| 一九六五年印尼政变后的剿共历史余波未了，一些言论指责当局曾大屠杀五十万印共人士，回教界则批评这些言论无视印共当年犯下的罪行。
印尼总统尤多约诺在副总统布迪奥诺、各国家机构首长及文武高官陪同下，十月一日上午前往雅加达郊区鳄鱼洞主持悼念革命七烈士仪式，平面或电子媒体对该事件甚少报道。自前总统苏哈图执政时代，十月一日被定为「建国五原则神圣日」，意谓印尼凭建国五原则精神挫败印共被指牵涉的政变，国家元首每逢这天必亲临主持纪念仪式，但近年来人们已把该节日遗忘，因为许多相关史实真相仍未大白。
一九六五年九月三十日晚上，第一任总统苏卡诺侍卫团副团长温东中校发动政变，绑架杀害陆军总司令雅尼将军和其他五名将领及一名初级军官，把尸首掩埋在称为鳄鱼洞的偏僻村落，七人后被封为革命烈士；在日惹，同时也发生陆军军官遭政变集团绑架和杀害事件。当时由陆军少将苏哈图担任司令的陆军战略后备部队与沙尔沃艾地准将（尤多约诺的岳父）所指挥陆军教导团（特种部队）联合展开军事行动，收复在首都被叛军所占多个主要据点，政变阴谋宣告失败。
政变发生后不到七十二小时，陆军和右翼政党及社团即指出，国会第四大党印尼共产党（印共）涉及流血政变。十月四日，数千名大学生联合回教、天主教、基督教和其他右翼政党及团体成员在总统府示威，第一次喊出要求禁止和解散印共及其属下团体。此后直至六六年底的一年多岁月中，陆军与宗教团体尤其是最大回教团体回教士联合会（NU）及属下安梭(Ansor)青年团成员，在多个地区展开剿灭印共党员及支持者行动，造成至少五十万人死亡，另有数十万人被捕，未经审判即遭长达五至十年监禁。
苏哈图上世纪威权统治印尼三十年，虽为印尼现代化和工业化奠下基础，并在改善民生和稳定东南亚局势等方面作出巨大贡献，但被指须对一系列严重践踏人权事件负责，尤其是一九六五至六六年发生的大屠杀。
至于遭杀害人数，至今仍众说纷纭，从二十万至三百万之间，客观估计为五十万人，受影响者近千万人。第四任总统瓦希德九九年底上台后，曾以国家元首和回教长老身份对受害者及其家属道歉，并推动全国大和解，但至今效果不彰；连当年领导安梭青年团与军方合作剿共的瓦希德的叔父尤淑夫哈欣也大力反对。
半官方全国人权委员会于二零零八年六月成立特别调查小组，对大屠杀展开长达四年多调查，亲自访问受害人和证人共三百四十九人，以及视察发生大屠杀的地点。委员会作出结论，一九六五至六六年期间发生了严重违反人权事件，调查结果于今年八月交由最高检察署作进一步侦讯。检方多次表态，由于涉及大屠杀者多已去世或年事已高，审讯工作不容易，进行全国大和解是可行办法。政变中遇害将领后裔如雅尼将军的女儿阿墨丽雅、在军方剿共行动中被击毙的前印共总书记艾迪的儿子伊尔哈姆多年前已积极推动全国大和解，但至今未有显著成果。民间提出尤多约诺仿傚当年瓦希德对受害者家属道歉，但这项要求最近也遭回联部分长老反对。因此，和解之路仍将漫长。
美国导演欧本海默（Joshua Oppenheimer）不久前在多伦多电影节中推出他制作的纪录片《屠杀行动》(The Act of Killing)，内容描述一九六五大屠杀事件，主角是来自棉兰的电影票黄牛安哇尔，他在片中现身说法，叙述当年曾亲手杀死印共及其支持者百余人包括华人在内的往事。该片可能于十月底在全国人权委员会放映，预料将引起震撼。
雅加达《时代周刊》周前也推出长达六十页的封面专题《一九六五年刽子手告白》，其中有十多篇是访问曾参与屠杀印共及其支持者的回教人士，他们都是曾被印共迫害的回联、安梭青年团和回教大学生协会成员。在访谈中，他们对当年的作为全无悔意，因为对象是无神论者或异教徒。
和解之路仍然漫长
有评论指出，自苏哈图倒台后，军方或官方有关六五年政变前因后果论说遭到颠覆，左翼集团甚至指印共牵涉的九月三十日事件是由苏哈图主导。对于最近出现的大屠杀追忆报道，回教界已作出反弹，认为无视印共曾犯下许多罪行，如一九四八年曾杀害四千名回教教士和经学院院士；六十年代初土地基本法出炉后，各地印共分子强行进行土改等。现任安梭青年团团长努斯伦指出，如今，在讨论会或报章上出现的大多是指责军方、回联和安梭青年团成员杀害印共人士的言论，但对印共曾残暴对待回教界的事实却避而不谈。他认为，这是偏颇和有失公正的做法。 | 
