则兵临城下,后悔莫及。

十二月初一日,永历帝给吴三桂写了一封长信,极力吹捧吴,以崇祯帝待之“可谓甚厚”,希图唤起吴的怜悯之心。

吴三桂没有因永历帝的哀求而改变主意。十二月初三日,缅廷遵照清军意图,到永历帝住所谎说李定国军至,挟持永历帝及眷属步行,过五里外,渡河,天黑路迷,有人背永历帝登岸。永历帝问:“你是什么人?”回答:“我就是大清平西王吴三桂的前锋高得捷。”永历帝立刻全明白了。

康熙元年(1662年)三月,永历帝及其眷属被挟持到云南昆明。清廷下令不必到北京献捷。四月二十五日(公历1662年5月11日)上午九、十点钟,吴三桂假传圣旨,命人用弓弦将38岁的永历帝、东宫及12岁的儿子慈煊绞杀于昆明篦子坡的一个小庙中。后丛葬于昆明北门外。今竖有“逼死坡”碑石一方以纪其事。

跟随南明永历帝入缅后滞留缅甸的皇族宗室、各部大臣及其家属,以及李定国、白文选为首的武将及其部属三四万人,不得不与缅北掸族、拉祜、佤族等缅甸民族混居、通婚,以农业、采矿业为生,逐渐形成具有移民文化特征的“桂家”、“敏家”、“桂掸”部族,在缅甸土地上繁衍生息。