鄭成功統帥十幾萬大軍由水路向南京進發，十天之後（七月初九日）方才到達南京儀鳳門下。抵達之後沒有立即發起攻城，鄭成功於七月十一日先是帶領大將甘輝，馬信等數十人“繞觀鐘山，踩踏地勢”，又於十二日率領諸文武官員拜祭太祖，哭奠列宗，之後排兵布陣，分配各將領各司其職。鄭成功當時過分自信於自己在軍事和政治上的威懾力量，認為可以迫使城內清軍不戰而降，因此，從七月十二日安營紮寨部署圍城，到二十四日全軍敗退，竟然沒有組織過攻城。據野史記載，鄭成功原本正要命令攻城時，清南京守將管效忠派人來納款偽降，謊稱清廷規定守城滿三十天，則城陷落罪不及妻孥。所以懇求鄭成功等待三十日，他便獻城投降。鄭成功信以為真，派人告之：“本藩攻此孤城，不過一腳尖耳。既然來降，姑准其寬限者，蓋欲取信於天下也。若至期不降，攻入之時，寸草不留。”鄭成功帳下參軍潘庚鍾勸說鄭成功：“此乃緩兵之計，不可憑信，可速攻之。”鄭成功回答說:“自舟山興師至此，戰必勝，攻必取，彼焉敢緩吾之兵耶？彼朝實有定例，爾勿多疑。”潘庚鍾堅持勸說道：“孫子有云：辭卑者，詐也；無約而請和者，謀也。欲降則降，豈戀內顧？決是城中空虛。速為進兵攻之，乃為上策。”鄭成功說：“古者攻城為下，攻心為上。今即來降，又准其約，若驟然攻之，彼心不服。俟其不如前約，然後急攻，莫謂城內人心悅服，且使天下皆知我行仁義之師。況太祖皇陵在此，亦不宜震動也。”這樣鄭成功拒絕了潘庚鐘的建言。清城守將管效忠得到鄭成功允許他三十日後投降的允諾，大喜，對部下說道：“此乃朝廷之福。”然後緊鑼密鼓密檄附近救援。

鄭成功這次無疑是上當受騙了。他當時陶醉於瓜州，鎮江兩戰勝利和大批州縣的望風來附。但他忘記了在總體上清方的兵力遠比自己強大得多。他許諾清方的三十天限期內，敵方得以從容調兵遣將，部署反擊；而鄭成功方面本是孤軍深入，利在速戰，舍此不圖，銳氣必將消磨殆盡。從後來的實際情況看，鄭成功實際上把主動進攻變成了被動挨打。

清方為了保衛南京，一面以管效忠的名義卑辭“請降”，藉以緩兵；一面從附近地區調集一切可用的軍隊，同時十萬火急向清廷發出求援奏疏。七月中旬，清軍援師陸續趕到南京。分駐南京上下游的清軍也源源不斷地抵達。當鄭成功沉浸於守城清軍即將投降的夢幻之中時，清方卻在不斷調集援兵，力量的對比逐漸發生變化。

七月下旬，清方守備南京的兵力已經大大加強，而鄭成功頓兵堅城之下不攻不戰，士氣難免低落。就在清軍反攻前幾天，鄭成功部將楊英巡視部隊，竟然發現前鋒鎮余新部下的士卒離開訊地到江邊捕魚。鄭成功得報後非常擔心餘新輕敵。二十二日晚上，南京城裡的滿，漢官員認為時機已到，派出漢族綠營兵打頭陣，由梁化鳳率領部下五百騎兵出儀鳳門，管效忠領兵出鍾阜門於次日黎明時分突然對鄭軍營壘發起衝擊。駐守在這裡的余新等部盔甲器械都來不及披掛周全就倉促上陣，很快被清軍擊敗，余新被俘。清軍初戰告捷，收兵在城外紮營。（待續）