李登輝墓園的主體工程
移靈車隊10月7日上午8時許從翠山莊出發，由李登輝的孫女李坤儀手捧骨灰罈，與李登輝女兒李安妮等人一同護送前往奉安禮拜會場。車隊9時許抵達五指山“國軍示範公墓”後，由蔡英文率“副總統”賴清德、“總統府秘書長”李大維、“內政部長”徐國勇和“國防部長”嚴德發等人迎靈。隨後蔡賴進行禮敬儀式，之後由“台灣基督長老教會”舉行禮拜，“國防部”鳴葬槍3響，儀式於10時多結束。李登輝就此埋葬在五指山“國軍示範公墓特勛區”。
當天，反“台獨”團體“藍天行動聯盟”“333聯盟”和“拔菜總部”等到場抗議，在車隊經過的馬路口舉旗吶喊，表達訴求。“藍天行動聯盟”副主席錢達稱，他們是為了抗議蔡英文將李登輝葬在五指山公墓，認為“這個行動是對中華民國軍人最大的侮辱”，因為他們“不斷宣傳中華民國是外來政權”。居民林立騰身穿早期軍服、手持大面“國旗”站在汐科火車站。他說，李登輝自稱是日本人，也並非沒錢，卻葬在“國軍示範公墓”，“對中華民國的軍人來說，這是莫大的侮辱”。還有人大罵李登輝不要臉，並對蔡英文喊話說，“你越囂張，你的日子是不會久的”。警方為了防止意外發生，在現場部署大批警力戒備。
啟用於1982年的五指山“國軍示範公墓”，依葬者軍階分為特勛區、上將區、中將區、少將區、上校區、中少校區、尉官區、士官長區、士官區及士兵區，有超過9000個穴位。李登輝所在的“特勛區”位於由蔣經國題字的“國民革命軍陣亡將士紀念碑”前方的一塊坡地，在該區26個墓穴中，前“行政院長”郝柏村、前“國防部長”蔣仲苓等軍方高階將領均安葬於此。李登輝成為繼嚴家淦後，第二個安葬在五指山的台灣地區領導人。10月4日，台軍方稱，李登輝墓園工程分三個階段，其中第一階段“擋土牆工程”9月25日完工；第二階段“造墓主體工程”10月4日完工，奉安後再進行後續的“造景植栽工程”。台媒稱，山區警戒相當森嚴，明令禁止媒體空拍機在園區內升空拍攝。
自李登輝病亡以來，有關其安葬地點持續引發爭議。8月10日，新黨召開記者會稱，讓李登輝這樣一個有爭議性的人物安葬於五指山公墓，會讓後代看不清價值所在。“藍天行動聯盟”主席武之璋直言，將李葬在“國軍公墓”，台灣大多數的愛國同胞是不會同意的，因為他沒有資格。他痛斥李登輝是沒有中心思想的投機分子，沒有資格與英勇抗日的將軍和官士們比鄰而葬。陳水扁在臉書稱，蔡英文當局選定五指山作為李的長眠地，但這不是李登輝生前遺願。他還說，蔣介石當年遺願是回大陸葬在紫金山，最後沒實現；蔣經國遺孀蔣方良及蔣緯國遺孀曾寫信給前“國防部長”湯曜明，希望將兩蔣安葬五指山軍人公墓，與部屬同袍相伴。但礙於蔣家後代意見不一，兩蔣至今未入土為安，沒想到李登輝卻長眠於此。
