福泽于1899年初版的《自传》中批判了“中学为体，西学为用”的荒唐主张；儒家的体制就是个宗法家族体制，只会造成裙带政治，没有制衡体系，结果就是专制；如果不接受西方的自由民主的价值观，那么把中国导向文明开化是一场空话。他认为，中国要走向文明，必须推翻清政府，否则，再来壹佰个李鸿章也无济于事，这预言了孙中山领导的共和革命在中国的环境下的合理性。他超越了中国社会自身对在君主制和共和制问题上的激烈论辩。
　　　　
　　　　由于文明阶段论，福泽首先从理智上认为先进文明征服落后文明是一件自然而然的事，（这显然违背中国人通常的道德观）并且完全承认日本自身的相对落后性，这样，他对于日本被西方控制的事实并没有太强烈的屈辱情绪，也不认为排外是解决民族独立问题的方式。福泽关注的是，如何调动日本国内的积极然而非暴力的力量来争取独立，例如，宗教或许可以成为一种凝聚力量；政府如果鼓励工商业发展，国内就可以实现富强。福泽高度评价商业和贸易的价值。福泽不再仅仅抽象谈论文明发展规律，而是深入具体地探讨了日本在现代国际经济关系中的位置问题。他指出，西方国家的财富来源于大规模机器生产和商品出口，殖民活动和海外投资，而日本必须面对现实，加入到与西方国家争夺利润的角逐中。