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科學故事:Omicron是哪裡的聖賢?
送交者: 小思 2021年12月07日20:59:37 於 [天下論壇] 發送悄悄話

材料取自網絡各大新聞媒體,小思翻譯,編輯和評論!

科學故事:Omicron是哪裡的聖賢?


Also; 福奇:Omicron幾乎肯定不會比Delta嚴重

南非新變種發現以來,人人關注它如何改變大流行軌跡,另一個謎團是Omicron來自何方,是哪裡的聖賢,以及如何進化的,它為我們避免未來的危險變體帶來了什麼教訓。我以科學雜誌的一片小評論來講個小故事,大科學家如何猜測病毒變異,觀點形形色色,百花齊放,百家爭鳴。

Omicron 顯然不是從早期關注的變體之一中開發出來的,例如 Alpha 或 Delta。它似乎是平行進化的——而且是在黑暗中夜晚突然竄出來的一個東西。伯爾尼大學病毒學家 Emma Hodcroft 說,Omicron 與數百萬公開共享的 SARS-CoV-2 基因組如此不同,以至於很難確定其最近的親屬。它可能很早就與其他菌株發生了分歧,至少追溯到 2020 年中期。

這引發了一個問題--Omicron 的前任潛伏了一年多。科學家們提出三種可能的解釋:1) 該病毒可能在幾乎沒有監測和測序的人群中傳播和進化;2) 它可能在慢性感染的 COVID-19 患者中孕育成長; 3) 可能是在非人類物種中進化而來的,最近又從非人類物種中傳播回人類。

柏林 Charité 大學醫院的病毒學家 Christian Drosten 支持第一種可能性。 “我認為這不是在進行大量測序的南非發生的,而是在冬季浪潮期間發生在南部非洲的其他地方。在很長一段時間內有很多感染發生,要讓這種病毒進化,你真的需要巨大的進化壓力。”

但是愛丁堡大學的 Andrew Rambaut 無法理解病毒是如何在一群人中隱藏這麼久: “我不確定世界上是否真的有足夠隔離的地方,這種病毒可以傳播這麼長時間,而不會在不同地方出現”。相反,Rambaut 和其他人提出該病毒最有可能在慢性感染的 COVID-19 患者身上發展,該患者可能是免疫反應因另一種疾病或藥物而受損的人。當 Alpha 於 2020 年末首次被發現時,該變體似乎也同時獲得了許多突變,這導致研究人員假設一種慢性感染。這一想法得到了一些慢性感染患者樣本測序的支持。

“我認為支持它的證據越來越強,”夸祖魯-納塔爾大學傳染病研究員理查德·萊塞爾斯(Lesells)說。他在預印本中描述了南非的一名不受控制的 HIV 感染的年輕女性攜帶 SARS-CoV-2 超過 6 個月。該病毒積累了許多在令人擔憂的變種中看到的相同變化,這種模式也出現在另一名 SARS-Cov-2 感染持續時間更長的患者身上。

為了阻止未來變異的一種可能來源,萊塞爾斯說:“我們需要做的是縮小 HIV 治療級聯中的差距。所以我們需要讓每個人都得到診斷,我們需要讓每個人都接受治療,我們需要讓那些目前正在接受無效治療的人接受有效的治療方案。”

但德羅斯滕說,免疫抑制患者慢性感染流感和其他病毒的經驗與 Omicron 的這一假設相反。逃避免疫系統的變異確實會在這些人身上發展,但它們會帶來許多其他變化,使他們無法在人與人之間傳播。 “這些病毒在現實世界中的適應度非常低。”這是因為隨着時間的推移,允許病毒在一個人體內存活的突變可能與最好地從一個人傳播到另一個人所需的突變大不相同。

柏林高級研究所的進化生物學家傑西卡·梅特卡夫 (Jessica Metcalf) 不太確定 SARS-CoV-2 是否如此。 “我認為這種病毒突變如此出色的一個原因是更好地結合 ACE2 [人體細胞上的受體]有助於宿主內傳播和宿主間傳播。”不過,就目前而言,她同意 Drosten 的觀點,即 Omicron 很可能在隱藏的人群中傳播和進化。

一些人認為病毒可能隱藏在齧齒動物或其他動物身上,而不是人身上,因此經歷了不同的進化壓力,選擇了新的突變。 “基因組真是太奇怪了,”斯克里普斯研究公司的傳染病研究員克里斯蒂安·安德森 (Kristian Andersen) 指着它的突變混合體說,其中許多突變以前從未在其他變體中出現過。

“這很有趣,它是多麼的不同,”亞利桑那大學圖森分校的進化生物學家 Mike Worobey 說。 Worobey 指出,儘管他支持免疫抑制的人作為 Omicron 的來源,但根據最近的預印本,2020 年 11 月下旬至 2021 年 1 月上旬在愛荷華州採樣的白尾鹿中有 80% 攜帶 SARS-CoV-2。 這確實讓我想知道那裡的其他物種是否會被慢性感染,隨着時間的推移,這可能會提供這種選擇壓力。”

牛津大學進化生物學家 Aris Katzourakis 說,現在排除任何關於 Omicron 起源的理論還為時過早,但鑑於人類感染的數量之多,他對動物的情況持懷疑態度。 “如果我們成功地抑制了病毒,我會開始更加擔心動物宿主,然後我可以將其視為可能隱藏的地方。”

許多全球衛生領導者利用 Omicron 的出現將全世界的注意力集中在富裕國家和貧窮國家的 COVID-19 疫苗接種之間的巨大差距上。流行病防範創新聯盟負責人理查德·哈切特 (Richard Hatchett) 於 11 月 29 日在世界衛生大會上發表講話時說,南非和博茨瓦納的疫苗覆蓋率低為該變種的進化“提供了肥沃的環境,作為全球應對措施的特徵的全球不公平現在已經根深蒂固。”

然而,一些科學家表示,幾乎沒有證據支持這一說法。 “如果我們在非洲接種更多疫苗,我們就不會有這種想法:我希望這是真的,但我們實際上無法知道”。

確實公說公有理,婆說婆有理。目前為止,人們對此變種知之甚少,要從 Omicron 吸取的教訓與其起源一樣未知。

佛奇今日表示:新冠病毒新變異株Omicron的程度不一定會比Delta嚴重。以3個主要方面來判斷:傳染性、逃避先前感染和疫苗免疫的程度、造成的疾病嚴重程度。佛奇說,Omicron“顯然具高度傳染性”,比Delta更易傳播,再感染率更高。南非正在追蹤的一些病例發現,感染人數與住院人數之間的比率似乎低於Delta。

佛奇說,一種不會導致更嚴重疾病、不會導致住院和死亡人數激增的傳染性更強的病毒株是“最好的情況”,“最糟糕的情況是,它不僅具高度傳染性,而且還會導致重症,然後又會出現另一波感染,而這一波感染還不一定能被疫苗或人們先前感染所產生的免疫力所抑制。”

 

Omicron變種病毒株,與新冠病毒其它病毒株有所不同。

南非醫學協會主席安吉麗·庫切醫生表示,感染Omicron變種病毒的患者,看起來與之前感染的其他變種病毒,例如Delta,患者的反應有所不同。庫切醫生表示:“它與Delta完全不同”;她表示,感染Omicron的患者,沒有表現出感染Delta一樣的喪失味覺與嗅覺、需要補充氧氣或脈搏加快等情況。庫切醫生表示:“這十分像感冒或流感類型的症狀”。Omicron患者有出現頭痛及身體疼痛,以及輕微喉嚨痛,但沒有嚴重咳嗽,亦沒有像上呼吸道感染那樣流鼻水或鼻塞。較之前疫情浪潮中的患者,所出現的病情較輕。在42名患者小樣本研究發現,這些患者往往比之前疫情中的患者年齡較輕,其中,逾80%患者的年齡在50歲以下。研究人員指出,這些患者中,大部分不需要吸氧氣——與該醫院之前的疫情形成鮮明對比;患者中,不少人最初是因為其他原因入院,之後才驗出感染新冠病毒。

因此,有些愉快的只看光明前途的醫生,科學家和普通人都充滿希望,希望這是最終戰勝新官統靴的一個契機,如果把握得當。曙光即在前頭。


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