如今，“孔子學院”之所以普遍在海外遭到抵制，且敦促其停辦的呼聲不斷高漲，除了因為這一打着“孔子”標籤的機構一直在“掛羊頭、賣狗肉”——作為教育機構，它從未設置過任何跟孔子、儒學有關的課程；作為文化交流項目，它也從未舉辦過任何以孔子或儒家文化為主題的活動；更重要的是，它的出現已經嚴重干涉並侵犯到西方學術界最引以為重的學術自由。
自主的最大力量，當推政治”。若將這樣的標準放置在中共統治下的學術界，我們也就不難發現，中共的政治力量不但已冠冕堂皇的成為了“座上賓”，甚至喧賓奪主，直接掌控著整個中國學術界的研究及發展方向。
“政治凌駕於學術”，這對堅守民主、自由價值的西方社會民眾來說，恐怕是要聞之色變的。正如開辦了歐洲第一家孔子學院的斯德哥爾摩大學的校長曾公開回應的那樣，“一般來說，大學設立的一個機構由另一個國家政府提供經費，確實是有問題”，“我們與中國已擁有完全不同層次的學術交流，這樣的合作顯得多餘”。然而，擁有着官方背景的“孔子學院”選擇以“巨額經費投入”的方式入駐西方，似乎就是想要挑戰一下西方人眼中的這種“不可理喻”和“無法想像”。
有資料顯示，“孔子學院的運作方式是不計成本的巨額經費投入”，“對美國所有大、中、小學生不僅免費，還提供獎學金，並組織到中國學習培訓等”，“這些年的投入按不完全統計，早已超過5億美元”，“而唯一的收入是開辦中文課的有限收入”，“這種做法本身就會招致很多西方學者的質疑”。
不難看出，來自官方的經濟投入正是為了方便中共對其擁有直接的管理權。“孔子學院總部的理事會成員，均由中共最高權力機構任命，這些成員分別隸屬於外交部、統戰部、教育部等部門，具有多重背景”。比如，從2008年起，擔任孔子學院總部理事會主席的劉延東曾頭頂“中央社會主義學院黨組書記（1995-2003）”以及“統戰部長（2003-2007）”的政治頭銜，就足以讓人浮想聯翩。一旦這種背景被公開，西方社會、尤其是西方學術界的反感與抵制，便會一發不可收拾。
然而，中共當局似乎對此並不在意。除了任命“黨官”為學院的管理者之外，還曾“出席孔子學院活動上百次”，“並發表講話”，“中共中央政治局9位常委都曾到過孔子學院指導工作”。一句“指導工作”就足以凸顯領導對這一“全球性機構”的重視與關心。需要指出的是，一旦對本該獨立的機構關心過多，就會被質疑為干涉；而對人們都表示費解、甚至感到憤怒的關心，則更會被視為是一種侵犯。
這種侵犯表現的最為淋漓盡致的，當屬中共漢辦主任許琳在歐洲漢學學會上，當場要求撕掉大會手冊上某兩頁廣告的一幕。說起來，這兩頁廣告不過是以“國際漢學的推手”為題、目地在於向40多個國家的2300多名學者提供有關漢學的研究，但僅僅因為贊助方為“蔣經國基金會”，就使得這位來自中國的官方代表提出將廣告整頁撕掉的無理要求、甚至阻止將印有這一廣告的手冊分發給與會學者。對此，歐洲多位漢學家直指許琳“做法蠻橫，極度不尊重學術自由”，更有人直呼“是醜聞”，並對其進行接力抨擊長達30分鐘。
除此之外最為重要的，其實是學院本身的課程設置、學術探討根本就毫無自由可言。2014年，美國的芝加哥大學正是由於發現了這一點，這才爆發了“110名教職員聯署反對與孔子學院續約”的事件。在遞交的聯署信中，教職員工們直言指出，“孔子學院的教師、教學以及研究計劃、資金等方面均由中共官方機構漢辦掌控，形同由外國政府來決定芝加哥大學的校內課程”，“學術課程受到中共對言論和信仰自由態度的政治影響”，“在教材中不准涉及台灣、西藏和法輪功等問題”，因此，這是“完全不合理，更不符合學術研究原則”的。
而這樣的肺腑之言在2013年加拿大大學教師協會（CAUT）的呼籲聲中也曾聽到過。當教師們通過正式的決議，呼籲各大高校終止與“中國政府資助、監督的孔子學院”合作時，該協會的會長也明確表示，“在我們的校園裡設立孔子學院，就意味着允許中共干預我們的教學，包括課程涉及和課堂討論話題”，“這是對我們學術自由的侵犯”。
除大學以及代表大學的協會有此心聲之外，美國的學術類刊物也深表同感。在2014年9月發表的《經濟學人》上有文章表示，“孔子學院限制在課堂上談論中國的敏感話題，已經影響到學術自由”。就在這一年的12月4日，美國國會還就“學術自由是否因中共對美國大學的影響而受到威脅”舉行了聽證會，質疑有關孔子學院的協議。其中提出的核心問題是，“美國學校為了從中國賺錢，是否傷害了學術自由原則，乃至他們自己的信譽？”
可見，為了捍衛包括“學術自由”在內的自由精神，美國乃至整個西方社會是能夠“牽一髮而動全身”的。對於早已對民主、自由等普世價值形成了共識的西方主流社會而言，經濟上的投入或只能作為交流與合作的輔助手段，而真正的核心價值，例如學術上的獨立與自由，是決不可能被當作商品，通過與金錢交換，來實現“售賣”這一目地的。
在人們眼中，原本跟金錢無關的東西，中共卻偏要用錢來衡量；不能成為交易的東西，中共卻偏要擺出一副“錢不是問題”的醜態。若這些人品節高尚，中共自身所散發出的這股銅臭味兒就足以將人熏走。因為這股味兒不僅惡臭難聞，並且在對方看來，更是一種侮辱、侵犯與褻瀆。由此，我們不難理解，為何西方國家一旦發現“孔子學院”身後有中共的鬼影，就唯恐避之不及了。
