石正麗帶領的團隊最近在《自然》上發表了一篇文章，描述了他們在武漢肺炎病人上發現一種新的冠狀病毒（nCoV-2019）的過程和分析。他們從五個病人的體內得到了病毒的全測序，並拿他們和已知的病毒序列進行了比較，發現是一種新的病毒。
這個新病毒和一種蝙蝠冠狀病毒 RaTG13 在一個短的區域有高序列同源性。RaTG13 是石正麗他們幾年前在雲南省的蝙蝠中檢測到的，但他們在此之前並沒有 RaTG13 的活病毒和全序列。於是他們從保存的 RNA 樣品里測了 RaTG13 的全序列，發現 RaTG13 和 nCoV-2019 的全基因組序列有 96.2%的同源性，共有近 1100 個鹼基的差異。
結合其他冠狀病毒的假定突變率估計，RaTG13 和 nCoV-2019 這兩種病毒可能在 25 到 65 年前有一個共同的祖先。這表明這兩種病毒是近親。相比之下， SARS 病毒和 2019-nCoV 有約80%的全基因組序列同源性，是更遠的親戚。CoV-2019 是一個從來沒見過的新病毒，在實驗室目前也沒有和 CoV-2019 最接近的蝙蝠冠狀病毒 RaTG13 的活病毒，說 CoV-2019 是實驗室泄露出來的是沒有根據的。
石正麗團隊為什麼要研究動物上的病毒呢？因為要有效防止像 SARS一樣的新發傳染病，就應該研究 SARS 病毒到底從哪來，還有沒有別的病毒會從動物上侵染人類。
自 2004 年開始，石正麗團隊到中國各個省市採集了數千隻中華菊頭蝠標本，並對其體內病毒進行基因組分析。2013 年，他們在雲南省一個洞穴中發現了一群攜帶有 SARS 樣冠狀病毒的中華菊頭蝠，通過測序及序列比對，他們發現該病毒與 2003 年爆發的 SARS 病毒具有高度同源性。這個結果說明 SARS 病毒極可能起源於蝙蝠。此成果獲得了中國國家自然科學獎二等獎。
2015 年美國北卡的 Ralph Baric 團隊根據石正麗發現的蝙蝠冠狀病毒序列，構建了一個活的蝙蝠冠狀重組病毒（這就是網上傳的 2015 年Nature Medicine 文章），發現它可以感染人細胞，並以此預測蝙蝠冠狀病毒可能會進化到侵襲人類，需要密切監控。和 RaTG13 比，這個蝙蝠冠狀重組病毒和 nCoV-2019 相差更遠，更不可能是造成武漢肺炎的病毒。
2018 年，石正麗聯合另外兩個團隊發現，導致2016 年廣州仔豬致死性疾病的冠狀病毒，與發生疫情豬場附近的蝙蝠洞穴中發現的冠狀病毒全基因組序列一致性高達 98.48%，從而認定廣州仔豬致死性疾病是來自於蝙蝠的冠狀病毒造成的。這些研究找到了新發病毒的源頭，對於防範未來的新發傳染病很有幫助。
