剛參加了RECOMB(REsearch in COMputational Biology)2001會議。
看見前面有人介紹了生物信息學的情形，我也來湊個熱鬧，談談觀感。

這次會議在加拿大Montreal舉行，會議主席是computational biology的
元老之一， Montreal大學的David Sankoff，程序委員會包括19位
世界範圍的計算生物學家，有Thomas Lengauer擔任主席。會議持續
4天(4.22-4.25)，包括9個特邀報告和40個論文報告。這裡我首先介紹
三個邀請報告的內容：

MIT的Philip Sharp因發現斷裂基因而獲得諾貝獎。在第一天的會議上，他給了傑出
生物學報告，題目是RNA Biology and the Genome。他重點介紹了RNAi
(RNA interference)在功能基因組學中的應用,通過引入短的雙鏈RNA
抑制特定基因的表達，來研究基因的功能。Amazing的是，這種實驗很容易進行，
例如feeding the worm就可以進行。Sharp小組系統研究了RNAi的分子機制，
發現RNAi與co-repressor路徑相關。看來這是一個比較有趣的技術。有趣的是，
Sharp是化學博士。

Harvard Medical School的George Church在第二天給了題為“Hunger for new technologies, metrics, and spatiotemporal models in functional genomics”
的計算生物學的報告。Church廣泛報告了功能基因組中的問題，從 mircoarray
到gene network和proteomics等。

Celera的VP Mark Adams在最後一天給的是傑出生物技術講座“The Sequence of the Human Genome”。主要介紹了Celera測定人類基因組和SNP發現的策略。

Sharp和Church看起來屬於兩種類型的研究者(大概算Hayek所謂的
“狐狸”和“刺猥”吧)，Sharp特別深入的研究一個問題：RNA splicing
他所有的研究都可以從這裡展開，不管是生物信息學的研究，如
基因預測，還是生物技術的研究，如RNAi，都與RNA splicing
息息相關。而Church則興趣廣泛，其研究小組包括60以上
的研究人員，幾乎就象一個小的Biotech公司。而他們的研究內容
也幾乎涵蓋功能基因組學的所有內容，如microarray,mass spectrumetry,
metabolic analysis,etc.

其他的特邀報告的意思不大。值得一提的還有兩個：U. Montreal
的Franz Lang，提出了很有意思的問題,利用比較基因組學來預測
保守RNA二級結構的功能。Roche的總裁則強調了公眾遺傳學教育的
重要性。

RECOMB2001共有超過600人參加，比上次會議(在日本東京舉行)時增加了一倍。
據估計下次會議(在Washington DC舉行)時人數要超過800人。由此可見，計算
生物學已經成為人們的研究領域之一。RECOMB的目的之一是把生物學(特別是基因
組學)和計算科學的研究人員聚在一起，通過討論和腦力激蕩產生新的重要問題
及解決方法。RECOMB除了有特邀報告外，還有論文報告，每次大約會選擇40片
左右的論文，並邀請作者到會演講。今年投稿的文章超過150片，入選率約為1/4。
我的報告被安排在最後一天，直到會議開始後，我還在準備幻燈片，真有
點臨時抱佛腳的意思。

第一天論文報告的主題是蛋白質結構和分子相互左右。我們組的TING CHEN報告了
用Tandem Mass Spectrum結合化學鉸鏈技術來研究蛋白質結構及其相互作用的
方法和計算問題，因為他的報告已經聽過好幾次了，雖然很精彩，但缺點新鮮感。
Bonnie Berger研究組曾經首先發展序列分析方法預測 Coiled Coil的蛋白質結構，
這次她們運用類似的統計方法預測了另一類重要的結構MOTIF，Beta-Helix fold.
Peter Kim研究小組則報告了從基因組序列上預測相互作用的Coiled Coil蛋白。
Celera的Sorin Istrail小組報告了進行序列無關的蛋白質結構比較的新算法。
還有兩個報告則是關於利用NMR結果幫助蛋白質結構預測與分子對接。RECOMB一般
並不將重點放在蛋白質結構計算上，因此第一天的報告未有特別精彩之處。Micheal
Waterman倒是對Bonnie Berger的方法很有興趣，聲稱可以用HMM來改進。