1.十字軍

由1096年至1291年間，十字軍東侵先後共8次，表面上是為宗教而戰，實際上是一場由羅馬教皇、西歐封建領主和城市富商向地中海地區發動侵略戰爭。第一次於1097年春在君士坦丁堡集近四萬人，經小亞細亞向耶路撒冷進攻。十字軍沿途搶奪、殺人放火，所到之處雞犬不留。於1099年7月15日攻陷耶路撒冷，屠殺七萬餘人，血洗全城。第二次東侵由教皇尤金三世(Eugenius Ⅲ)集合７萬騎士向東進軍，因德、法之間的矛盾，拜占庭帝國不支持和指揮失當，沿途損失慘重，但最終以失敗告終。第三次由德、法、英三國組成，但德皇在進攻拜占庭時陣亡、而法王因國內政治糾紛率部回國，英王在頑強抵抗下未能攻陷耶路撒冷，結束這次東侵。第四次東侵主要是攻擊國力衰弱的拜占庭帝國，1202年，法、德、意十字軍由海路於威尼斯出發，於1204年4月攻陷君士坦丁堡，焚城掠奪達一星期之久，把能搶的搶走，搶不走的燒光，甚至挖掘墳墓，劫殉葬品，所有文物、藝術品、文獻圖書損失殆盡。經歷四次組軍後，普遍人民對十字軍的神聖性懷疑，教會只有鼓吹兒童參戰，於1212年集合兩支年齡約十二歲的兒童十字軍，二至三萬德國兒童往熱那亞途中因缺乏組織，無補給而潰散。沿途大部份死於飢餓、疾病，最後到達的因無人照顧，生活悲慘。最後一部份奔回故鄉，一部份流落意大利。另一支法國兒童十字軍的二萬人，到達馬賽港後被騙上七艘船，兩艘在地中海遇風暴沉沒，另五艘到亞歷山大里亞後，全被賣作童奴。其後教皇英諾森三世於1215年組織第五次東侵，但在進軍開羅途中遇到埃及人強列抵抗，於1221年與埃及簽訂和約而結束第五次東侵。1228年德皇組織第六次十字軍，因教皇出兵攻占德皇在意大利南部的領土，德皇因此回師歐洲而結束。第七次是於1248年法王路易九世率兵進攻埃及，但於1250年兵敗被俘，後得用重金贖回，第七次十字軍東侵以失敗告終。第八次東侵是路易九世為報兵敗之仇，於1270年發動，因無人響應，獨自領兵進攻突尼斯，但全軍染上疫症，大量死亡，路易九世也死於疫病，殘部回國。此後，教皇多次號召組織十字軍，都未能實現，至此，十字軍東侵以徹底失敗而告終。

2.教會對「異端」的鎮壓

阿爾比派（卡塔爾派）（Cathar）這一派信徒譴責世俗，自稱是純潔的。本是巴爾幹半島上的一個教派，他們反對神職人員稱為"完人"，反對神職人員擁有財產，與當時羅馬教會的神職人員的行為有強列衝突，但深得反對腐敗的基層人民支持。1179年教皇亞歷山大三世宣布阿爾比派為異端，動員西歐各國對異端的暴力鎮壓。阿爾比派在法國南部圖盧茲郡受到貴族的同情，反對羅馬教庭。1208年，教皇特使在圖盧茲伯爵府中被殺，引發教皇討伐阿爾比派，並宣布凡參加討伐異端的十字軍都不受國家法律約束，他們過去及將來所犯的罪都得到教會赦免，所欠的債不用付息。法國北部貴族垂涎南部的財富，紛紛加入。於1213年，阿爾比派遭到決定性的戰敗，十字軍大肆屠殺劫掠法國南部。在他們攻入比塞埃城時，感到無法區別誰是異端份子，隨軍的教皇特使便指示說：「只管把他們統統殺光，讓上帝去分辨誰是他的子民。」這次暴力鎮壓經歷20年（1209-1229），許多富庶的城市化為廢墟，田園荒廢，經濟破壞，阿爾比派及法國南部的貴族勢力都被摧毀。

關於韋爾多派。韋爾多（Pierre Valdes）本是里昂商人，效法基督過清貧生活，變賣家產，周濟窮人。不久，贏得一班支持者，形成韋爾多派。他們只是主張赤貧，人人有權傳教，反對教會神職人員腐化，散播於法國南部及意大利北部，教皇亞歷山大三世為籠絡他們，曾准許他們活動。1179年，遭到教皇的譴責、並禁止他們自由傳教。1184年，在伐羅那宗教會議上，教皇盧修斯三世（Lucius Ⅲ）宣布罰絕韋

爾多派，並迫使韋爾多派與羅馬教會決裂，韋爾多派轉為地下活動。其後韋爾多派發生意見分歧而分成兩派，而教皇英諾森三世於1208年進一步分化韋爾多派，組織"公教窮人團"進行韋爾多派式的活動，使一些溫和的韋爾多派歸附羅馬。最後於16世記匯入宗教改革活動，成為新教徒。

3.宗教裁判所: 異端被處火刑

1220年，教皇洪諾留三世認為地方主教鎮壓異端不力，通令建立直屬教皇的"宗教裁判所"或"宗教法庭"。宗教裁判所一般設在修道院內，審訊秘密進行。宗教裁判所所制訂的審訊條例：有兩人作證，控告便能成立。證人如果撤回證詞，就按異端同謀犯處理，被告如不認罪，可用刑。被告不僅自己認罪，還須檢舉同案犯和異端嫌疑犯。為異端辯護者應受罰絕。被告認罪之後，如果翻案，按異端處理。被判為異端者，沒收其全部財產。宗教裁判所前後共經歷約500年，15世紀以後，西班牙的宗教裁判所最為殘暴，僅1483年至1820年，判處的異端份子達38萬多人，被火刑處死的達10萬餘人。而僅僅在1480-1488年間，被火刑處死的達8800人，受懲處者有96494人。

4.參與非洲奴隸貿易

羅馬天主教會在各地傳播主要是通過西班牙和葡萄牙的傳教士進行。探險家船隊為傳教士提供必需物品及保護，而教會卻提供特權給予協助傳教的國家。早在1452年教皇尼古拉五世就授權葡萄牙國王阿方索征服和統治異教徒。並且宣稱異教徒是神"賞給信徒的產業"。1454年教皇批准葡萄牙壟斷非洲的奴隸貿易。1458年天主教傳入岡比亞，1491年天主教傳入剛果，葡萄牙人16世紀在西非海岸實行殖民統治和傳教，使剛果成為葡萄牙的附庸和奴隸販子的據點。傳教士為擄掠來的黑奴施洗，然後一批批地押上船，他們便可獲取洗禮費。

5.傳教活動殘殺異教徒

傳教活動在拉丁美洲是以野蠻屠殺式進行，而主要是西班牙政府及傳教士參與。1526年西班牙國王查理五世下令，每支船隊必須攜帶傳教士同行，否則不准離港。根據傳教士拉斯·卡薩斯（Bartolome Las de Casas）記載，西班牙征服者每征服一個地方便宣布一道命令，用最殘酷的死刑和武力脅迫當地土著皈依基督教，並接受西班牙國王的統治，拒不服從者，立刻被屠殺。安的列斯島原有三百萬印第安人，1514年減至14000人，最後只剩下200人。1536年西班牙人抵達新格拉那達，傳教士更欺騙當地居民說，西班牙人是"公正的太陽之子"，將向他們宣傳道理。於是居民同意在太陽神廟內樹起十字架。由於印第安人入教是被迫的，他們依然秘密崇拜自己的圖騰及神像，為了更有效地控制當地居民，1602年耶穌會會長提出建立印第安人宗教歸化區，把逃往森林深處的印第安人進行思想改造。從1610年起，耶穌會在巴拉圭建立這種分開殖民征服者及當地居民的村莊，有十五萬印第安人分別住在卅個歸化區內，由傳教士負責管理。印第安人只能聽從傳教士命令及從事沉重的種植及採礦活動，事實上，他們只是傳教士的奴隸。1519年，西班牙殖民者征服了阿茲特克人的家鄉墨西哥。他們欺騙阿茲特克國王說：「西班牙人的到來完全是為了傳播基督教的光明。」不久便囚禁了國王，並假借他的名進行統治，殘酷地屠殺反抗的墨西哥人。1524年教皇和西班牙國王聯合派出十幾名傳教士到墨西哥傳教，他們為酋長之子及印第安人洗禮。根據方濟各會報告：1536年受洗者有500萬，到1540年受洗者巳超過900萬。17世紀，西班牙和法國（天主教）及英國和荷蘭（基督教）爭生恐後地在北美建立殖民地。當然，對土著居民實行種族滅絕政策，把印第安人的宗教信仰斥之為迷信這些統治方式並沒有改變。