概括起来，替代神学认为神在旧约时代同以色列人所立的约因因以色列人拒绝耶稣基督，致使神同外邦人订立新约而自动废止。因此旧约中所有指着以色列民族的预言都必须统统“灵意化”地用在教会极其信徒身上，而这些预言对以色列民族本身已经不再有效。除非犹太人加入外邦人的教会，否则神在他们身上没有任何特别的作为。

替代神学导致教会蔑视犹太人，甚至认为他们已经完全失去神的恩宠，比外邦人都不如。这就是保罗在罗马书11章中所警告的：外邦信徒对着以色列人自高自大，看不起他们，轻视他们(甚至憎恨他们)。这样做乃是本末倒置，而且结果很危险：神即不爱惜原来的枝子(指以色列人)，将其砍下，我们这些嫁接上去的野枝子如果狂傲自大，难道不怕神更重的惩罚吗？

欧洲几个世纪以来的反犹主义倾向，包括希特勒对犹太人的种族灭绝行为，其背后的神学依据正是“替代神学”