中華人民共和國成立後，擔任過上海副市長，隨後於1955年在任內被懷疑為“內奸”被秘密逮捕，1963年被最高人民法院定罪入獄15年、剝奪政治權利終身。毛澤東批示潘漢年為叛投國民黨的CC派人物，應當處決但是不宜處決。1966年文革開始後重新收監，1976年重審被開除黨籍、判處無期徒刑，1977年4月逝世。