改革前，俄罗斯总参谋部虽名义上隶属于国防部，但在某种程度上兼任国防部第一副部长的总参谋长却享有同国防部长“平起平坐”的地位。
1998年版的《总参谋部条例》规定，总参谋部是“俄联邦武装力量的中央军事指挥机关和基本的作战指挥机关”，1996年版的《国防法》规定，“由总统批准《国防部条例》和《总参谋部条例》”。这种情况导致国防部长与总参谋长之间的“将帅之争”时有发生。
2001年春，时任俄军总参谋长的克瓦什宁大将与俄罗斯国防部长谢尔盖耶夫元帅之间矛盾爆发。从表面上看，这是总参谋长与国防部长在重点发展常规力量还是核力量之间的争执，而深层次的原因却是国防部与总参谋部之间关系的体制问题——“双长制”造成的权力斗争严重降低了国防部的工作效率，阻碍了俄军改革进程。
2004年，吸取俄军在两次车臣战争中暴露出来的军政军令不分、指挥效率低下、职能和机构重叠等弊端，普京解除了俄军总参谋部的大部分军事行政职能，只保留其判断军事威胁、研究武装力量使用等与军事相关的职能，施行国防部长对武装力量“一长制”领导 。
2008年03月，俄军内部对文职国防部长谢尔久科夫的不满和反对情绪日益高涨，一些高级将领对防长展开实施的军队改革不满，许多将领辞职退役，其中总参谋长巴卢耶夫斯基大将连续三次递交辞职报告。
经过多次调整和改革，如今，总统是俄罗斯联邦武装力量最高统帅，通过国防部长和总参谋长对武装力量实施作战指挥。国防部长通过国防部对联邦武装力量实施直接领导。俄罗斯联邦武装力量总参谋部对武装力量进行作战指挥，
国防部长是最高职务的军职军官，而总参谋长就是一个主管全军部队作战指挥的军事指挥官。也就是说，国防部长实际权力大于总长。
