马寅初1953年建议人口普查。结果是人口为6亿，增长率2%。49年后4年，中国人口多了1亿。马老为之震惊，他虽是古稀之年，亲自带领学生到各地复查，发现中国人口实际增长率高于2.2%，上海地区竟达到3.9%。他写了“控制人口与科学研究”一文，提交全国人大。
　　1957年最高国务会议上，马寅初大声疾呼，要求控制人口，实行计划生育。他当面向毛泽东提出： “50年后中国人口将达到15亿”， “不控制，后果不堪设想”。同年，他写了“新人口论”，从十个方面论述控制人口的重要性，上交人大。马老的思想，在知识界引起广泛回响。

　　但毛泽东对马寅初的“新人口论”不以为然，认为“人不但有一张嘴，还有一双手，可以创造世界”，断言：“社会主义国家不存在人口问题”。他在中央会议上提出“有人提出人口过剩的说法，这与形势格格不入。何况世界上还有帝国主义存在，将来消灭帝国主义的战争还需要牺牲很多人”。为了消灭“帝国主义”，毛鼓励生育，在“光荣妈妈”的口号下，50年代中国妇女平均生育4-5个，多则10个。大跃进中，毛还说：“搞十几亿人口也不要紧”。

　　反右中，毛泽东亲自发动了对马寅初的批判，咬定他是马尔萨斯主义。宣传部门指责“新人口论”是配合右派向党进攻，搞政治阴谋。1958年下半年，《人民日报》、《红旗》等重要报刊杂志发表批判文章200多篇。急风暴雨中，马寅初感到个人遭批判受委屈事小，国家的前途命运事大，他要求会见毛泽东、刘少奇、周恩来三位领导人，然而却没有一个与他面谈。马寅初只好发表“再谈平衡论和团团转”等文章，坚持自己的观点，并声明∶“我虽年近80,明知寡不敌众，自当单身匹马，出来应战，直到战死为止，决不向专以压服不以理说服的那种批判者们投降。”

　　毛泽东批示：“马寅初先生不服输，不投降，可以继续写文章，向我们作战嘛！他是个很好的反面教员嘛！”风头上，周恩来恳请马老认错过关：“马老啊，你的道德学问，我是一向尊为师长的……”，“这次，你就应我一个请求，写一份检讨，你好，我好，大家好，也算是过了社会主义这一关” 。马老感谢周的好意，写下“重述我的请求”，表示“为了国家和真理，我不怕孤立，不怕批斗，不怕冷水浇，不怕油锅炸，不怕撤职坐牢，更不怕死……无论在什么情况下，我都要坚持我的人口理论。”

　　毛泽东看到此文，向秘书口授：“马寅初向我们下战表，堪称孤胆英雄，独树一帜，也可以说是茅坑里的石头，又臭又硬。马尔萨斯姓马，他也姓马，有人要捍卫他的外国祖先到底，有什么办法？看来，马寅初不愿自己下马，我们只好采取组织措施。此事不可手软”。康生亲自出马，指示：“要像批判美帝国主义分子艾奇逊那样来批判马寅初”。北大掀起了围剿马寅初高潮，铺天盖地的大字报布满了校园和他的住宅。1960年1月，马寅初“辞”去北大校长，随后被罢免了人大常委委员职务，从此在政治和学术界消失。

　　十数年后，中国尝到了人口膨胀的苦头，转而强制实行计划生育。胡耀邦在马寅初平反后，说：“当年毛主席要是肯听马寅初一句话，中国今天的人口何至于会突破十亿大关啊！批错一个人，增加几亿人。我们再也不要犯这样的错误了。”历史为马寅初和毛泽东“人口问题”的争论做了结论。