下面論述第（三）部分之內容：身心關係。
如果有人問：這樣的身心之間到底存在什麼關係？對此則可回答說：身體、心識之間並不存在本體、異體或從身體之部分中派生出心識這種彼彼所生之種種關係。前文已論述過身心同體，或身體與心識之間是因果關係等種種說法的不合理之處，所以說暫時來看，我們可承認心身之間存在所謂的能依、所依之假立關係，在能依、所依之關係得以成立的過程中，身體對心識具有一定的利害作用，反過來，心識對身體同樣具有一定的利害關係。
說到心識的本體，可以說它具有一明了之本體，此本體不斷地在流轉、遷移，這方面的道理前面已宣說過。而有關心性的細微特徵及心的特異性，則依身體等其他因緣而得以產生。比如如果父母具足嗔心或悲心抑或乃狡詐之徒，那麼他們所養育的孩童相應也會具有嗔心、悲心或乃狡詐之人，孩子的種姓與父母親有着極為密切的關係。其實父母的心識與子女的心識各有各的本體，兒女性格上與父母的相似之處，與心性本體並無本質關聯，這些心性特徵主要得依靠身體才能產生出來，父母的心識並不是直接生出兒女心識的原因。
過去，有人依靠聖物而作儀軌以使孩童的頭腦變得更聰明些，現在的人們則使用藥物以求提高智慧，人們對身體採取種種措施，目的只是為了讓心更加聰慧。另外，如果體內服進某些藥物或酒，心就會陷入發狂、迷亂、自我麻醉的狀態中。再比如，眼根出了問題，眼識就不會產生，或變得不如以前那麼清晰明亮；大腦若受到損害，心識的功能就有可能遭到徹底破壞……還有以大悲心施行的自他相換法，都會使心識及身體受到影響，此理就如上文宣說過的那樣。所以說因了父母的種姓，子女的心性或多或少會產生相應的變化。
正如《釋量論》所云：“若時於心續，利害亦易解，如火與瓶等，以此亦非返。”這裡所宣說者，並非是在指示人們身體是形成心識的近取因，這一點非常關鍵，我們必須透徹、詳細地加以了解。同樣，心對身體也有一定的利害關係，下面這個例子就對之作了精彩的印證：
以前有一上師某天正坐在法座上為眾人傳法，恰在此時，一條被人用石塊擊打的狗倉皇逃過此處。狗的陣陣慘叫勾起了上師的無比悲心，他感覺那些石塊就好像打在自己的身上一樣。結果，悲痛不已的上師最後竟因此而從法座上一頭摔了下來。當時有些人認為上師純粹是假慈悲，上師知曉了他們的心思後，就脫去上衣讓這些人看自己的背——石塊本來是打在狗的脊背上，但現在上師的背部卻腫了起來，而且還呈現出一大片紫黑色的傷痕。
又比如一九三○年的印度，有一位醫生為觀察一被判死刑者的臨終心態，就對此人說：“人體如果大量出血，決定必死無疑。”到了臨刑這天時，犯人被蒙上雙目，並被拴牢在一張凳子上。此時，那位醫生開始在犯人皮膚上用刀割開一個口子，同時又弄出水滴墜地的聲響，聽起來就好像犯人身上的血正汩汩地往外流淌、滴落。犯人不由想到：我身上的血馬上就要流幹了。在這種心態下，他的心識很快就迷亂起來，並最終死去。
再來看看前蘇聯著名文學家高爾基的一則日常生活小插曲。他寫過一部小說，其中有一個情節是說一名男子像瘋子一般拿起桌上的刀子就向自己妻子的肝臟部位刺去，等把刀拔出來後，傷口處立刻像流水一樣往外嘩嘩地淌血。當高爾基全神貫注地用心構思這段情節時，所有這些想象而出的細節、場面，都異常逼真地一幕幕映現在腦海。就因為這個原因，過分投入的高爾基在創作過程中最後竟昏厥了過去。他的妻子聽到動靜後急忙過來探問究竟，結果發現作家本人的右胸脯下方就像被刀子刺過一樣，一片紫黑色的痕跡赫然呈現。這團疤痕在高爾基的身上留存了好幾天，然後才漸漸散去。
以前印度有位患有眼翳的老人，以此原因，他經常看到鍋中有所謂的毛髮漂來漂去。老人認為兒媳婦總愛把這些不淨之食物做給自己吃，他不由想到：我天天都在吃這些毛髮，這可如何是好？想來想去，老人最後竟因此而得了癌症。後來他自己終於明白過來，這一切都是因為自己的眼識陷入迷亂所致，其實飯裡面一根毛髮也沒有。明白了這個道理後，老人的癌症隨即不治而愈。
如今有許多病人得了所謂的不治之症，千方百計用盡一切醫療手段也未見有什麼明顯效果。此時如能藉助觀想作意之療法，則很多病症可能很快就會痊癒。一些密宗論典中也說過，唯一依靠修行之力，身體即可修成虹光身。這方面的事例眼下就有很多，此處無需一一列出。
這樣看來，心識與身體在和合共處的過程中，互相之間都會對對方造成一定程度的損害或帶來相應的利益，特別是因往昔的串習力所致，心總是要把暫時借居的身體執著為實並當成我所，因此身體所感受的一切，心亦同樣感受。為了身體的利益，心不惜造作種種貪、嗔等惡業；而身體也像心的僕人一般，只要能滿足自心願望，身體可以不顧寒熱饑渴及種種煩惱，刀山敢上，火海願趟，什麼事都可以做出來。身心即如是互相依靠，在它們的關係未終止之前，一直都會以這種方式而存在。
不過，到了一定時候，身心決定會分離，從此即各自漂流、各奔東西，就像小鳥從蛋殼中破殼而出後，永遠就會與孵化自己的蛋殼分道揚鑣一樣。身體與心識之間的關聯中斷之後，身軀就會融入五大而消盡；心識則繼續漂泊於無邊無際之輪迴苦海。所以我們理應了知，身心之間暫時存在有一種假立的關係，不過這種關係也僅是暫時安立而已。
至於說心是身體的一部分，或心需依靠身體才能重新產生等觀點，均屬無任何可靠依據的胡言亂語。我們應該依賴可信、究竟的理證，完全、徹底地通達身心關係的本意。如果僅僅因為看到心識的所依是身體，身體若作利作害時，能依之心識也會產生相應的變化，然後就據此認為心是由身體所生的，或認定心身是一本體，則此種推理也未免有些太過牽強、過分。正如我們不能因為看到水依靠盛水之器皿、鳥兒依靠樹木棲息等等類似能依、所依的關係存在，而且一旦盛水器皿、樹木等所依發生變化，水、鳥兒等能依也隨之產生相應變化的現象，就可以推斷說產生鳥兒的因是樹木、盛水器皿亦是水的生因，或樹木與鳥兒、盛水器皿與水屬同一本體。因此，依據不定之相似理由，說前後世並不存在，且將這種論調大膽地向全球世人廣為推介，還說什麼這已是經過科學驗明過的真理，這種肆無忌憚的宣傳才真真切切是欺騙整個人類的謊言！真心希望這種人能儘快終止自己的這類行為。
最後論述第三部分的內容，也即結尾。
以上通過破斥他宗、建立自宗這兩方面的論證，已將前後世存在之理簡略宣說完畢。這些道理是以佛教論典中早已闡釋過的基本原理作為立論之基，然後又加上一些二十世紀在美國等科技高度發達的國家內出現的事實，以及眾多科學家經過再三觀察並加以確證的事例以為補充而進行論述的。我本人在上述基礎之上，以公平的觀察、平和的語言，就如用手指指點山脈一樣簡單講述了前後世存在之理由與證據。本來在佛教各宗派與現代科學的觀點之間，尚有許多可以展開論述的問題，這些問題看來只有留待將來去分析、對比、研究了。願意對如意寶般的一切利樂之源——佛法奉獻出才智與生命的有智之士，都應該將佛教自宗的四大宗派與科學原理之間的關係了解透徹。在對其進行對比研究時，哪些是佛教與科學相同的地方、哪些是佛法超越科學的地方、哪些又是佛法遠遠超勝科學且能代表佛教本質特點的最獨特、最究竟的地方，對這些問題不但要自己精通無礙，更要向別眾廣為宣講，這項工作確實非常重要且必要。
如果有人問：科學是凡夫依靠尋伺分別念而得到的一種理智結晶，何必要對它如此重視？從本質說，這話也不算錯，也正是因為這個理由，所以作為佛教徒的我們從不擔心科學道理與發展會對佛法造成本質性傷害。但如果我們能對科學原理及其應用方法增加了解，則大家對佛陀教法的信心與定解一定會愈發穩固、增上。如果自己已經通達了這方面的道理，然後又能將之理智地宣講給別人，那麼這種做法必會對自他帶來極大的利益與幫助，因當今時代，崇拜科技力量的人以及對科學家的言語隨聲附和的眾生本來就為數眾多。
從另一角度而言，像歐洲、美國等地的科學界人士，其心胸一般都比較寬廣，他們非常喜歡深入並鑽研某些對他們來說本是很陌生的領域、課題，如果一種理論被證明為有理有據，他們大多都會欣然接受。特別是在現代社會，越來越多的人們對身外物質世界的財富畸形發展狀態已經生厭，講求內心省視的內心科學正方興未艾。在這種時代大氣候下，東西方人士對佛教，特別是對藏傳佛教的內涵、教義便日益重視起來。比如美國哈佛大學、哥倫比亞大學等著名高等學府里的很多教授、學者、博士，通過再三觀察及智慧思索後，紛紛發表了如下一些無偏袒之見的研究成果、結論：
哈佛大學的赫伯特·本森博士（Herbert Benson）說道：“藏地有非常稀有的內心科學。”；“藏族人對世界文明的最好禮物就是其所創造的無與倫比的內心科學，依靠它的力量，完全可以將人類的智慧引向良善的方向。再這方面，沒有比它更殊勝的方法了。”另一位美國心理學家丹尼·勾樂曼博士（Daniee Goleman）則評價說：“藏傳佛教中有非常令人歡喜同時又很莊嚴、完整的內心科學。”；“屬於藏民族的內心科學完全通達心對身體的利害關係，這是西方學者無法與之比肩而立的一門研究領域。”……
正像上述學者理解的那樣，在西方，一些有智之專家、學者及對藏傳佛教稍有了解之人士，均未把藏族文化當成迷信、陳舊的落後東西大加鞭撻，他們反而認為從佛教文化的角度出發，應該承認藏族是世界上所有民族當中最好、最理想的一個民族。當他們這樣做讚嘆的時候，一方面，我們自己應深刻理解本民族所擁有的藏傳佛教文化的魅力與價值，因而別人的譏毀或讚揚都不值得為之生嗔或生喜；另一方面，當科學已成為了當代文化生活領域中皇冠上的那顆明珠，或登上了人們想象力的最高峰時，而且所謂的科學高峰並非是以財富、實力等為衡量標準的，這樣稱讚科學是因為科學理論已遠超人們日常生活經驗之範圍，在這種前提條件下，掌握了科學理論的科學界人士並未如那班無頭腦之人一般看待佛法，因此說作為佛教徒，我們更應該以清淨心弘揚、傳播如是珍貴之佛教文化，這一點實在大有必要。
以上介紹的西方科技界人士對藏傳佛教的看法，都是一些很有代表性的堪稱公允、合理的觀點，這些如金子過秤一般的評價，決非似兒子誇讚父親的碗非常清淨似的自我標榜自己文化的話語。西方還有許多學者議論道：“西方的大學教授若能與藏地寺院裡的智者長期共同研討，必將對人類的知識結構帶來實質性影響，必會推動人類的認知向更廣大、更深邃的領域邁進。”所以我們理應了知，當佛教所宣說的道理涉及到一些非常奧妙、甚深的問題時，其超越科學的地方何止萬千由旬！
