無論等級多高的學者，在為進化論做辯護時，總是免不了“上帝怎麼會這樣設計”或“沒有哪個設計者會這樣做"這類的話，最經典的一個例子是junkDNA的存在，還是先看一下方舟子的原話

“在分子水平上來看生命現象，這類蹩腳的“設計”就顯得更明顯了。分子生物學上一個出乎意料的發現是，作為遺傳物質的ＤＮＡ，只有很小的一部分是真正載有遺傳信息，有表達蛋白質的功能的....

ZT snowball5212 (猞猁)

方舟子這樣定義進化:
生物是演變的，小到物種內基因頻率的改變，大到物種的改變，這是生物進化的最根本含義。除此之外，給進化的定義加上種種的修飾，不僅多餘，而且可能是錯誤的。(《進化論虛妄嗎？》第一章、進化是什麼？)
方舟子又說, “可見，在達爾文看來，即使自然選擇學說不成立，也無法改變生物是進化的而非神創的這一事實。”

我們應該注意的是,方舟子(以及大多數人)都認為,如果進化論是可靠的,就意味着"神創"的觀點是錯誤的,"設計"的理念是荒謬的。如果進化論只是一種普通的科學理論，為何它能直接決定一種世界觀的正誤呢？畢竟生物學也只是科學的一個領域，與物理或化學相比，不該有本質的差異，何以很少有人拿化學或物理學的某種理論來否定神創的世界觀？沒有人會說，如果前線軌道理論是對的，就說明世界不是上帝創造的。
甚至生物學的普通理論也不具備這種功能，如果有人講，化學滲透理論就決定了“生物是進化的而非神創的這一事實”，或者說，如果生物是上帝創造的，那DNA怎麼可能是雙螺旋結構？這些言論顯然是沒有道理的。一個普通的科學理論，無論被證實或被證偽，都無法判定某種世界觀的可靠性，因為後者屬哲學層次。

可見，如果把學術界對進化論的正統觀點僅描述為“演變”，那是不合事實的。一堆廢鐵最終被加工成一輛汽車，那也是“演變”，是否有人的參與並不是重點，隨着理論和技術的進步，完全可能設計出全自動控制的生產系統，甚至連該系統本身的更新與複製也實現自動化。我們知道細胞就達到了這種技術水平，而物理或化學定律在生物界同樣是有效的。

所以真正的進化論定義，不是靠摳字眼得出的，而應取決於學術界約定俗成的一致性意見，我在《從ID論與奧卡姆剃刀說起》裡的一段話有助於描述其理念:

對ID論來說，生物界的許多結構和系統可以跟人造設備相類比,因此解釋它們的起源,就類似於解釋某些機器或建築的"起源",三個因素是必需的1)材料2)能量3)計劃(程序)。也許你要說還需要人有意識的參與,但既然我們把許多的生物功能都與工業設備做了類比,而且人體的許多功能(視覺,思考等)確實在很大程度上是自動運行的,因此完全可以把人工生產過程看做一個複雜而協調的自動化控制過程,在此過程中,自然資源的供給和自然律的運行是重要的,但通常我們研究的重點是"計劃,安排,藍圖"這類智能動因。就好比計算機是由自然界的材料構成，它的生產和運行顯然也未違背自然律，但“自然產生”的提法就不妥了，問題的關健在於有一個可行的方案，能夠在自然律下使這些材料和能量得到適當的引導和安排。

而通常意義上的進化論觀點則排斥上述的研究理念。生物系統像是人工設計的嗎？多數專家會做出肯定的回答，但同時又會強調這是幻象,對生物的研究和解釋必須擺脫這種誤導 。

達爾文為避免設計論的研究理念，提出了一種以緩慢積累為特徵的路線。比如要解釋眼睛這樣的複雜器官的生成，就從一個簡單的感光點開始，以後再附加一個結構，如果這對它的功能有微小的增進，則這種複雜度輕微提高的系統（相比只有感光點的狀態）就可能通過自然選擇的考驗，以後再依此類推，經過漫長的積累，就可能出現極度複雜而精巧的器官，因此有像人眼這樣的器官存在是不足為奇的。

這種緩慢積累的特徵是達爾文主義的重點。當我們看到生物界種種高度複雜協調的系統，對其來源會有兩種解釋的大方向。
最容易想到的是：這是被設計的，則以下的具體工作就是辨認其構思，寫一部類似於說明書的東西。而另一種選擇，就基本上只有遵循前述達爾文的路線了，把起源過程分為眾多的小步驟，而就每一步來說，似乎困難不大。
正如一位生物哲學家所說，無神論者古已有之，但從達爾文開始，才能出現理智充足的無神論者（這是就解釋生物系統的來源而言，在其他方面無神論者一向是理直氣壯的，比如，這個世界為什麼有這麼多苦難，當好人被壞人欺負時，你的神在哪裡呢？等等）

方舟子說，生物的演變未必都是逐漸的，可以長期穩定後有一個跳躍，少數幾個調節基因的突變也可能引起表型的巨變。
然而這些論述已經偏離了重點。因為以上這兩種情況是就表型而言，並不能改變這一事實：遺傳信息的變異和積累必須是逐漸的和緩慢的。如果有人說，一個小的變異可以導致短期內出現幾十個新基因，那是不會被學術界認同的。（當然，基因可以大量擴增，但要使它們成為行使職能的新基因，仍需要緩慢的積累突變）

HOX一類的調節基因必須有其他的“基礎基因”來供其調遣，而調節基因本身相當於一個開關，我們解釋電視機顯象的原因時，總不能僅僅說，因為我按了一下開關。
這裡要指出的是，間斷平衡論或同源異形基因的妙用本身都不是問題的關鍵，因為通常意義上的進化論並非僅僅探討生物演化的某個細節，如果那樣，它就只是一個普通的生物學理論，無法作為“生物不是神創的”這一斷言的依據。

事實上，進化論從其自身理念到辯護方式都已超越了技術範疇，進入了哲學層次。無論等級多高的學者，在為進化論做辯護時，總是免不了“上帝怎麼會這樣設計”或“沒有哪個設計者會這樣做"這類的話，最經典的一個例子是junkDNA的存在，還是先看一下方舟子的原話

“在分子水平上來看生命現象，這類蹩腳的“設計”就顯得更明顯了。分子生物學上一個出乎意料的發現是，作為遺傳物質的ＤＮＡ，只有很小的一部分是真正載有遺傳信息，有表達蛋白質的功能的。對於人體來說，百分之九十以上的ＤＮＡ都不編碼蛋白質，其中極少數有調控功能，絕大多數沒有已知的功能，被稱為垃圾ＤＮＡ。如果我們現在就認定所有的垃圾ＤＮＡ都沒有功能，未免過於輕率，但對其中的一部分，我們已有了深入的研究，它們的確是垃圾。實驗表明，去掉它們對於生物體不會有任何的影響。就是這些廢物，盤占着細胞核的寶貴空間，細胞複製時還要費心費力把它們也複製一份遺傳下去。試想，如果你的居室的絕大部分空間都被垃圾占領，搬家時還要把它們也都帶走，是一件多麼荒唐的事！如果真有一位高明的設計者，他何必扔下這麼多的垃圾，何不令清潔工來打掃一番？”

我們在此簡要的分析一下

1.我們現在視為junk的那些序列,其中有一部分其實是參與運作的,甚至有一個pseudo基因也被發現是生存所需的,但這不是我們的重點,我們相信有許多序列即使被刪除也不會對個體的生存造成明顯的影響。

2.我們在某書卷中看到有些地方模糊不清,無法閱讀,這並不表明全書內容是未經設計和構思的。只是在歷代的傳抄和保存過程中累積了一些錯誤和損傷,是年齡的見證。
設備運行必然會伴隨着磨損，生物體內的設備也是這樣，”熵產生“總是增加的，好在生物體作為開放系統，可以通過新陳代謝來解決該問題。
實際上，經過了如此漫長的年代，還是有足夠的生物來保證人類的生存和研究，這值得驚奇。

3.就算很多序列完全沒用,達爾文主義也未能對它們的出現做出具體的解釋(僅僅說,“上帝不會這樣設計,所以它們是達爾文式演化的產物”,這不能稱作科學解釋),另外,對於其他"有用"的序列的起源就更缺乏解釋了。
但這一點也不是我們的重點。

4.如何判斷"有用"與否?這是個價值觀的問題。比如有人說，病毒有什麼用？我認為生物系的學生如果也問這種問題就不可理解了，因為研究工作中要用到病毒的地方實在太多了。可以說，如果沒有病毒，分子生物學還要“在黑暗中摸索更長的時間”。
畫家和文學家的作品有用嗎？如果沒有這些作品我們能不能活？當然能！
基因組中還沒有哪種類型的序列被認為是沒有研究價值的（包括pseudo-gene 和各種重複序列）。
同時，如果整個基因組的序列都容不得任何變異，似乎“空間利用效率”提高了，但DNA鑑定等辨別身分的工作也失去了可能性。
總之，簡單地把一些東西歸於“無用成分”，再以這些“無用成分”的存在來全面否定設計的存在，這是否過於輕率呢？