2012年來，菲律賓海岸警衛隊在裹挾中完成階段升級，由內向型應急力量轉型為內外並重型海上力量。由於歷史的原因，菲律賓海岸警衛隊帶有濃厚“美式”特徵，其組織機構與指揮體系最為明顯。

　　一

　　1896年至1898年，菲律賓人民推翻了西班牙殖民統治，於1899年成立菲律賓共和國，先後建立陸軍、海軍。1899年2月4日，美國不宣而戰，菲律賓當局投降派戰勝抵抗派，接收美國的“開明同化”。

　　美國武力侵占菲律賓後，立即着手建立殖民統治機構。1901年，美國在菲律賓大多數省份建立殖民機構，即所謂民政管理機構。菲律賓共和國時期建立的海軍，裝備極其簡陋，最大軍艦為繳獲的西班牙商船，各類艦船無法進行海上作戰，主要作為運輸船使用，將軍隊運輸至數量眾多的島嶼。1898年，菲律賓共和國殘存艦船被美國搶占。1901年10月7日，美國殖民當局在菲律賓設立海岸警衛與運輸局，政府行政部門定位，隸屬於商務及警察部，以加強軍事控制。這就是菲律賓海岸警衛隊的前身。

　　1946年7月4日，菲律賓取得獨立後，政府將海岸警衛部門的一些職能轉移給菲律賓海軍巡邏隊。海軍巡邏隊後發展為菲律賓海軍。

　　1967年8月6日，菲律賓國會制定了共和國第5173號法案(也稱《菲律賓海岸警衛法》)，正式確立菲律賓海岸警衛隊歸海軍管轄——這是小國海上力量常見組織形式。與此同時，海岸警衛職能工作再次被轉交給菲律賓海岸警衛隊。由於海岸警衛職能的民事服務性質，

　　1998年3月30日，菲律賓海岸警衛隊從海軍中分離出來，恢復準軍事部隊身份，上級機構為交通部。當前，菲律賓海岸警衛隊是繼菲律賓武裝部隊、菲律賓國家警察之後的第三支武裝力量。戰時，菲律賓海岸警衛隊隸屬國防部。

　　二

　　菲律賓海岸警衛隊總部在國家首都馬尼拉，設置司令辦公室、行政副司令辦公室、行動副司令辦公室、參謀長辦公室，行政副司令、行動副司令、參謀長，協助司令開展工作。

　　總部下設13個職能部門，主要包括:人力資源、情報、行動、後勤、國際事務、民事關係、海事安全服務、海洋環境保護、船舶與飛機工程、船載系統、教育培訓、戰略研究、審計等。直屬支援單位包括：法律服務、立法聯絡事務、醫療服務、牙科服務、牧師服務、獸醫服務、護理服務、公共事務、指揮中心、通信站等。

　　菲律賓海岸警衛隊由菲律賓海岸警衛隊司令領導，司令軍銜為上將，海上執法直接向交通部長匯報，戰時向國防部長匯報。行政層級分為總部、區、站、分站。整個菲律賓群島，從最北端巴丹群島省的巴士古，南至塔威塔威省，共分15個海岸警衛區，警衛區下轄海岸警衛站，海岸警衛站下轄海岸警衛分站。目前，菲律賓海岸警衛隊編制有近60個海岸警衛站，近200個海岸警衛分站。其中，海岸警衛區負責轄區內事務，在轄區內開展海上安全行動、人道主義援助、維護執法和環境保護，司令為上校或准將軍銜。

　　當前，菲律賓海岸警衛隊將呂宋島、米沙鄢、棉蘭老島群島分為15個海岸警衛區，分別是：

　　國家首都地區-呂宋島中部海岸警衛區、呂宋島東北部海岸警衛區、呂宋島西北部海岸警衛區、南塔加洛海岸警衛區、巴拉望海岸警衛區、比科爾海岸警衛區、東米沙鄢海岸警衛區、西米沙鄢海岸警衛區、中米沙鄢海岸警衛區、南米沙鄢海岸警衛區、棉蘭老島北海岸警衛區、棉蘭老島東北海岸警衛區、棉蘭老島東南海岸警衛區、棉蘭老島西南海岸警衛區、棉蘭老島穆斯林邦薩摩洛自治區海岸警衛區。

　　三

　　參照美國軍隊常設指揮所模式，菲律賓海岸警衛隊設有3個專職指揮單位。

　　海上安全司令部 (MARSECOM)，負責整體領土巡邏、監視和執法行動;海洋環境保護司令部 (MEPCOM) ，通過海事監測和執行海事監管行動，負責全面的海事環境執法、保護和控制;海上安全服務司令部 (MSSC) ，負責船舶安全的全面海上監視、航行監視並確保海上航行安全，下轄K-9爆炸物處理小組。K-9爆炸物處理小組成立於2002年，司令為少校軍銜，編制有爆炸物處理專家，另有大量警犬，分散部署在各大港口。

　　主要部隊包括：海岸警衛隊艦隊，裝備各型水面執法艦船，是主要執法力量;海岸警衛隊航空大隊，1998年5月18日成立，規模較小，基地位於馬尼拉國際機場。正處於發展之中;特種作戰大隊，成立於1972年，是菲律賓海岸警衛隊直接控制的國內反恐和執法單位，參與了馬拉維危機作戰行動;輔助部隊，由文職人員組成，總人數在1000人左右。

　　與同時期從海軍獨立出來的越南海岸警衛隊相比，菲律賓海岸警衛隊的組織機構、指揮模式更為“美式”，最大問題是缺乏部隊供指揮。