清廷與鄭成功的和談由於雙方條件南轅北轍而告破裂。之後，鄭成功為了加強實力，做好迎戰準備，採取了一系列措施。

1654年（順治十一年，永曆八年）冬，清漳州府城守門千總劉國軒，守備魏標派人來同鄭成功接洽，表示願意充當內應，獻城投降。鄭成功派大將洪旭，甘輝等帶領軍隊於十二月初一日夜間進抵城下，劉國軒果然如約在城頭接應，一舉多得漳州。清新任漳州總兵張世耀，知府房星燁見大勢已去，也只好跟着投降。鄭成功在初四日親自來到漳州，對劉國軒反正來歸，深表嘉許，提升他為護衛後鎮。接着在同月內派甘輝，赫文興，林勝等將領率兵先後攻克同安，南安，惠安，安溪，永春，德化各縣。之後又移師於次年正月攻克仙遊縣。至此，泉州府城已經處於鄭軍四面包圍之中。

1655年（順治十二年，永曆九年）二月，鄭成功議設六官並司務，及察言，承宣，審理等，分隸庶事，實際上是另立以自己為核心的小朝廷，這種做法與孫可望相同，只是鄭成功的兵力和地盤遠不如孫可望，因此他把所設官職名分定得稍低一點。

清廷在招撫鄭成功失敗後，決定再次動武，派鄭親王世子濟度統領滿，漢軍南下福建。面對清方主力的迫近，鄭成功揚長避短，主動放棄已經奪取的漳州，泉州兩府屬縣，把兵力集中到海上。為了避免清軍憑城固守和加強己方防務，鄭成功下令拆毀漳州，泉州二府屬邑的城牆和房屋，用所得磚石木料建造和加固金門，廈門等地的城垣和營房。在加強金門，廈門等島嶼防務的同時，鄭成功分別派遣部將帶領舟師北上浙江，南下廣東，使得入閩清軍主力陷入進戰無能，後顧有憂的窘境。

北征的戰役取得了很大的成果。甘輝，王秀奇統領的鄭軍收復了舟山群島這一戰略要地。

南下廣東的鄭軍卻出師不利。由黃廷，萬禮統領蘇茂，林勝等二十餘鎮將，兵丁六七萬人在圍困揭陽的戰役中被清軍先敗後勝，不得已放棄南下征討計劃，返回廈門。

南征舟師回到廈門後，鄭成功立即召集文武官員會議處理揭陽失敗之罪。將大將蘇茂斬首，並將首級傳世軍中。鄭成功御將之道以嚴格著稱，可是他性格過於剛強，有時失之偏頗。蘇茂在揭陽戰役中犯有輕敵寡謀之疏忽，但勇於進戰，負傷突圍，本應薄責示警，以觀後效，但鄭成功卻直接將他斬首，顯然過於苛刻。據史籍記載，鄭成功斬首蘇茂，乃是因為他獲悉蘇茂曾經幫助掩護施琅，使得施琅得以叛逃清方，鄭成功因此對蘇茂懷恨在心，必欲殺之，這次是借揭陽戰敗為由將他處斬的。蘇茂被斬，引起鄭成功部下諸多將領對蘇茂的同情和議論紛紛，鄭成功見諸將不服，就對蘇茂厚加殮葬，養其妻孥，並且自作祭文說：“馬謖非無功於蜀，然違三軍之令，雖武侯不能為之改”云云。

鄭成功斬殺蘇茂之後又犯下另一個大錯。他派出蘇茂的族弟蘇明和黃梧（也在揭陽之敗後被處罰）鎮守海澄縣。海澄縣阻山臨海夙稱天險，鄭成功在這裡動員大量人力修建了堅固的城牆，囤積了大量軍械，糧食，使得海澄縣成為進可以戰，退可以守的大陸前進基地，同金門，廈門組成犄角之勢。蘇明因族兄蘇茂被斬，心中對鄭成功不滿，黃梧更是因揭陽之敗直接受到鄭成功責罰，兩人都對鄭成功心懷二意，於是兩人經過密謀，於1656年六月二十四日夜晚，帶領部下官員八十餘名，兵丁一千七百餘名叛變，把海澄縣獻給了清方。（待續）