日本反導能力建設行至今日自有其淵源。上世紀80年代，日本便開始研究彈道導彈防禦問題。1993年之後，政策和技術準備逐漸進入實質階段。2003年底日本內閣正式決定部署彈道導彈防禦體系。2004年底，日本《新防衛計劃大綱》與《中期防衛力量整備計劃》進一步明確了反導能力建設和美日反導合作目標。同年日本開始對其金剛級“宙斯盾”驅逐艦進行反導升級，並在之後幾年進行了數次攔截試驗。2011年6月，日本防衛省宣布已初步構建起“雙層反導系統”。該系統主要由陸基末段攔截的“愛國者3”系統、海基中段攔截的“宙斯盾”系統以及早期預警探測和指揮控制系統組成。

　　目前日本的反導作戰流程基本由四個部分組成。首先，由美國的預警衛星將來襲導彈參數分享給日本防衛省並傳輸至自衛隊相應作戰單位。接下來，由海上自衛隊的宙斯盾艦與航空自衛隊的陸基預警雷達對來襲導彈進行探測跟蹤，並對彈道進行分析，得出最佳攔截方案。進入攔截階段，首先由海上自衛隊的宙斯盾艦發射“標準3”導彈，在大氣層外對處於飛行中段的目標進行攔截。最後，若大氣層外攔截失敗，則由航空自衛隊的“愛國者”系統進行末段攔截。

　　整套流程中，航空自衛隊的反導指揮控制系統是核心，通過日本自動警戒管制系統（JADGE）負責整體指揮和協調工作，在自衛隊獲得預警衛星參數之後、海上和陸基預警系統開始工作之前，攔截作戰命令便由航空總隊司令下達。

    日本的“愛國者”系統主要部署在東京、大板、名古屋、九州、沖繩等重要政治、經濟中心，“宙斯盾”驅逐艦分別駐紮在佐世保、舞鶴、橫須賀海軍基地，其中4艘具有反導能力，另外2艘將進行反導升級。

　　陸基“宙斯盾”系統將使日本以相對較低的成本提高這一雙層反導體系的作戰效能，不僅完善了反導傳感器網和指控系統，也將提高火力單元的數量和火力資源分配合理性。“宙斯盾”系統攔截彈的最新型號、由美日聯合研製的“標準3”BlockIIA導彈，計劃於2018年進行實戰部署。

　　與韓國糾結於“薩德”系統不同，日本若要完善反導系統則需要倚賴“宙斯盾”系統。對於韓國來說，“薩德”系統是能夠滿足防禦需要且費效比更高的選擇。而對於日本來說，“薩德”與陸基“宙斯盾”系統則對應不同的防禦需要。根據近期報道，雖然日本防衛省否定了“薩德”方案，但是從不同防禦層次的角度來說，不能排除日本未來配備“薩德”或類似系統的可能性。

　　“薩德”系統的防禦範圍比“宙斯盾”系統要小得多——這主要是由不同攔截彈在燃儘速度方面的差距所致，燃儘速度決定了導彈的最大射高與射程。不過對於防禦面積小得多的韓國來說，“薩德”便是費效比更高的選項。此外，雖然“宙斯盾”系統在防禦範圍方面比“薩德”系統有優勢，二者在應對目標方面卻各有分工。

　　“宙斯盾”系統使用的“標準3”導彈的攔截區域在大氣層外，其最低射高一般估計為90-100公里，而以朝鮮所裝備的短程導彈為例，其彈道頂點全部低於這個攔截低界，因此對於韓國防備朝鮮的需要而言，“宙斯盾”系統是意義不大的。

　　但對於日本而言，在“宙斯盾”的大傘下“薩德”系統依然有其價值。首先，對於日本而言，“標準3”導彈的攔截低界在90-100公里以上，而負責末段反導的“愛國者3”射高只有15公里左右，也就是說在15-90公里這個範圍內，日本自身的反導網依然存在漏洞。這也是為什麼日本曾對“薩德”系統表示出興趣，2015年有報道稱日本防衛省計劃在2019年開始的新五年計劃中引進“薩德”系統，將現有的雙層反導體系完善為“三層防禦”。雖然日前，防衛省以成本為主要理由於否定了“薩德”方案，但從戰術需求來說“薩德”與“宙斯盾”系統並非替代關係。

　　另外，“薩德”與“宙斯盾”的作用與分工要放在東北亞、美國及其盟國整體反導布局的角度來看待，這兩個系統在東北亞的作用與北約的反導部署十分類似。在防禦範圍方面，以部署在土耳其的“薩德”系統為例，假設導彈來襲方向為伊朗，“薩德”僅能防禦土耳其東南一小部分，而在東歐配備“標準3”BlockIIA的陸基“宙斯盾”系統則可以依靠更少的部署單元防衛整個歐洲。在防禦目標方面，土耳其東部部署“薩德”也是有必要的，因為“宙斯盾”系統的“標準3”無法對伊朗的短程導彈進行攔截。

　　與此類似，日本裝備陸基“宙斯盾”系統的規劃不僅是對日本自身現有反導體系的加強，更是美日韓反導體系的重要一環，其意義不僅局限在東北亞，甚至是全球性的。日本的反導資源是美國在東北亞甚至全球反導體系的有機組成部分。以“宙斯盾”為核心的反導體系能夠加強美國及其盟國在戰術和戰區層面上傳感器網絡和火力資源的作戰效能。

　　2002年底，美國放棄了原先對國家、戰區導彈防禦系統的區分（即NMD與TMD），轉而整合全球的反導資源。新的一體化反導指揮控制體系（C2BMC）基於來襲導彈的不同飛行階段進行分層攔阻，並將全球各戰區與美國本土彈道導彈防禦系統（BMDS）進行了一體化整合，特別是原有相互獨立、點對點的指揮控制、作戰管理和通信節點。

　　資源整合將在兩項能力上體現得十分顯著，即基於外部遠端傳感器的發射能力（LOR）和基於外部遠端傳感器的攔截能力（EOR）。前者在“宙斯盾”反導5.0版本之前便已具備，大大擴展了“標準3”的防禦範圍；後者則將出現在新的“宙斯盾”反導版本和“標準3”BlockIIA上。EOR意味着發射平台可以不使用自身火力通道對攔截目標進行照射，攔截彈發射後可交由全球反導傳感器網絡的其他節點對目標進行攔截，如海基X波段雷達（SBX）、陸上部署的AN/TPY-2雷達。

　　在日本以前沿工作模式部署的AN/TPY-2雷達（並非作為“薩德”系統的一部分）本身就要為美國的全球中段反導系統提供傳感器節點支持。在韓國星州-大邱一線的AN/TPY-2雷達雖然是作為“薩德”的制導雷達以末端模式部署，但是該系統在前沿與末端模式之間可以進行相對迅捷的切換。海基X波段雷達在過去數年遇到了技術和資金問題，但最近已在各方推動下起死回生，格里芬公司剛剛獲得了升級SBX的新合同。而日本則一直對SBX在日本周邊海域的部署態度積極。

　　總之，包括未來的陸基“宙斯盾”系統在內，美、日、韓在東北亞的各種反導資源都是一個協同和一體化程度不斷加強的整體反導網絡的一部分。