7月19日,陈水扁致函联合国秘书长潘基文，表明要“以台湾名义加入联合国”遭到退回,引起陈水扁政府强烈不满。
7月24日陈水扁说，只有联合国安理会与大会，才有权处理台湾申请成为联合国会员的申请案，任何一个人或联合国秘书处皆没有权力处理台湾入会问题。他还说，不排除在明年“总统”大选，合并举办以台湾名义加入联合国的公投。
台“外交部长”黄志芳抨击，从“审查实体、秘书长职权行使、二七五八号决议案”的三大法理基础，联合国秘书处都无权退回台湾申请案。潘基文是联合国最高行政首长，理应替会员国服务，现在台湾透过友邦索罗门群岛、马拉威及史瓦济兰递交申请案，潘基文不但没有服务，还逾越职权，这个行为十分不当。联合国秘书处以所谓二七五八号决议案回绝台湾。但二七五八号从头到尾，“完全没有提及台湾是中华人民共和国的一部分，没有讲到一中原则，更没有授权给中华人民共和国代表台湾两千三百万人民在联合国的权益。”
7月24日下午陈水扁在接见巴拉圭外长拉米雷斯夫妇时说，以台湾名义申请成为联合国的会员案，台当局会持续下去。