7月19日,陳水扁致函聯合國秘書長潘基文，表明要“以台灣名義加入聯合國”遭到退回,引起陳水扁政府強烈不滿。
7月24日陳水扁說，只有聯合國安理會與大會，才有權處理台灣申請成為聯合國會員的申請案，任何一個人或聯合國秘書處皆沒有權力處理台灣入會問題。他還說，不排除在明年“總統”大選，合併舉辦以台灣名義加入聯合國的公投。
台“外交部長”黃志芳抨擊，從“審查實體、秘書長職權行使、二七五八號決議案”的三大法理基礎，聯合國秘書處都無權退回台灣申請案。潘基文是聯合國最高行政首長，理應替會員國服務，現在台灣透過友邦索羅門群島、馬拉威及史瓦濟蘭遞交申請案，潘基文不但沒有服務，還逾越職權，這個行為十分不當。聯合國秘書處以所謂二七五八號決議案回絕台灣。但二七五八號從頭到尾，“完全沒有提及台灣是中華人民共和國的一部分，沒有講到一中原則，更沒有授權給中華人民共和國代表台灣兩千三百萬人民在聯合國的權益。”
7月24日下午陳水扁在接見巴拉圭外長拉米雷斯夫婦時說，以台灣名義申請成為聯合國的會員案，台當局會持續下去。