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约翰福音5-6章可以依次分6个主题。

第一、我们首先看见毕士大池边对肉体的医治（约翰福音5:1-18）；这第三个神迹的目的不在于医病赶鬼；而在于让我们相信基督是神，有能力赐给我们复活的身体。先知以西结远远地看见这从这里开始，直到末世的枯骨复苏。不仅如此，这个神迹是从另外一个角度深化“从水和圣灵生的”这个主题。

第二、紧接着这个神迹就是耶稣重申自己与父神的关系，并以此为据宣告自己就是生命和复活的主：父神差遣施洗约翰和藉着圣经为自己作证（约翰福音5:19-47）。

第三、接下来藉着逾越节期间喂饱五千人这第四个神迹（约翰福音6:1-15），耶稣预告自己将成为生命的粮；其属灵含义也是清楚的：耶稣在十字架上舍命，胜过死亡，将永生赐给一切相信的（“最后的晚餐”）。

第四、约翰福音6:16-21是第五个神迹：耶稣像诺亚方舟一样，可以带领我们胜过律法的审判和死亡的权势（诗篇107:30）。这两个神迹仍然与“水和圣灵”有关；也共同预表基督在十字架上的受难与复活。

第五、约翰福音6:22-59，是对生命的粮这个真理的长篇大论，这篇讲论关注的是世人怎样靠基督和祂的福音得生命；连同前两个神迹，解释约翰福音5:46。

第六、约翰福音6:60-71一方面告诉我们，这永生之道，不是所有人都能领受的。所以我们看见基督讲道的“失败”，因为很多人都离开祂了。用我们今天的话讲：祂讲的那么好，为什么人那么少。另一方面，得救的只是极少的人，这有彼得的认信为证。所以耶稣才说，进天国的门，是窄的。不是上帝狭隘，将门修的很窄，故意不让人进去；更不是加尔文主义或犹太教的胡言乱语，上帝拣选一部人作地狱的燃料。不是的，圣经明说，神愿万人得救。答案很简单：人们自己厌弃复活的真理，弃绝了基督。而这群人类中，还有一位是魔鬼（约翰福音6:70）。总而言之，第六部分将最后审判的两种结局预告给了我们。