概括起來，替代神學認為神在舊約時代同以色列人所立的約因因以色列人拒絕耶穌基督，致使神同外邦人訂立新約而自動廢止。因此舊約中所有指着以色列民族的預言都必須統統“靈意化”地用在教會極其信徒身上，而這些預言對以色列民族本身已經不再有效。除非猶太人加入外邦人的教會，否則神在他們身上沒有任何特別的作為。

替代神學導致教會蔑視猶太人，甚至認為他們已經完全失去神的恩寵，比外邦人都不如。這就是保羅在羅馬書11章中所警告的：外邦信徒對着以色列人自高自大，看不起他們，輕視他們(甚至憎恨他們)。這樣做乃是本末倒置，而且結果很危險：神即不愛惜原來的枝子(指以色列人)，將其砍下，我們這些嫁接上去的野枝子如果狂傲自大，難道不怕神更重的懲罰嗎？

歐洲幾個世紀以來的反猶主義傾向，包括希特勒對猶太人的種族滅絕行為，其背後的神學依據正是“替代神學”