石正丽带领的团队最近在《自然》上发表了一篇文章，描述了他们在武汉肺炎病人上发现一种新的冠状病毒（nCoV-2019）的过程和分析。他们从五个病人的体内得到了病毒的全测序，并拿他们和已知的病毒序列进行了比较，发现是一种新的病毒。
这个新病毒和一种蝙蝠冠状病毒 RaTG13 在一个短的区域有高序列同源性。RaTG13 是石正丽他们几年前在云南省的蝙蝠中检测到的，但他们在此之前并没有 RaTG13 的活病毒和全序列。于是他们从保存的 RNA 样品里测了 RaTG13 的全序列，发现 RaTG13 和 nCoV-2019 的全基因组序列有 96.2%的同源性，共有近 1100 个碱基的差异。
结合其他冠状病毒的假定突变率估计，RaTG13 和 nCoV-2019 这两种病毒可能在 25 到 65 年前有一个共同的祖先。这表明这两种病毒是近亲。相比之下， SARS 病毒和 2019-nCoV 有约80%的全基因组序列同源性，是更远的亲戚。CoV-2019 是一个从来没见过的新病毒，在实验室目前也没有和 CoV-2019 最接近的蝙蝠冠状病毒 RaTG13 的活病毒，说 CoV-2019 是实验室泄露出来的是没有根据的。
石正丽团队为什么要研究动物上的病毒呢？因为要有效防止像 SARS一样的新发传染病，就应该研究 SARS 病毒到底从哪来，还有没有别的病毒会从动物上侵染人类。
自 2004 年开始，石正丽团队到中国各个省市采集了数千只中华菊头蝠标本，并对其体内病毒进行基因组分析。2013 年，他们在云南省一个洞穴中发现了一群携带有 SARS 样冠状病毒的中华菊头蝠，通过测序及序列比对，他们发现该病毒与 2003 年爆发的 SARS 病毒具有高度同源性。这个结果说明 SARS 病毒极可能起源于蝙蝠。此成果获得了中国国家自然科学奖二等奖。
2015 年美国北卡的 Ralph Baric 团队根据石正丽发现的蝙蝠冠状病毒序列，构建了一个活的蝙蝠冠状重组病毒（这就是网上传的 2015 年Nature Medicine 文章），发现它可以感染人细胞，并以此预测蝙蝠冠状病毒可能会进化到侵袭人类，需要密切监控。和 RaTG13 比，这个蝙蝠冠状重组病毒和 nCoV-2019 相差更远，更不可能是造成武汉肺炎的病毒。
2018 年，石正丽联合另外两个团队发现，导致2016 年广州仔猪致死性疾病的冠状病毒，与发生疫情猪场附近的蝙蝠洞穴中发现的冠状病毒全基因组序列一致性高达 98.48%，从而认定广州仔猪致死性疾病是来自于蝙蝠的冠状病毒造成的。这些研究找到了新发病毒的源头，对于防范未来的新发传染病很有帮助。
