永曆與孫可望的合作雖然使得抗清鬥爭出現新局面的可能性大為增加，但可惜，可能性並沒有轉化為現實。當孫可望把永曆帝安置於籠中以後，孫可望作為主角登場了，但他不懂如何演好這個主角。

關於孫可望的秉政，一方面，他在明清之際的政治風雲中確實是出來拔萃的人物，治理軍國大政表現了非凡的才能；另一方面，他對權力和地位慾壑難填，以至於利令智昏，因而無法高瞻遠矚，正確地觀察和駕馭全局。就治軍治國的才能而言，他在順治三年冬（1647年1月）張獻忠遇難後接過元氣大損的大西軍領導權，開疆闢土，把久歷戰亂的雲南治理得井井有條。在接管貴州後，也在短期內就把這個貧瘠的省份治理得井然有序，生產迅速得到恢復。雖然，治理雲貴地區的功績不應該全部歸於孫可望一人，但他作為最高決策人所起的作用顯然是至關重要的。而李定國在順治九年以後所取得的輝煌戰果也是同在雲南的休整和有力的後勤支援密切相關的。

孫可望做出聯明抗清的決策是正確的，他在聯絡永曆朝廷的初期備受朱由榔及其廷臣的欺騙與刁難也是事實。從他不失時機地派兵救出永曆皇帝，安置於自己的管轄區來看，表明他對永曆皇帝的號召作用是有所認識的。然而，在如何正確有效利用永曆這面旗幟的問題上，孫可望卻犯下了大錯，沒能交出合格的答卷。他所犯的錯誤在於他光知道暫時需要利用永曆朝廷，卻不能安置得當，注意維護朝廷的表面尊嚴。

當時，原大西軍管轄區內有兩個政治中心，一個是雲南省會昆明，另一個是貴州省會貴陽。昆明是原大西軍四將軍（孫可望，李定國，劉文秀，艾能奇）長期活動的中心，貴陽則是孫可望以“國主”身份發號施令的地方，在這裡孫可望建立了屬於他自己的六部等中央機構，相當於封建時代皇帝的行在。永曆帝遷入原大西軍管轄區後，本來理應駐蹕於昆明或貴陽，以原大西軍建立的政權為基礎逐步改造南明朝廷。但孫可望沒有這樣做，他從他自身利害出發，生怕把永曆帝移至昆明後可能受到李定國，劉文秀的影響，使得自己不便操縱；而如果迎來貴陽，則不僅自己得定期朝見稱臣，而且重大軍國事務至少應該在形式上取得皇帝的認可。這對於野心勃勃的孫可望而言都是難以容忍的。為此，他把永曆帝及其為數不多的廷臣，隨從遷往自己的嫡系軍隊控制下的安隆，這裡原先只是明代的一個千戶所城，地方僻小，居民不過百來家。永曆皇帝居住的千戶所公署雖然號稱行宮，實際極其簡陋。而孫可望自己在昆明建造的王府極盡豪華奢侈“顯然有僭稱天子之形”。在貴陽也大興土木，建立宮殿，樓觀甚是宏偉。又作行宮十餘所於滇，黔孔道，以備巡幸。國難當頭，民力凋敝，孫可望的窮奢極欲追求享受講究排場，着實讓人吃驚。而這同他撥給永曆帝居住的安隆相比，形成了鮮明的對比。

孫可望任命親信范應旭為安隆府知府，張應科為總理提塘官。每年撥給很少的銀兩和米供永曆帝君臣，隨從支用。永曆帝說不夠用，孫可望不予理睬。范應旭，張應科還奉命對永曆朝廷的動靜嚴密監視，一有風吹草動隨時飛報孫可望。永曆皇帝實際上處於軟禁之中。連原大西軍領導人李定國，劉文秀未經孫可望許可都不得直接同永曆帝往來。例如，朱由榔剛遷到安隆時候，李定國，劉文秀自稱孫可望之弟，恭候萬安，並進獻銀幣食物，孫可望知道後大為惱怒。又，李定國攻克桂林，到安隆行在報捷，永曆帝以璽書勞慰，極其稱獎。孫可望知道後，認為不對他報捷而對永曆帝報捷，極為憤恨。其實李定國不僅向孫可望報告了桂林大捷，獻俘也是解往貴陽交給孫可望的，只不過派使者到安隆向永曆帝奏捷而已。但孫可望卻認為所有軍國重事必須由自己一手握定，視永曆帝與大將之間文書往來為大忌，可見其心胸狹窄。（待續）