華東師範大學在文化大革命時期陷入一片混亂，1966年到1969年連續4年沒有招生，直到1970年才開始小規模招生。

1966年8月，批鬥“牛鬼蛇神”之風席捲華東師大。8月4日下午，華東師大學生給批鬥對象戴高帽子，鳴鑼游斗。這一天全校共揪斗194人，占全校教職工11%，3人自殺而死，2人自殺獲救。^[16]9月15日，華東師範大學紅衛兵在天安門廣場受到了毛澤東的接見。1967年5月31日，華東師大“紅衛兵新師大師”決定，在校園內塑造毛澤東的巨型塑像，並把這一工程稱作“九·一五工程”。1967年9月15日，毛澤東塑像落成。1968年1月15日，張春橋來到華東師大，在“九·一五”廣場發表了即興演講，使華東師大成了上海批判“右傾翻案風”的重點單位。

1972年2月21日，華東師大地理系地質教研室和地貌教研室全體人員34人和全部設備調往同濟大學建立海洋地質地貌專業；5月，上海師範學院、上海半工半讀師範學院、上海教育學院、上海體育學院、華東師範大學五校合併，學校改名為上海師範大學，使用華東師範大學現校址。1978年10月，上海師範大學儀表電子分校成立，之後更名為華東師範大學儀表電子分校（今上海大學）。^[17]

1978年，劉佛年任上海師範大學校長，上海師範學院、上海教育學院和上海體育學院從上海師範大學分離，相繼復校。1978年2月17日，國務院轉發教育部《關於恢復和辦好全國重點高等學校的報告》，確定華東師大為文革後第一批全國重點高等學校。1980年8月15日，經教育部批准恢復華東師範大學校名，“上海師範大學”印章作廢，啟用“華東師範大學”印章。

文革時期，華東師大的科研工作遭到嚴重摧殘，但依然取得了一批科研成果。1970年,華東師大“671”科研組在國際上首先從海水中提取到30克鈾，得到了時任國務院總理周恩來的高度評價；1971年，華東師大光學組建立了在國內居領先水平的管道氣體傳輸模擬實驗室。華東師範大學外語系（今外語學院）在70年代曾被外界譽為“大使培訓班”，為中國的外交戰線培養了一批優秀人才。^[18]