李登辉墓园的主体工程
移灵车队10月7日上午8时许从翠山庄出发，由李登辉的孙女李坤仪手捧骨灰坛，与李登辉女儿李安妮等人一同护送前往奉安礼拜会场。车队9时许抵达五指山“国军示范公墓”后，由蔡英文率“副总统”赖清德、“总统府秘书长”李大维、“内政部长”徐国勇和“国防部长”严德发等人迎灵。随后蔡赖进行礼敬仪式，之后由“台湾基督长老教会”举行礼拜，“国防部”鸣葬枪3响，仪式于10时多结束。李登辉就此埋葬在五指山“国军示范公墓特勋区”。
当天，反“台独”团体“蓝天行动联盟”“333联盟”和“拔菜总部”等到场抗议，在车队经过的马路口举旗吶喊，表达诉求。“蓝天行动联盟”副主席钱达称，他们是为了抗议蔡英文将李登辉葬在五指山公墓，认为“这个行动是对中华民国军人最大的侮辱”，因为他们“不断宣传中华民国是外来政权”。居民林立腾身穿早期军服、手持大面“国旗”站在汐科火车站。他说，李登辉自称是日本人，也并非没钱，却葬在“国军示范公墓”，“对中华民国的军人来说，这是莫大的侮辱”。还有人大骂李登辉不要脸，并对蔡英文喊话说，“你越嚣张，你的日子是不会久的”。警方为了防止意外发生，在现场部署大批警力戒备。
启用于1982年的五指山“国军示范公墓”，依葬者军阶分为特勋区、上将区、中将区、少将区、上校区、中少校区、尉官区、士官长区、士官区及士兵区，有超过9000个穴位。李登辉所在的“特勋区”位于由蒋经国题字的“国民革命军阵亡将士纪念碑”前方的一块坡地，在该区26个墓穴中，前“行政院长”郝柏村、前“国防部长”蒋仲苓等军方高阶将领均安葬于此。李登辉成为继严家淦后，第二个安葬在五指山的台湾地区领导人。10月4日，台军方称，李登辉墓园工程分三个阶段，其中第一阶段“挡土墙工程”9月25日完工；第二阶段“造墓主体工程”10月4日完工，奉安后再进行后续的“造景植栽工程”。台媒称，山区警戒相当森严，明令禁止媒体空拍机在园区内升空拍摄。
自李登辉病亡以来，有关其安葬地点持续引发争议。8月10日，新党召开记者会称，让李登辉这样一个有争议性的人物安葬于五指山公墓，会让后代看不清价值所在。“蓝天行动联盟”主席武之璋直言，将李葬在“国军公墓”，台湾大多数的爱国同胞是不会同意的，因为他没有资格。他痛斥李登辉是没有中心思想的投机分子，没有资格与英勇抗日的将军和官士们比邻而葬。陈水扁在脸书称，蔡英文当局选定五指山作为李的长眠地，但这不是李登辉生前遗愿。他还说，蒋介石当年遗愿是回大陆葬在紫金山，最后没实现；蒋经国遗孀蒋方良及蒋纬国遗孀曾写信给前“国防部长”汤曜明，希望将两蒋安葬五指山军人公墓，与部属同袍相伴。但碍于蒋家后代意见不一，两蒋至今未入土为安，没想到李登辉却长眠于此。
