古希腊对理念的追求一直影响到中世纪的基督教经院哲学。直到大神学家和经院哲学托马斯阿奎那提出他的自然神学思想。根据这套思想，上帝向人启示真理分两条路。一条是通过神迹和个别事件来向人启示他的存在和作为。这些属于特殊启示，基本不可重复。另一路是通过上帝创造的大自然的普遍启示。人们应当也可以通过对大自然的观测（呵呵，典型的心外求法）和研究明白上帝的荣耀、性情和作为。这就是所谓的自然神论上帝是人类的神，也是大自然的神和主宰。人们可以通过研究大自然进一步认识神。

这一思想非同小可，直接为后面的哲学家和神学家继承发展期。大哲学家、神学家笛卡尔每天外出随身携带的两本书，一本是圣经。另一本就是托马斯阿奎那的《神学大全》。

这一思想当然也直接影响到后世科学的发展。把希腊传统的形而上模型和理念同形而下的执政观测结合起来，逐渐成了当时的科学方法和模式。

我们可以从天文学先驱开普勒发现三大行星运动定律的过程来说明这一点：数学不能代替物理学。貌似完美的数学模型不等于正确的物理模型，必须经由行下的观测实证或修正。

我们知道开普勒从小喜欢数学和几何，是有名的数学神童。作为一个虔诚的基督徒，他一直有志于研究天体运行轨道来发现上帝创世的奇妙。在开普勒成年时代，哥白尼的日新说已经被许多天文学家接受。开普勒就是其中一个。作为精通几何学的他一直深受柏拉图思想的影响。大家都知道柏拉图证明了几何图形中各方完全对称全等的的正多面体共有有五个，分别是正四面体、正立方体、正八面体、正十二面体和正二十面体。如下图。柏拉图认为这五个正多面体代表最完美对称的理念图形，代表构成世界的五个基本元素。

开普勒时代，人们通过天文观测已经发现了五大行星。受柏拉图的启发，开普勒用这五个正多面体来刻画五大行星围绕太阳的轨道。经过多次尝试，开普勒成功地用圆周与多面体的内切与外切，从四面体开始，从里到外刻画出五大行星的轨道

开普勒为此欣喜若狂，以为发现了上帝创造宇宙所用的几何方法，可谓至善至美，且同当时的（粗略）观测基本符合：五大行星按照五个多面体的内外且原则刻画的轨道，以太阳为中心，做正圆周运动。

这个开普勒行星轨道模型，在几何上可谓至善至美。让人不禁联想到现在的超弦理论所用到的数学模型来解释这个宇宙一样，可谓尽善尽美。

如果开普勒和开普勒同时代及后面的科学家仅停留在希腊人的理念思想，用数学发代替物理学，止步不前，就像亚里斯多德仅凭他的固有观念固执地认为球体下落速度同重量成正比一样，那么我们的科学研究大概就到此为止了。（未完）