1951年捲入“美國特務案”，撤消了其民盟內外一切職務，並於1953年5月被開除出民盟。1973年6月2日逝世於北京“秦城”監獄。

一九四九年初,張東蓀風雨兼程幫助達成北平政權和平移交着筆，那真是一個天地玄黃的時代背景。二零零九年，北京舉行各種活動，以隆重紀念解放軍入城六十周年。甚至破天荒地免費開放正陽門供百姓參觀，導致人潮洶湧，活動被迫中斷。然而，人們偏偏忘記了對保全北京城立下首功的張東蓀，忘記了這個被扣上“美國特務”的罪名而被囚禁至死的學者、報人和政論家。民國四公子之一的張伯駒當年也曾參與了此事，他這樣寫道：“東蓀先生倡議和平，乃冒險入城奔走斡旋，以為保全。……杯酒之間，化霧瘴為光明。”張東蓀本人也將此事當作一生中的最大成就，認為其意義超過了所著的幾十本書。那時，即使毛澤東也承認：“北平和平解放，張先生第一功。”一個無權無勢的知識分子，在歷史的轉折關頭，很難有機會發揮如此重大的作用。張東蓀功成身退，重執教鞭，甘於寂寞，真是書生本色。
    一九四九年至一九五一年，張東蓀的人生經歷了大起大落，從第一屆中央人民政府委員的輝煌頂點，跌入“美國間諜”、“賣國賊”的賤民行列。短短兩年間，這一切是如何發生的呢？一九五三年，周恩來在一次講話中殺氣騰騰地指出：“民盟出了個張東蓀，他在解放後還供給美國情報，這件事是不可饒恕的。”周恩來多年來與張東蓀保持着密切聯繫，對張有着相當深入的了解，為何不惜指鹿為馬、顛倒黑白呢？更何況無論怎樣追查，當局也沒有拿出證明張東蓀“賣國”的任何證據來。
    一切始於那次西柏坡之行。北平事了，大局已定，中共邀請“民主人士兼大學教授”訪問中共中央所在地西柏坡。西柏坡是中共的驕傲，如後來周恩來所說：“毛主席在世界上最小的司令部里，指揮了最大的人民解放戰爭。”然而，在我看來，西柏坡之於北平，猶如井岡山之於南京、延安之於重慶，象徵着流民文化對現代城市文明的戰勝，象徵着中國當代歷史的頓挫。
    那一次，他們一行四人，由張東蓀帶隊，同行的有費孝通及雷潔瓊夫婦。他們與毛澤東及中共其他高層人士會面，對方此時還頗有禮賢下士之風，但張東蓀與其他三人的感受卻迥然不同，這也就導致了此後他們的人生際遇有天壤之別：費、雷二人在民盟中的資歷遠比張淺，他們被毛的梟雄氣魄折服，也看到毛席捲天下的大勢，遂全心投靠，俯首稱臣。後來，雖然屢受政治運動之折磨，費、雷二人總算修成正果，成為民主黨派的領導人，並進而榮登“黨和國家領導人”的行列。以張東蓀的個性與人格，豈能有如此自我羞辱之舉動？如果他要以保全北平之功勞換取榮華富貴，再加上與中共長期之交往，及在知識界的影響力，本來可以輕而易舉地獲得費孝通、雷潔瓊求之不得的地位。但那就不是張東蓀了。張東蓀要在力所能及的範圍之內表達反對者的立場。他主動疏離新政權，在“黨天下”的新政權之下，保有一書桌而不得，最後惟一的去處只能是監獄。
   張東蓀的西柏坡之行使他與中共漸行漸遠。他雖然不可能看到直到他去世的時候仍未解密的毛澤東於一九四七年十一月三十日發給斯大林的秘密電報，但他在西柏坡所觀察的一切足以支持他讀出毛澤東的心裡話來，這段電文是這樣說的：“在中國革命取得徹底勝利的時期，要像蘇聯和南斯拉夫那樣，所有政黨，除中共以外，都應離開政治舞台，這樣做會大大鞏固中國革命。”
    張東蓀堪稱中共建政之後第一個遭到整肅的自由主義知識分子。他的盟友們紛紛落井下石，也證明反右時候知識分子之間的“自我撕咬”絕對不是第一次、也不是最後一次。毛澤東為何偏偏選中張東蓀作為標靶呢？不僅僅因為他的不合作態度，也不僅僅因為他主張同時與蘇聯和美國保持外交關係、不可“一邊倒”。當時持此種態度或此種主張的人並非張一人，但唯獨張被打入十八層地獄。
    在第一屆中央人民政府主席的選舉中，張東蓀是惟一沒有投票給毛澤東的人，毛澤東失去的那一票並不是他自己“謙虛”地沒有投給自己的，而是張東蓀沒有投給他的。張東蓀破壞了毛澤東獲得“全票”的夢想，傷害了毛澤東脆弱的自尊心。
    對於張東蓀來說，明知如此投票不會達成實際效果，但仍然要這樣投票，戴晴寫道：“終其一生，關於這張票，張東蓀沒說過一個字。……他不說，因為投票，這是屬於他個人的神聖權利；他不說，是因為突然明白，原來這樣一件普通的事情里，竟蘊含着毀滅性危險。他是一個思維縝密但心地單純的學者，沒有能力揣度當了皇上的農民，對‘冒犯’懷有的切齒之恨。”
    在哲學上，張東蓀歷來就反對唯物主義和馬克思主義，二十年代便與若干信奉馬克思主義的人士打過筆仗，但他為何在國共之爭中傾向共產黨一邊呢？難道是因為抗戰初期共產黨的抗日宣傳？難道是因為周恩來等共產黨人的統戰？難道是因為國民黨的腐敗無能？答案恐怕沒有這麼簡單。張東蓀的左傾與章伯鈞、黃炎培、費孝通、雷潔瓊等人投機的選擇有所不同，但他畢竟沒有像胡適、傅斯年、雷震、錢穆等人那樣更早地便看透本質，這又是什麼原因呢？這些疑惑也許要留待後來解決了。
    一九七三年，中美《上海公報》已經公布一年，最早倡議新政權與美國保持外交關係並被扣上“美國奸細”的帽子關押在秦城監獄的張東蓀病危，他留給親人的最後一句話是：“還是我對。”是的，歷史已然公正地證明：毛澤東錯了，張東蓀對了。“還是我對”這四個字，石破天驚，又血淚斑斑。“還是我對”這四個字，不僅定格了張東蓀後半生的悲情與堅守，更濃縮了千千萬萬中國人家破人亡的慘劇與災難。“還是我對”這四個字，讓我想起了蘇格拉底在喝下毒藥之前所說的最後一句話：“現在我該走了，我去赴死；你們去繼續生活，誰也不知道我們之中誰更幸福，只有神才知道。”讓我想起了馬丁•路德在羅馬教廷作出死亡威脅的時候發出的誓言：“這就是我的立場，我沒有別的話可說了。願上帝保佑我。”在此意義上，張東蓀如同“知其不可為而為之”的孔子一樣，如同“雖千萬人，吾往矣”的孟子一樣，如同拿起長矛沖向風車的堂吉訶德一樣，如同推動石頭上山的西西弗斯一樣，如同力挽狂輪、反抗納粹的朋霍費爾牧師一樣。他們固然失敗了，但他們雖敗猶榮。
    張東蓀的精神魅力之所在，也表明人類奮力抗暴、捍衛精神自由的事業將永遠薪火相傳——剿殺思想者獨立精神的戰役中，肉體可以蹂躪，精神與理念卻是無形的。對憲法、公民等等，毛公或許不屑一顧，但他難道忘記，在中華民族精神遺產中，還有所謂貧賤不移、威武不屈與富貴不淫……”(文章來源http://blog.sina.com.cn/s/blog_94d7c3d40100y6of.html)