1894年11月24日孫中山在美國夏威夷的檀香山創建了興中會。

1895年3月16日興中會召開幹部會議商討在廣州發動起義。孫中山在會上說：“我等倡議革命，旨在倒清立國，遲早而已，必有成功之日。當今世界各國都有國旗，以資國家的象徵。現舉義在即，亦當預謀此事，以代滿清之黃龍旗。”陸皓東補充說：：“舉義時一可作為革命軍的標誌和象徵；二為戰時指揮方便。”會上孫中山提議：請長於繪畫的陸皓東負責設計。會後陸經過縝密思考，決定國旗為長方形，藍底，旗中有一輪巨大白日白日向四周光芒四射。孫中山對此設計很欣賞，讚美說：“青天白日取義宏美，表示光明，徵兆自由平等之意。興中會一致通過青天白日國旗之圖案。

1895年10月26日，第一次廣州起義失敗，陸皓東被捕就義。孫譽陸“為共和革命犧牲之第一人，吾黨健將，曠世英才，浩氣英風，實足為後死者之楷模。”

1900年惠州起義首用此旗。

1901年南洋、海外興中會機關都在機關辦公室高掛此旗以壯聲勢。海外華僑革命團體也以青天白日旗為標誌號召群眾。開始時，白日光芒數量不一，也不知具體含義。孫中山特作權威解釋說：光芒12，代表地支數，又代表一天有12個時辰。從此白日光芒固定為12條。

1906年冬，同盟會又討論中華民國國旗樣式。有的主張用紅黃藍白黑五色旗，以表示漢滿蒙回藏五族共和。有的想用井字旗，以示將實行：井田制。····但孫中山仍堅持用青天白日旗。因陸皓東等先烈先後為此而犧牲，不可不留作紀念。可是黃興反對用它，因此旗形式不美，且與日本太陽旗相近似···孫黃爭論激烈。孫發火說：“我在南洋所見所聞，託命於此旗者數萬人。如欲毀此旗者，先擯絕於我。黃也大動肝火，說：先生如執用此旗我寧可脫離同盟會。此時章太炎、劉揆一居間調停暫擱置此議。後孫中山冷靜下來後，本善而從之旨，幾經斟酌，增加紅色於旗上，改成紅藍白三色將12條白光之日移到左上角占四分之一，底用藍色其餘四分之三皆用紅色。三色代表自由、平等、博愛之真意。大家一致通過此國旗設計。

1907年5月惠州起義，9月欽州起義，12月鎮南關起義。都以青天白日滿地紅旗我標誌。且起義前皆有孫中山頒授。

1908年黃興親自掛帥的欽州起義，雲南河口起義，及1911年4月黃花崗起義，均按孫中山指示舉起了青天白日滿地紅大旗。

辛亥革命前，孫在美國募集經費，在舊金山發行中華民國金幣，券面之圖案亦是孫中山親自繪製的青天白日滿地紅。並在舊金山大同日報撰文說明：紅者血之色也；言必流血而自由可求也；青者，天空之色，表公正之意，公正即平等；白者，清潔之色，言人心純潔，乃表博愛也。

1911年武昌起義，隨之各地紛紛響應。兩廣、雲貴多用青天白日滿地紅旗子。兩湖江西多用十八星旗；江浙皖多用五色旗；個別地方用八卦旗、井字棋；很不統一。

1912年元旦中華民國正式建立。1月28日臨時參議院行使中華民國之立法權；會上立憲派人士和原本系清朝官員（如黎元洪、袁世凱等），反對用青天白日滿地紅旗，理由是同盟會一黨派不能代表全國各方意見。最後決議用五色棋為國旗。請大總統頒令各省。但孫中山竟抵制，不予頒行；其理由是：清王朝海軍以五色旗為一二品大官之旗，今廢滿清而用其官旗，未免失體。另五色旗代表五大民族，各族代色取義不明確，何況既然五族平等，而上下排列仍有等級。孫中山接着述說用青天白日滿地紅旗作國旗的理由：【1】革命黨用此旗已十幾年，陸皓東等先烈身殉此旗；【2】南洋歐美華僑及外國人已認同此旗為中華民國國旗；【3】青天白日滿地紅，取義宏美，中國為遠東之大國，日出東方為恆星之最者，示光明普照自由平等之意。所以五色旗暫緩頒行，待民選國會成立再議。當時孫大總統辦公室仍懸掛青天白日滿地紅國旗。

1912年4月，孫中山辭去臨時大總統職務，臨時參議會由南京遷往北京；袁世凱繼任大總統。居正等同盟會議員在參議院不足半數，無力回天。終又再次通過決議以五色旗為中華民國國旗，有袁世凱頒行全國。

1914年同盟會改建成中華革命黨，規定青天白日兩色旗為黨旗，青天白日滿地紅旗為國旗。所頒黨證用黨旗；政府委任狀均用此國旗。

袁世凱稱帝復辟，改中華民國為中華帝國。所制國旗為長方形，圖案是兩條紅對角線交叉，將旗面分成四個三角形，分別用黃黑白蘭四色。可僅83天，就完蛋夭折了。

後張勳復辟幾天，又打出滿清的黃龍旗。

1920年11月5日孫中山在廣州組建軍政府，重任大總統大元帥，命令宣布廢除五色旗，重申青天白日滿地紅旗為中華民國國旗。陳炯明叛變革命後一度盤踞廣東，曾又恢復五色旗。

1924年中華革命黨，改組為中國國民黨；實行第一次國共合作，繼續把青天白日滿地紅作為中華民國國旗。

11月孫中山應馮玉祥、段祺瑞之邀，北上共商國是，所乘永豐艦高懸青天白日滿地紅國旗。途徑香港，港英當局要求換上北京北洋軍閥的五色旗國旗，方可進港。孫大義凜然正告港英當局說：我寧可不進港停留，也要高懸青天白日滿地紅國旗。

1926年7月蔣介石統帥國共第一次合作共同組成的國民革命軍十萬之眾，出師北伐，高舉的就是青天白日滿地紅國旗。隨着北伐軍的勝利，所到之處，漸次把北洋軍閥的中華民國的五色旗換掉。1927年4月18日南京中華民國政府成立，遂以法律形式正式宣告中外，以青天白日滿地紅旗幟為中華民國國旗。同時國民黨中央正式頒布，以青天白日旗為中國國民黨黨旗。

1928.12月張學良在東北宣布改旗易幟，歸順南京中華民國政府。從此青天白日滿地紅旗才成為整個中華民國國旗。北洋軍閥所控制的中華民國政府，雖然不斷走馬燈地更換總統、執政總理；但隨着北伐的勝利，終於徹底倒台；五色旗宣告壽終正寢。

八年抗戰期間，不論是中華民國重慶政府的國統區，還是共產黨控制的延安、各邊區，抑或以汪精衛為首的偽國民政府偽軍控制區；都以青天白日滿地紅為國旗。

1949年10月1日以後，大陸中華人民共和國執政的區域，都以五星紅旗為國旗。台灣不管是國民黨執政，還是民進黨執政，仍是懸掛青天白日滿地紅的中華民國國旗。這就是一國兩制的現狀。