然而，來自印尼政府的反應卻顯得十分勉強，他們對調查委員會的報告或批評，或反駁、或沉默，甚至還有人對報告的真實性表示懷疑。11月4日，國防部長兼武裝部隊總司令維蘭托公開為軍隊辯護，反駁調查委員會有關懷疑軍隊參與騷亂的分析，指出戰略後備部隊5月14日召開的軍官大會只是一般例會，並不涉及任何犯罪行動及顛覆行動，他還批評調查委員會不應作出類似的分析結論，而應提供具體的事實證據，但他最後也表示尊重調查委員會的工作，並承諾將採取具體步驟，將調查工作繼續堅持下去，武裝部隊情報局長也發表聲明，否認騷亂期間發生了集體強姦事件，但武裝部隊將繼續研究和調查事情真相，而到11月10日為止，調查委員會的直接負責人 --印尼總統哈比比還未就此事正式表態。只是要求6位部長就報告的相關內容進行討論和研究。 報告背後仍有故事 有輿論認為，雖然調查報告證實了強姦案的存在，但卻在騷亂程度上故意作了“淡化處理”。同時，報告內容和結論存在着許多遮掩痕跡，顯然是調查委員會內部妥協或受外界壓力的結果。比如，調查報告在承認5月發生了大規模的集體強姦華人婦女案件的同時，卻又強調沒有足夠證據表明強姦是有組織的行為；對於騷亂發生的背景和動機，也讓人感覺到有“欲說還休”的苦衷。在受害婦女的人數上，調查委員會公布的數字與一些人權組織公布的數字相差甚遠，據印尼與國際救援組織的估計，5月騷亂中被強暴的華裔婦女至少有160至180名，其中20人已死亡。據分析，造成這種數字差距的原因有兩個: 一是被強暴的女性及其家人，為生命安全及名譽，不願也不敢報案，作為證人的處境也差不多；二是印尼5月騷亂過後，局勢一直未能恢復平靜，各種暴力事件此起彼伏，受害者或其家人屢遭恐嚇。同時，一些政府軍政要員又紛紛表態，否認5月強姦案的真實性，使受害者及證人對政府喪失了信任感，這在很大程度上阻礙了調查委員會的取證工作。10月，雅加達市區又發生了一起離奇的入室謀殺案，遇害人是一名負責幫助5月騷亂中受害女性恢復心理健康的女志願工作者，事後警方將此案定為普通的搶劫殺人案，這件事也無形中加重了5月騷亂受害者及證人揭露真相的心理負擔。 自1998年7月各國媒體接連報道印尼5月騷亂期間發生的令人髮指的集體強姦華人婦女事件後，國際社會的注意便一刻也沒有離開過這個千島之國。在國內外輿論要求查明真相的強烈呼籲下，印尼政府於7月 23日由國防、司法、外交、內政、婦女各部的部長以及總檢察長聯合發出決定書，成立聯合實情調查委員會，其成員包括7名政府代表和11名來自人道志願者、法律援助團體等民間組織的代表。調查委員會將直接向總統哈比比負責。按原計劃，調查委員會應於三個月後，即10月23日向政府提交最後報告，但由於調查委員會內部出現意見分歧，報告公布被迫兩度推遲。 5月騷亂確有預謀 11月3日，在印尼司法部大樓內，上百名記者苦苦等待着負責調查5月騷亂的聯合實情調查委員會公布最後的調查報告。大約 5個小時後，聯合實情調查委員會在6名應到場的部長級官員全部缺席的情況下，由調查委員會主席馬祖基-達魯斯曼向報界公布了報告的全部內容。報告向人們證實了關於今年5月騷亂真相的一些猜測，即5月騷亂的確是一場精心組織和策劃的騷亂，而在以華人為主要襲擊目標的騷亂發生期間及之後，的確發生了駭人聽聞的集體強姦華人婦女事件。 武裝部隊涉嫌強姦 其次，報告證實了關於騷亂調查中最具爭議的事件，即是否真正發生了大量華人婦女遭到集體強姦案件，國防部長維蘭托、警察總長及情報總長在調查委員會進行調查期間，多次公開發表談話，否認有確鑿證據證明在騷亂期間發生暴力強姦案件，引起了印尼社會上下的激烈爭論。根據調查委員會最後的報告顯示，5月13日 -15日騷亂期間，在雅加達共有52名婦女被強姦，14名婦女被強姦及虐待，10人受到性襲擊或虐侍，9人受到性侮辱，調查報告還發現，強姦案在不同地區幾乎同時發生，而且多為集體強姦案，其中絕大多數受害者為華裔，調查委員會報告特別批評武裝部隊沒有採取有效措施制止騷亂，而且還暗示前總統蘇哈托的女婿普拉博沃領導的陸軍戰略部隊及其嫡系特種部隊可能涉嫌參與了5月強暴華人婦女案件，及在各地組織煽動騷亂。報告總結說，騷亂發生的原因是由於經濟危機加劇引發政治高層權力鬥爭，其中一些別有用心的人企圖通過製造社會混亂，建立憲法以外的權力。因此，調查委員會要求政府能繼續深入調查戰略後備司令部在5月 14日召開的一個高級軍官會議的真正意圖，以及追究普拉博沃及當時的雅加達軍區司令夏弗里少將等人在整個騷亂期間的責任。 最後，調查委員會還向政府提出了8項建議，其中包括繼續調查騷亂起因及嚴懲真兇，將普拉博沃及夏弗里等主要責任人送交軍事法庭，要求政府立法保護證人及受害人安全，為騷亂受害者及其家屬恢復名譽並賠償損失。 軍方長官為己辯護 調查報告通過媒體公布後，在印尼國內立即引起強烈反響。 支持調查委員會報告的人強烈要求政府繼續調查，以揭出騷亂真相。國家囑託黨主席、5月“民主革命”的精神領袖阿敏-拉伊斯表示，政府應站在人民的一邊，審判參與騷亂的人。前內閣部長、現民族團結和正義運動領導人薩爾沃諾也認為，政府必須立即採取行動，正視聯合實情調查委員會作為官方調查組織的調查報告，否則政府將面臨更嚴重的信任危機。印尼輿論普遍稱讚調查委員會的工作成果，希望政府能進一步調查並懲治幕後策劃者。