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約翰福音5-6章可以依次分6個主題。

第一、我們首先看見畢士大池邊對肉體的醫治（約翰福音5:1-18）；這第三個神跡的目的不在於醫病趕鬼；而在於讓我們相信基督是神，有能力賜給我們復活的身體。先知以西結遠遠地看見這從這裡開始，直到末世的枯骨復甦。不僅如此，這個神跡是從另外一個角度深化“從水和聖靈生的”這個主題。

第二、緊接着這個神跡就是耶穌重申自己與父神的關係，並以此為據宣告自己就是生命和復活的主：父神差遣施洗約翰和藉着聖經為自己作證（約翰福音5:19-47）。

第三、接下來藉着逾越節期間餵飽五千人這第四個神跡（約翰福音6:1-15），耶穌預告自己將成為生命的糧；其屬靈含義也是清楚的：耶穌在十字架上捨命，勝過死亡，將永生賜給一切相信的（“最後的晚餐”）。

第四、約翰福音6:16-21是第五個神跡：耶穌像諾亞方舟一樣，可以帶領我們勝過律法的審判和死亡的權勢（詩篇107:30）。這兩個神跡仍然與“水和聖靈”有關；也共同預表基督在十字架上的受難與復活。

第五、約翰福音6:22-59，是對生命的糧這個真理的長篇大論，這篇講論關注的是世人怎樣靠基督和祂的福音得生命；連同前兩個神跡，解釋約翰福音5:46。

第六、約翰福音6:60-71一方面告訴我們，這永生之道，不是所有人都能領受的。所以我們看見基督講道的“失敗”，因為很多人都離開祂了。用我們今天的話講：祂講的那麼好，為什麼人那麼少。另一方面，得救的只是極少的人，這有彼得的認信為證。所以耶穌才說，進天國的門，是窄的。不是上帝狹隘，將門修的很窄，故意不讓人進去；更不是加爾文主義或猶太教的胡言亂語，上帝揀選一部人作地獄的燃料。不是的，聖經明說，神願萬人得救。答案很簡單：人們自己厭棄復活的真理，棄絕了基督。而這群人類中，還有一位是魔鬼（約翰福音6:70）。總而言之，第六部分將最後審判的兩種結局預告給了我們。