孫可望的叛變，是南明政權內部又一次大動盪。這次內亂平定後，李定國在處理善後事宜上，犯有偏頗。1658年（永曆十二年，順治十五年）正月，永曆朝大封剿逆各勛鎮，白文選，馬進忠，馮雙禮，馬寶，馬惟興，靳統武，祁三升等功臣加官晉爵。同時，討伐曾經接受孫可望密令準備東犯昆明的王自奇，張明志，關有才等人。事實上，孫可望敗竄後，李定國本可以用朝廷名義對這些將領赦罪招撫，但他計不出此，親自帶兵討伐，或擒或殺或逼迫自刎了這些人。在大敵當前之際，以內訌中的“功罪”大申賞罰，對於爭取和團結內部，儘量減少損失，顯然是不利的。

李定國的偏頗更重要的是體現在與劉文秀的關係處理上。李定國和劉文秀同是在原大西軍中享有崇高威望的主將，聯明抗清後兩人既不像孫可望那樣心懷野心，又多次獨擋一面，指揮重大戰役，在迎接永曆帝入滇和平定孫可望叛亂等問題上都做出了貢獻。劉文秀就戰功而言雖然不及李定國，但在當時穩定南明局勢方面，晉，蜀二王同為重要，合則兼美，離則兩傷。可惜，李定國缺乏博大胸襟，未能對劉文秀推心置腹，與之共度時艱。交水之戰後，李定國留在雲南，劉文秀領兵追拿孫可望，實際上負有穩定貴州以及與清方接境地區的任務。劉文秀雖然未能擒獲孫可望，但安撫地方和軍隊的工作做得相當出色。到永曆十一年十月間，劉文秀見貴州形勢已經穩定，同清方相持的明軍仍然據守着四川大部和湖廣武岡一線，就上疏奏請永曆帝移駐貴陽，以利於體現明軍進取精神，同時便於就近指揮，振作軍民士氣。永曆帝同意了這一建議，命令禮部擇吉日起行。李定國得知此消息後“駐兵永昌，上疏告病，請缷兵事”。永曆帝拗不過李定國，知道李定國心中不滿，趕緊挽回，璽書慰勞。李定國在永曆十二年正月元旦，又請永曆帝盡撤川楚守邊各鎮將回雲南，永曆帝移駐貴陽的決定也告流產。這件事情是李定國與劉文秀之間裂痕的第一次明顯暴露。

從當時形勢看，劉文秀的建議是正確的，李定國反對移蹕貴陽如果是考慮到永曆帝秉性怯弱，距敵越遠越好，自然也不無道理。但是，他的上疏告病和逼迫永曆帝撤回川楚守邊諸將卻明顯是針對蜀王劉文秀的。李定國的親信部隊主要集中在雲南，而劉文秀安撫了貴州，四川，湖廣的軍隊，使得李定國難免有所顧忌，擔心永曆帝移蹕貴陽之後，劉文秀的地位將會凌駕於自己之上。這年三月，李定國又建議永曆帝召回了劉文秀，不能不說是很大的失策。清廷正利用南明內訌，孫可望來降的機會調兵遣將準備大舉進攻，李定國卻心存芥蒂，把劉文秀和處於一線的將領調回大後方昆明，嚴重地削弱了前方的指揮部署。這說明李定國在平定孫可望叛亂以後，對抗清大局缺乏全面考慮，太過在意鞏固自己在永曆朝廷中的地位。

劉文秀在追逐孫可望的過程中，注意收集孫可望部下將兵，多達三萬多人，加以改編訓練，原打算用於守衛同清軍接壤地區。他的豁達大度收到很好的效果，孫可望雖然叛變，帶走投降清朝的不過區區數百人，而且沒有一個重要將領。這說明原先尊奉“國主”的大批將士在大是大非問題上是識大體的，對他們不應該心存芥蒂，加以歧視和打擊。然而李定國卻因缺乏廣闊胸襟，對這些將士有所歧視和區別對待。比如“以收穫孫可望之兵名曰秦兵，滇省舊兵名曰晉兵”，“由是孫可望之兵心懶矣”。甚至連在迎接永曆帝入滇和粉碎孫可望叛亂中做出重大貢獻的劉文秀也受到冷遇。劉文秀被召回昆明後，李定國和永曆帝責怪他未能捉住孫可望，對他亂加指責使得他心灰意懶，而且，劉文秀的被召回，意味着被解除兵權，朝廷在晉，蜀二王之間已經明顯地倚重李定國，這些目光短淺的舉措使得劉文秀深為不滿，他在內心異常苦悶的情況下，私下對人說：“退狼進虎，晉王必敗國。”把李定國比作孫可望第二，雖然失之偏激，但他對李定國大權獨攬和處事不當所表示的反感是不無道理的。

劉文秀之後日趨消極，很少上朝，把一切兵馬事務交給護衛陳建料理，足不出戶，不久憂鬱成病，臥床不起，永曆帝和李定國都去看望，再三寬慰，派醫調治，但心病無藥可治，四月二十五日劉文秀病逝。（待續）