无论等级多高的学者，在为进化论做辩护时，总是免不了“上帝怎么会这样设计”或“没有哪个设计者会这样做"这类的话，最经典的一个例子是junkDNA的存在，还是先看一下方舟子的原话

“在分子水平上来看生命现象，这类蹩脚的“设计”就显得更明显了。分子生物学上一个出乎意料的发现是，作为遗传物质的ＤＮＡ，只有很小的一部分是真正载有遗传信息，有表达蛋白质的功能的....

ZT snowball5212 (猞猁)

方舟子这样定义进化:
生物是演变的，小到物种内基因频率的改变，大到物种的改变，这是生物进化的最根本含义。除此之外，给进化的定义加上种种的修饰，不仅多余，而且可能是错误的。(《进化论虚妄吗？》第一章、进化是什么？)
方舟子又说, “可见，在达尔文看来，即使自然选择学说不成立，也无法改变生物是进化的而非神创的这一事实。”

我们应该注意的是,方舟子(以及大多数人)都认为,如果进化论是可靠的,就意味着"神创"的观点是错误的,"设计"的理念是荒谬的。如果进化论只是一种普通的科学理论，为何它能直接决定一种世界观的正误呢？毕竟生物学也只是科学的一个领域，与物理或化学相比，不该有本质的差异，何以很少有人拿化学或物理学的某种理论来否定神创的世界观？没有人会说，如果前线轨道理论是对的，就说明世界不是上帝创造的。
甚至生物学的普通理论也不具备这种功能，如果有人讲，化学渗透理论就决定了“生物是进化的而非神创的这一事实”，或者说，如果生物是上帝创造的，那DNA怎么可能是双螺旋结构？这些言论显然是没有道理的。一个普通的科学理论，无论被证实或被证伪，都无法判定某种世界观的可靠性，因为后者属哲学层次。

可见，如果把学术界对进化论的正统观点仅描述为“演变”，那是不合事实的。一堆废铁最终被加工成一辆汽车，那也是“演变”，是否有人的参与并不是重点，随着理论和技术的进步，完全可能设计出全自动控制的生产系统，甚至连该系统本身的更新与复制也实现自动化。我们知道细胞就达到了这种技术水平，而物理或化学定律在生物界同样是有效的。

所以真正的进化论定义，不是靠抠字眼得出的，而应取决于学术界约定俗成的一致性意见，我在《从ID论与奥卡姆剃刀说起》里的一段话有助于描述其理念:

对ID论来说，生物界的许多结构和系统可以跟人造设备相类比,因此解释它们的起源,就类似于解释某些机器或建筑的"起源",三个因素是必需的1)材料2)能量3)计划(程序)。也许你要说还需要人有意识的参与,但既然我们把许多的生物功能都与工业设备做了类比,而且人体的许多功能(视觉,思考等)确实在很大程度上是自动运行的,因此完全可以把人工生产过程看做一个复杂而协调的自动化控制过程,在此过程中,自然资源的供给和自然律的运行是重要的,但通常我们研究的重点是"计划,安排,蓝图"这类智能动因。就好比计算机是由自然界的材料构成，它的生产和运行显然也未违背自然律，但“自然产生”的提法就不妥了，问题的关健在于有一个可行的方案，能够在自然律下使这些材料和能量得到适当的引导和安排。

而通常意义上的进化论观点则排斥上述的研究理念。生物系统像是人工设计的吗？多数专家会做出肯定的回答，但同时又会强调这是幻象,对生物的研究和解释必须摆脱这种误导 。

达尔文为避免设计论的研究理念，提出了一种以缓慢积累为特征的路线。比如要解释眼睛这样的复杂器官的生成，就从一个简单的感光点开始，以后再附加一个结构，如果这对它的功能有微小的增进，则这种复杂度轻微提高的系统（相比只有感光点的状态）就可能通过自然选择的考验，以后再依此类推，经过漫长的积累，就可能出现极度复杂而精巧的器官，因此有像人眼这样的器官存在是不足为奇的。

这种缓慢积累的特征是达尔文主义的重点。当我们看到生物界种种高度复杂协调的系统，对其来源会有两种解释的大方向。
最容易想到的是：这是被设计的，则以下的具体工作就是辨认其构思，写一部类似于说明书的东西。而另一种选择，就基本上只有遵循前述达尔文的路线了，把起源过程分为众多的小步骤，而就每一步来说，似乎困难不大。
正如一位生物哲学家所说，无神论者古已有之，但从达尔文开始，才能出现理智充足的无神论者（这是就解释生物系统的来源而言，在其他方面无神论者一向是理直气壮的，比如，这个世界为什么有这么多苦难，当好人被坏人欺负时，你的神在哪里呢？等等）

方舟子说，生物的演变未必都是逐渐的，可以长期稳定后有一个跳跃，少数几个调节基因的突变也可能引起表型的巨变。
然而这些论述已经偏离了重点。因为以上这两种情况是就表型而言，并不能改变这一事实：遗传信息的变异和积累必须是逐渐的和缓慢的。如果有人说，一个小的变异可以导致短期内出现几十个新基因，那是不会被学术界认同的。（当然，基因可以大量扩增，但要使它们成为行使职能的新基因，仍需要缓慢的积累突变）

HOX一类的调节基因必须有其他的“基础基因”来供其调遣，而调节基因本身相当于一个开关，我们解释电视机显象的原因时，总不能仅仅说，因为我按了一下开关。
这里要指出的是，间断平衡论或同源异形基因的妙用本身都不是问题的关键，因为通常意义上的进化论并非仅仅探讨生物演化的某个细节，如果那样，它就只是一个普通的生物学理论，无法作为“生物不是神创的”这一断言的依据。

事实上，进化论从其自身理念到辩护方式都已超越了技术范畴，进入了哲学层次。无论等级多高的学者，在为进化论做辩护时，总是免不了“上帝怎么会这样设计”或“没有哪个设计者会这样做"这类的话，最经典的一个例子是junkDNA的存在，还是先看一下方舟子的原话

“在分子水平上来看生命现象，这类蹩脚的“设计”就显得更明显了。分子生物学上一个出乎意料的发现是，作为遗传物质的ＤＮＡ，只有很小的一部分是真正载有遗传信息，有表达蛋白质的功能的。对于人体来说，百分之九十以上的ＤＮＡ都不编码蛋白质，其中极少数有调控功能，绝大多数没有已知的功能，被称为垃圾ＤＮＡ。如果我们现在就认定所有的垃圾ＤＮＡ都没有功能，未免过于轻率，但对其中的一部分，我们已有了深入的研究，它们的确是垃圾。实验表明，去掉它们对于生物体不会有任何的影响。就是这些废物，盘占着细胞核的宝贵空间，细胞复制时还要费心费力把它们也复制一份遗传下去。试想，如果你的居室的绝大部分空间都被垃圾占领，搬家时还要把它们也都带走，是一件多么荒唐的事！如果真有一位高明的设计者，他何必扔下这么多的垃圾，何不令清洁工来打扫一番？”

我们在此简要的分析一下

1.我们现在视为junk的那些序列,其中有一部分其实是参与运作的,甚至有一个pseudo基因也被发现是生存所需的,但这不是我们的重点,我们相信有许多序列即使被删除也不会对个体的生存造成明显的影响。

2.我们在某书卷中看到有些地方模糊不清,无法阅读,这并不表明全书内容是未经设计和构思的。只是在历代的传抄和保存过程中累积了一些错误和损伤,是年龄的见证。
设备运行必然会伴随着磨损，生物体内的设备也是这样，”熵产生“总是增加的，好在生物体作为开放系统，可以通过新陈代谢来解决该问题。
实际上，经过了如此漫长的年代，还是有足够的生物来保证人类的生存和研究，这值得惊奇。

3.就算很多序列完全没用,达尔文主义也未能对它们的出现做出具体的解释(仅仅说,“上帝不会这样设计,所以它们是达尔文式演化的产物”,这不能称作科学解释),另外,对于其他"有用"的序列的起源就更缺乏解释了。
但这一点也不是我们的重点。

4.如何判断"有用"与否?这是个价值观的问题。比如有人说，病毒有什么用？我认为生物系的学生如果也问这种问题就不可理解了，因为研究工作中要用到病毒的地方实在太多了。可以说，如果没有病毒，分子生物学还要“在黑暗中摸索更长的时间”。
画家和文学家的作品有用吗？如果没有这些作品我们能不能活？当然能！
基因组中还没有哪种类型的序列被认为是没有研究价值的（包括pseudo-gene 和各种重复序列）。
同时，如果整个基因组的序列都容不得任何变异，似乎“空间利用效率”提高了，但DNA鉴定等辨别身分的工作也失去了可能性。
总之，简单地把一些东西归于“无用成分”，再以这些“无用成分”的存在来全面否定设计的存在，这是否过于轻率呢？