在艦艇上，將人員按照職能編為數個部門，便於管理與作戰。日本海上自衛隊將艦艇部門稱為科，這與岸基指揮機構科室稱呼一致，科最高領導為XX長，在部門具體設置上與主流有較多不同。

這是日本余手級登陸艇，排水量420噸，主要用於離島的運輸補給，日方稱之為“輸送艇”，倒也恰如其分。這型艇的部門分別有：船務科、機電科、運用科、補給科，合計4個科。其中，船務科最雜，有航海、通信、雷達等專業。

這是燧灘級多用途支援艦，排水量950噸，主要用於訓練保障，現役有5艘，舷號分別是AMS4301-05，這型艦的科設置有：船務科、航海科、補給科、機電科、運用科，合計5個科。其中，航海單獨列為一個科。

這是海自碎冰艦白瀨號（二代），海自唯一一艘現役碎冰艦，排水量5000噸。這型艦的科設置有：航海科、船務科、運用科、機電科、衛生科、飛行科、補給科，合計7個科。其中，多了一個特別的衛生科，主要針對北極科考任務而設置的。

綜上，機電科、運用科、補給科必不可少，運用科主要負責艦上武備；大中型艦船航海、船務科分開，有直升機的設置有飛行科。由此推測，海自遠洋補給艦科分為：航海科、船務科、運用科、補給科、機電科、衛生科、飛行科，同破冰艦相似。

那麼，作為海自主力的驅逐艦是如何分科的呢？航海科、船務科、機電科、飛行科肯定少不了，從公開資料看，驅逐艦上設有炮雷長、應急長，說明驅逐艦上還設有炮雷科、應急科。就是繁多電子設備是放在船務科，還是另編為一個科？從遂級支援艦看，船務科有電測員，這就是雷達兵（相應的聲納兵，海自稱作水測手），電子設備放在船務科可能性極大。

此外，還有個疑點就是，上述三型輔助艦艇都編有補給科，登陸艇還好理解，支援艦設置補給科則似乎不合常理。從海自將後勤人員分為經理員、補給員、給養員看，這個補給科不同於補給艦的“補給科”，應是負責艦上各項後勤事務的科，也就是常說的軍需部門。

由此，基本判定海自驅逐艦編有：航海科、船務科、炮雷科、機電科、應急科、飛行科、補給科，合計7科。航海科主要負責航海保障，船務科負責通信、雷達，炮雷科負責全部武備（小型艦船為運用科），機電科負責動力，應急科負責損害管制（小型艦船由機電科兼），飛行科負責直升機飛行保障，補給科負責所有後勤工作。

這其中，最有意思的是應急科。損管有“艦艇第二生命”之稱，二戰中日本海軍的損管表現，被認為遠遜於美軍。痛定思痛，戰後，海自一方面獲得了世界第一的掃雷能力，在艦上設置應急科，也可能與此痛徹心扉的體驗有關。

這幾年，海自艦艇頻發火災、碰撞等事故，僅沉船1艘——被消防水灌沉的宇久島號掃雷艇，如此成績相信有損管的傑出貢獻。