科學的基本點是實證。凡是被實踐(包括實驗) 證實是正確的，自然也就能為人所信服所接受。宗教在本質上是非實證的，比如，基督教中上帝的存在是勿庸置疑的，也是不能試探的，但在一定程度上也承認實證，比如，基督教對上帝的存在就提倡用心去感受，這是一種帶唯心色彩的實證。

科學的實證區別於宗教的實證就在於其可重複性。比如，一個人可以在中國扔一個蘋果，蘋果一定會落地。他也可以在英國，在加拿大，在任何一個地方扔，結果是一樣的。換任何一個人，也不會有什麼差別。宗教的實證就不同了。張三今天向上帝求財，可能靈驗了，明天就不一定靈，李四也不一定靈，還要看上帝怎麼安排。

科學可以進行單一因素的實證，宗教就不一定行。比如，我們知道扔一片羽毛和一個鐵球，前者下落的慢。但放在真空的環境中(排除空氣的干擾)，我們看到的就不同了，兩者會同時下落。宗教行嗎？很難。除非象中東國家，本來窮得叮鈴鐺啷，突然發現了石油，一夜暴富，這倒可以說是真主對阿拉伯人的眷顧。(公道的說，有了石油後，他們經營的還不錯。)

科學萬能嗎？有局限嗎？大家知道數學中無窮大的概念吧。無窮大不是一個確定的數值，但有大小。無窮大比任何有限的數值都大，無論是一百萬還是一萬億。但無窮大小於自己的平方。科學非常類似無窮大的概念。科學的作用是無限的，但人對世界的認識是有限的。人對科學知識的機械運用造成了科學的誤區。比如，在牛頓的時代，由於萬有引力定律的巨大成功，人們總是試圖用這一理論來解釋有關的現象，儘管在近日行星軌道和光的波粒二相性的問題上出現了“烏雲” 。直到有了相對論，這些問題才得到了合理的解釋。

科學的基礎也包含約定俗成的前提，比如，質量和電這兩個非常基礎的概念就缺乏科學意義上的嚴整的定義。再比如，幾何學中直線平行的定義：在同一平面上的兩條直線永遠沒有交點，則兩直線平行。實際上，很難說什麼是永遠，儘管這樣的定義是合理的。但與宗教不同，科學中的這類概念也是實踐經驗的總結。

科學的本質就是質疑。這是科學的生命力所在，也是科學發展的原動力。科學也正是通過挑戰現有理論，探索未知領域，才得以不斷的發展完善。科學的理論永遠面對考驗。科學也永遠不存在不能質疑的前提。科學的正確性永遠是相對的，比如，牛頓力學在數百年中的成功，並不能保證它在新興的現代物理領域中也是正確的。

科學和宗教的撞擊主要在兩方面：有沒有靈魂的世界，有沒有一隻“上帝的手” 安排着我們的世界。科學的結論顯然是否定的，但作者(力圖) 以科學的角度看，這種否定不是無懈可擊的，畢竟科學未知的領域還遠遠大於已知的世界。

這裡特別要提一下，人們對宗教的看法往往基於不足夠的了解，而顯得簡單化，一律化。不同的宗教也是不盡相同的，談到宗教，也應有所區別。