南部海域的主權問題一直備受挑戰，周邊國家越南、菲律賓及印度尼西亞等國皆因領海主權與我國爆發過衝突。但是在後期，杜特爾特執掌菲律賓總統後，立即緩和了態度，堅持使用外交手段和對話的方式解決爭端，可以說是為周邊國家做了一個榜樣。

隨着我國綜合國力的提升，海軍力量的迅猛發展，我們的海警船和軍艦已經有能力執行遠程管控，並不斷強化對領海範圍內島礁的控制。南沙島礁及附近海域距離較遠，無法進行全天候監控，這也使得接近該海域的印尼不斷挑釁。

在近期，印尼單方面指責我國的漁船在印尼控制的專屬經濟區內“非法捕撈”，並要求我國給出合理的解釋，但是外交部發言人已經說的很清楚，我國對納土納海、南沙近海擁有絕對的管轄權和控制權，領海問題不容質疑，更不允許任何國家在這一問題上大做文章。

據印尼媒體《雅加達郵報》消息稱，為了強化對納土納海及周邊海域的管轄，印尼國防部及海事局聯合制定一系列措施，向爭議海域派遣軍艦、戰機和海警船，將巡航力量常態化。在後期，印尼海事局還將劃設新的漁業中心，部分海域接近南沙島礁。