神會來到北方時，普寂的北宗禪已成為唐廷的官禪，神會要撼大樹不能一上來就連根拔，比較好的策略是從枝幹上搖。於是神會沒有去普寂待着的洛陽，而是選擇了距洛陽不遠的滑縣（司馬懿的老家）大雲寺召開無遮大會，來為正式發起挑戰北宗禪先打外圍的宣傳戰。　　　　所謂無遮大會，是指僧尼道俗都可參加的弘法大會。大雲寺當時在全國有多所，由於武則天登基前曾有勸進的僧人向她上偽《大雲經》為武氏稱帝造勢，所以武則天在全國主要州治都設有大雲寺作為官寺，以示禮佛，鑒真東渡前住的就是揚州的大雲寺（即現在的大明寺）。所以神會這個大會的規格並不低。　　　　734年大會召開，神會將醞釀已久的兩個重磅炸彈悉數拋出。首先就是圍繞禪學正宗象徵的祖師衣缽傳承制度，神會公然宣布，自達摩初祖開始，便有一領袈裟在慧可至弘忍等五祖間進行傳遞，連綿不絕，這相當於帝王的玉璽、丐邦的打狗棒，代表着正宗更替，現在這件袈裟就在慧能的手中，神秀的弟子們枉稱正溯，偽造歷史，今普寂自稱禪宗第七代，這是欺世盜名的說法！　　　　此論一出便在無遮大會上引起大嘩，關於禪宗傳承，人們確實聽說有祖師衣缽的提法，神秀在世時對此也語多含糊，現在神會在此言之鑿鑿，不由得大家心裡不起疑惑。神會看到第一炮見響了，接着又從教理上對神秀北宗提出批判。他聲稱，達摩初祖所傳禪法是以頓悟為主，“自心見性”，而神秀的北宗卻違背達摩初衷，重漸覺而輕頓悟，這是邪魔旁道，誤人正途，要求為慧能的南宗禪正名。　　　　神會在主座上說的唾沫星四濺，底下坐着的普寂僧團的崇遠禪師坐不住了，他站出來說，“普寂禪師名聲遠揚，天下知聞，你一下座末僧居然如此誹謗大師，是不是你與自己的小命有仇呀？”（“豈不與身命有仇”）這種公然以生死相脅的說詞出自一個和尚之口，還真是有些不可思議，可見北宗派僧人的憤怒，事關本派立宗的根本，不赤膊見紅也不行了。　　　　神會也並非只受些言語上的威脅，此後他在北方真的數次遇險，好在有南宗僧人的保護才得以脫險。神會對此並不介懷，相反他更來勁了，這種定宗旨、辯是非的大會他又在北方各地開過幾次。745年他應兵部侍郎宋鼎之邀，把無遮大會竟開到了東都洛陽，這裡是普寂派僧人的大本營，北宗禪和尚們對此忍無可忍了，於是勾結御史盧弈向唐玄宗誣告神會宣揚邪說，圖謀不軌，唐玄宗耳根子軟，遂將神會貶出洛陽，隨後一貶再貶，兩年內把神會逐了四次，直攆到湖北荊州才罷休。　　　　北宗派僧人以為這下沒事了，可是世事難料，這個時候胡人安祿山開始出來搗亂了。安史之亂（755-763）發端於河北范陽，幾年之間兵禍如蝗蟲過境，席捲大半個中國，唐王室都被趕的到處亂跑，那些北方的寺院僧團更是大遭其殃。北宗禪在中原苦心經營多年的寺院僧眾被摧殘一空，北宗無數高僧送命（普寂在安史之亂前就去世了），勢力大受挫折。神會這一支倒是因禍得福，由於被貶南方躲過了戰亂，而且天下大亂還為南宗禪的掘起提供了政治機遇。　　　　唐王室與叛軍開戰打紅了眼，什麼招都想出來試一試，比如請回紇兵來援，交換條件是回紇兵如攻下長安可放任士兵劫掠。這還不足以籌夠唐兵的軍晌，於是平叛副元帥郭子儀想到了求助於在當時頗有名望的神會。神會說，這好辦，我們來賣僧人度牒籌軍晌吧。　　唐朝的和尚是不必交稅的，亂世中還可以躲在廟裡吃大鍋飯，所以很多老百姓為了生計都願意出家。官府為了抑制這種僧眾過濫的情況要求出家人數必須要在國家嚴格的控制之內，這就產生了所謂度牒制度，當年玄奘出家時參加的度僧考試，近千人中只取27名，可見當年度僧的嚴格。　　　　不過現在要打仗，這些全都顧不上了。神會為郭子儀出了這個飲鳩止渴的主意，並拖着80多歲的年老之軀親自設壇度僧。前面說到的曾迫害過神會的盧弈已被叛軍殺死，而普寂及其主要弟子又都沒有神會長壽，所以神會的大名開始遠揚，他度僧得的錢全部捐給朝廷，由此得到唐廷的重視，同時由他度的僧自然的歸入南宗禪門下，從而南北兩宗的勢力發生了根本逆轉。唐肅宗還京後下旨為他在洛陽荷澤寺造廟供養，隨後又正式封神會為禪宗第七祖。至此南北禪宗的這段公案終於有了個結果。　　　　慧能禪宗在中國的得勢除去一些偶然因素外，主要有幾個重要原因：　　首先，南宗禪講求的不立文字、頓悟成佛的宗旨，將唐初各宗煩瑣的佛教義理徹底拋開，它肯定了人人皆有佛性，而且成佛的先覺條件不再是對佛教經典窮其無味地苦讀。只要機緣合適，眾人就可通過“頓悟”這一方便法門立時成佛。這大大減少了成佛的人為屏障，令眾多學佛的人不再望深澀的佛經而卻步，這對於佛教的中國化傳播提供了極大的便利，同時它對佛理的破壞性也是顯而易見的，只不過這些後果是在兩宋後才逐漸顯露出來。　　其次，禪宗主張隱修山林脫離世俗生活，不象此前一些宗派那樣熱心與政治結合（比如華嚴宗對武氏政權的支持），這對王權的鞏固有好處，所以歷屆政府對禪宗的敵意較少。　　再有，南宗禪的大本營在南方數省，這裡遠離中國的兵亂戰場。後來經唐武宗會昌法難、唐末大起義、五代更替，北方原有各宗的寺院體系遭到了極大毀壞，而禪宗在亂世中得以保存了實力，又由於宋後中國的政治文化中心開始南移，造成了南禪高僧輩出，最終他們在北方攻廟略地，最終一統了中國佛界。　　　　神會之後，禪宗逐漸分成了青原和南嶽兩個體系，從南嶽系中形成了溈仰、臨濟二宗，青原系中形成曹洞、法眼、雲門三宗，到宋後臨濟宗又一枝獨秀，它又進一步分化出黃龍和楊岐兩家，以上統稱五家七宗。中國佛教就是在這種不斷分化之中逐漸失去了義理研究的活力，隨着唐末至兩宋以後政治上的崇佛空氣發生逆轉，中國佛教逐漸走過了他的盛世天下，開始向西山日薄處行進了。