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福澤於1899年初版的《自傳》中批判了“中學為體，西學為用”的荒唐主張；儒家的體制就是個宗法家族體制，只會造成裙帶政治，沒有制衡體系，結果就是專制；如果不接受西方的自由民主的價值觀，那麼把中國導向文明開化是一場空話。他認為，中國要走向文明，必須推翻清政府，否則，再來壹佰個李鴻章也無濟於事，這預言了孫中山領導的共和革命在中國的環境下的合理性。他超越了中國社會自身對在君主制和共和制問題上的激烈論辯。
由於文明階段論，福澤首先從理智上認為先進文明徵服落後文明是一件自然而然的事，（這顯然違背中國人通常的道德觀）並且完全承認日本自身的相對落後性，這樣，他對於日本被西方控制的事實並沒有太強烈的屈辱情緒，也不認為排外是解決民族獨立問題的方式。福澤關注的是，如何調動日本國內的積極然而非暴力的力量來爭取獨立，例如，宗教或許可以成為一種凝聚力量；政府如果鼓勵工商業發展，國內就可以實現富強。福澤高度評價商業和貿易的價值。福澤不再僅僅抽象談論文明發展規律，而是深入具體地探討了日本在現代國際經濟關係中的位置問題。他指出，西方國家的財富來源於大規模機器生產和商品出口，殖民活動和海外投資，而日本必須面對現實，加入到與西方國家爭奪利潤的角逐中。
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