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新冠病毒到底從哪來?(zt)
送交者: 芨芨草 2020年03月30日20:43:47 於 [教育學術] 發送悄悄話

新冠病毒到底從哪來?(zt)

 

新冠病毒到底從哪裡來?這個問題已經成為國內外輿論的焦點之一。要講清楚,只能從流感到電子煙肺病,從實驗室疑雲到基因分析一點點剝繭抽絲,雖然文章短不了,但還是有必要的。

如果分成幾篇,在關於某一事件的解讀文章傳播時,難免會歪樓到其他事件上。因此,不得不把熱點話題儘量捏在一篇里。

文章長了,我就先把結論寫在前面:目前沒有可靠的證據可證明新冠病毒的來源。

可能戲劇性地把起源突然前推的做法有:

·尋找更接近新冠病毒的野外病毒樣本

·尋找特定基因片段可能的重組來源

下面就開啟我們的解謎之旅。

“新冠病毒從哪來”有幾個意思?

“從哪來”其實包含幾個層面,最表面的是命名問題。

“武漢肺炎”,總掛在美國國務卿蓬佩奧的嘴邊;德國媒體發明了“新冠病毒:中國製造”;最近,特朗普以一國元首的身份,竟敲出“中國病毒”這樣的推文,推特上既有附和的聲音,也有很多人抨擊他的行徑(當然,本來就有一半美國人反對他)。

無可爭議的是,“國名加疾病”的人類傳染病命名方式已被淘汰,世衛組織等權威機構也極力反對。因為在全球化時代,這可能導致人們歧視“被命名”的國家或地區,增加隔閡,破壞全球應對疫情的努力;也可能誤認為疾病有指向性,忽視自身的防疫。中國基於此立場的反擊,完全站在道德與科學的制高點上。

其次是病毒從什麼動物來,最好能弄清整條傳播鏈上的所有宿主。就認識與防控疾病而言,這遠比“從哪國來”更為重要,因為可以在未來減少不必要的接觸。

但中國一開始就給自己吃了個大虧,與民眾科學素養不足有一定關係。

尋找SARS“元兇”歷經多年,同樣,科學家目前也難以確切判斷新冠病毒宿主,只能說根據現有證據,蝙蝠、穿山甲都攜帶冠狀病毒,一些樣本與新型冠狀病毒較為接近。

現在仍難以證明蝙蝠、穿山甲與人類之間的傳播關係,直接與“吃蝙蝠”相聯繫是缺乏科學依據的。從SARSMERS的歷史經驗看,蝙蝠到人之間,有中間宿主是大概率事件。

華南海鮮市場有野味,確實有存在中間宿主的可能,但在沒有充分檢測前,從科學意義上講,仍是連不起來的。

連電影《傳染病》裡都給出過其他可能:一隻蝙蝠嘴裡叼着的果實落入豬圈,豬吃了之後可能染病,又通過廚子開始在人群中傳播。

 

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即使部分人有意傳播“吃蝙蝠染病”的觀點,如果民眾具備很高的科學素養,可以很容易地發現證據鏈的斷裂,便有可能阻斷謠言的傳播。然而,中國的現實是,很多人直接就怪罪到“吃蝙蝠”上。

那為什麼還要修訂《野生動物保護法》,並呼籲嚴格執法呢?難道沒必要嗎?

這是為了降低未來其他病毒感染人類的幾率,所以要儘可能杜絕對蝙蝠、穿山甲等野生動物的捕捉與利用。因為野生動物身上有很多潛在的病原,有些病原如冠狀病毒的一些近親已經能夠傳染人類,這在科學上是已知的。

看上去殊途同歸,但背後的兩種思維方式截然不同,從主動背鍋的悲劇里,也能看出科學素養的重要性。

第三層是病毒從哪個國家來,似乎最為聚訟紛紜,熱度高恐怕也與前述的命名問題有關。有些人期望,確定來源國,就能起到“惡意命名”同等的效果。

是要實事求是、堅守“病毒無國界”的道德高地,還是要口水戰,這顯然不是科學問題。讓誰打口水戰為好?是政府機構?是以個人身份出手的外交人員?還是國際關係學者?選了某種策略、某類人,也很難再驗證選另一條策略、另一類人是否更有利,對相關人士的各種評價,不過是情緒宣泄罷了。下面還是回到科學的角度。

這次疫情期間有不少明星學者,先看看他們對發源地的觀點。

2月底,鍾南山說“疫情不一定來源在中國”引發了轟動效應,但據廣州日報報道,他在會後補充說,“從科研角度看,‘首先發現’和‘發源’不能劃上等號,但我們也不能就此判斷疫情是來自國外。只有對新冠病毒進行溯源,有了結果,才可能回答這個問題。”

318日,他再次表示了類似的意思:“新冠肺炎疫情是發生在武漢,但沒有證據表明源頭也在武漢,這是個科學問題……沒有搞清楚之前就隨便下結論,是不負責任的。”

張文宏2月底則認為:“中國只有武漢最先出現了這個新傳染病,如果是外面傳到中國來,應該是幾個中國城市同時發病,而不是有時間先後。”同一篇報道在關於流感的問題上還引用了他的話:“新冠在CT上有非常特徵性的表現,所以我認為很容易可以區分。”

值得注意的是,311日美國疾控中心主任雷德菲爾德(Robert Redfield)在聽證會上,就檢測試劑不足的問題被質詢。對當時的檢測工作不滿的議員問道:“在美國,人們可能表面上是死於流感,實際上卻可能死於新冠病毒或COVID-19,對吧?”他的回答是:“迄今為止,一些病例的診斷情況就是如此。”

那麼如何從科學上理解這一“矛盾”呢?

流感與新冠

大家應該還記得,之前有過是否靠CT來確診的討論。根據臨床醫生的意見,很多新冠患者會有外側帶的間質性肺炎,流感就沒有那麼明顯的特徵,所以說“容易區分”並沒有錯。

但是新冠並不能完全靠CT診斷,武漢的診斷應用只是在應急情況下,幫助防控與收治。因為當時靠核酸檢測一是來不及,二是在如此緊張、疲勞的情況下,可能有不少採樣失誤的情況。

因此流感與新冠的CT容易區分,不等於完全不會混淆。更何況還有大量輕症病例,他們中間是很可能混淆的,甚至還可能共同感染。

而且,中國的診斷經驗也是逐步積累起來的,如果其他國家輕視疫情、不及時吸取中國經驗,還可能增加誤判的幾率。

還有一個情況是患者未經檢測就已病故,事後也未核查,當然難以確定病因。就像武漢疫情前半期,網上曾流傳一些帖子,自述家人在等待就醫過程中死亡,懷疑並不在統計數字內。在醫療系統崩潰的情況下,各國都可能存在類似現象。

3月20日,Nicholas Reich在GitHub上傳了一篇與流感相關的文章《Looking for evidence of a high burden of COVID-19 in the United States from inflfluenza-like illness data》,雖然沒有經過同行評議,但還是被人發掘出來,介紹到了中文平台上。

思路是這樣的:美國有個流感監測系統,劃分的十個大區既統計疑似流感而求診的患者總數,還統計了各機構檢測下來其中流感陽性的比例,數據基本能精確到每一周。

 

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陽性比例知道了,那陰性比例一減就出來了,如果陰性比例高,就說明可能有某種並非流感的呼吸系統疾病導致人們求診。但直接比較不大妥當,需要降低不同年份流感疫情不同的影響。所以作者把陰性比例乘以疑似總數,再除以每年的基線(baseline),得出“相對陰性”。

結論是今年的比例(黑線)確實在以往的22年中(灰色)偏高,紅線則是2009H1N1大爆發的情況。不過,直到2月中旬,今年的“相對陰性”大部分時段都並非最高,不同大區依稀可辨分別有2-5年更高的情況,當然要具體看更高的是哪些年份、有什麼特殊情況才可以進一步討論,但作者並沒有給出。

 

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真正的“死亡交叉”出現在2月中下旬,好幾個大區的黑線迅速抬頭。這很可能提示新冠病例在美國大增,當然,作者也提了下,還不是排他性證據,因為這些抬頭的部分,到底是什麼病原體不知道。

作者還指出了媒體報道可能的影響,在恐慌中,人們更容易因為一些微小的呼吸道症狀而去醫院,這在解讀數據時,也是不能忽略的問題。

陰性比較是一個有趣的思路,但我在這裡還想補充兩點:一是22年的歷史數據比較,可能還需要考慮檢測水平帶來的影響,以及人們對流感重視程度的影響,有時選擇最長的時間跨度比對,未必是最好的;二是新媒體時代,人們更有可能恐慌,流行病學研究不只是統計學和醫學,還要考慮到社會層面。

總之,從這部分研究結果看,美國新冠疫情嚴峻的概率確實可能很大,但要證明在之前就廣泛流傳,證據不足。

作者還計算了這次流感季某一周的“相對陰性”的Z分值,把22季以來某周及前後各一周的數據求平均數,再用該周數據減去平均數,除以標準差,也就是看看你離這個平均值偏得有多遠。

大區的Z分數所顯示的,基本和曲線圖一樣,2月底開始,發生了全面暴增。黑框表示的是“相對陰性”達到歷史最高的情況。

 

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然而,有一張圖卻可能引發對美國早已爆發新冠的強烈疑問。

 

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從圖上看,美國有幾個州的Z分數和“相對陰性”,早在10月就開始“爆棚”。似乎是新冠爆發的信號。然而,我不建議以此為論據,因為作者的方法有一個重大缺陷。

大家還記得剛才提到的基線嗎?作者的大區基線取自CDC,而CDC的全國基線和大區基線有一套明確、細緻的算法。

 

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但是作者的各州基線卻僅僅是頭兩周流感樣病例的平均數……作者的解釋是減少系統誤差。

從前面大區“相對陰性”曲線變化幅度之大也可以看出,每季的情況是非常複雜的,僅憑頭兩周的數據,不能說明任何問題。如此簡化各州基線的算法,漏洞太大了,甚至對數據受影響方向的估計都可能是筆糊塗賬。

流感的問題還有待更多的研究。美國疾控中心主任在聽證會上也沒有明確,他所掌握的混淆病例有多少,特別是發生的時間。

從疫情研究的角度看,世界衛生組織和其他國家有理由敦促美國公開這些混淆病例的具體信息,並嘗試對12月及更早的流感患者樣本進行新冠檢測。但目前以流感與新冠混淆來推斷疫情來源,仍缺乏足夠的證據。

同時,還有另一種關於混淆疾病的假說在網上流傳,那就是電子煙肺病。

電子煙肺病是什麼?

有些人認為電子煙肺病很神秘,其實早已大致找到了元兇。

電子煙肺病的全稱是E- Cigarette or Vaping Product Use Assocaited Lung Injury,縮寫EVALI,直譯的話是“與電子煙或電子煙產品使用相關的肺部損傷”,夠累贅的。

為什麼全球電子煙使用者都沒事,就美國出事了呢?因為他們霧化了四氫大麻酚(THC),肺泡里都能檢測出來,關鍵是THC里還被黑心商家摻了便宜的維生素E醋酸酯(Vitamin E acetate),後者被認為是導致肺部損傷的主要原因。

有些朋友看過早期關於THC沒能致病的動物實驗,就認定美國歸因錯誤。但現在已經有動物模型初步驗證了維生素E醋酸酯對肺部的損傷。

這也提醒我們,無論是媒體還是個人,如果關心某個問題,要儘量跟蹤研究進展,不能刻舟求劍。

以下是維生素E醋酸酯動物實驗的部分結果,作者用了空白對照,還用了丙二醇和植物甘油(PG-VG)作對照。

 

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從病例看,美國的患者在20199月到頂峰後,就大幅下降了,與美國加強了對不良商家的打擊,也能對得上。

 

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而且,電子煙肺病的病例分布極為特殊,大家可以自行判斷是個傳染病,特別是類似新冠的傳染病,還是與電子煙相關:男性患者占66%,老年患者占2%,非西班牙裔白人占73%,算上西班牙裔占88%,病例幾乎都與電子煙有關,自稱沒有接觸的只有2%

 

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這兩天還有人炒作電子煙肺病CT影像的問題。現在大家都知道“磨玻璃”啊,“大白肺”啊。其實,影像學也是門大學問,不是靠兩個名詞,自己再瞥一眼就懂了,請對放射科醫生們有起碼的尊重。

舉一個廣東省人民醫院放射科主任醫師趙振軍介紹的實戰例子。72歲老人,臨床表現有發燒、咳嗽症狀,血常規正常,核酸第一次檢查為陰性,病人否認接觸史。

CT檢查後看到磨玻璃樣病變,呈外周分布,而且沿着肺泡孔播散,這三點都符合新冠肺炎特徵。

 

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趙振軍說:“我們看到有很多磨玻璃改變,但把這些磨玻璃改變放大後,又看到很多小的磨玻璃影,它們是分開的、分隔的,而不像我們新冠病毒影像學表現——所有的磨玻璃影連成一片。在這個病人的片子上,磨玻璃影表現為一個個結節。”

趙振軍拿出來講的例子,可能本身就有點難度。但至少可以說明,影像學分析不是你在社交媒體上看見幾張模模糊糊的圖片,就可以拍腦袋的。

而且,“磨玻璃”或“毛玻璃”只是在媒體的宣傳下變得耳熟能詳而已,不是只有新冠病毒會造成“磨玻璃”,這可以搜到大量文獻證實。如前所述,CT的診斷權重提升只是在疫情危急下的特殊情況。

從電子煙肺病現有的數據看,不像個傳染病;而對於熱衷談論生物武器的人來說,它豈不更像是個對付美國白人的大殺器?

談到生物武器,且不說電子煙肺病,就算新冠病毒,全球學術圈的意見也基本一致:不支持是生物武器的說法。不管是指控武漢的還是美國的實驗室製造新冠病毒武器,都遭到了學術圈的反對。

世界上幾乎不可能有國家拿傳播力這麼強、且穩定性不足的RNA病毒當生物武器,無法保證不禍及自身。

只有邪教或滿心想減少人口的環境恐怖主義分子才有可能。他們什麼都無所謂,自己死了就當是“烈士”。可病毒製備比奧姆真理教那些化學攻擊難度高多了,目前還沒有什麼“黑衣人”組織有這個能力,讓柯南再去找找吧。

實驗室泄漏疑雲

不過,即使實驗室不造武器,研究病毒時泄漏也不是不可能。德特里克堡(Fort Detrick)的美國陸軍傳染病研究中心(United States Army Medical Research Institute of Infectious Diseases)被CDC處理,已經引發了無限遐想。

我們當然不必採信美方的說法,但“知己知彼”,先看一看還是有必要的。據說有些鏈接無法訪問,被認為是大規模刪稿,其實還是有多篇報道沒有“404”,通過cache緩存還可以找到更多,比如military.com1124日的文章。原作者用詞比較“豐富”,為了避免翻譯帶來的歧義,重要詞彙儘量直譯,並註上英文。

根據這篇報道,研究中心發現了兩起“控制違規”(breaches of containment),但沒有提及具體時間。按照程序,研究中心只要確定發現“壞了規矩”(breakdown of requirements),就要上報。

在上報後,研究中心指揮官主動下令中止所有正在研究的項目,進行“安全暫停”(safety pause)。6月,美國疾控中心(CDC)檢查了研究中心,既有預定的也有不預定的,檢查持續了多久沒有具體說明。

一直到7月12日,CDC才發出了關注函,15日發出中止函( a cease and desist letter),停止了與“特定病原與毒物”(select agents and toxins)相關的研究。

所謂“特定病原與毒物”是美國自己列出的對人、動物或植物威脅比較大的病原或毒物,總共有67種,我查了下“SARS相關冠狀病毒”也是其中之一。但報道僅指出當時研究中心的在研內容與埃博拉(4級實驗室)、兔熱病、鼠疫、馬腦炎(3級實驗室)相關,沒有提及德特里克堡是否有冠狀病毒。

CDC的報告中說發現了六項“違背聯邦規定”(departures from the federal regulations)的行為,而前述兩起“違規”只是其中的一項。按照研究中心的說法,“違規”這個詞承載了很多分量(is a loaded word),但用這個詞就表明沒有人員暴露(exposure)在威脅下。

這篇報道中提到的另一項是“貫徹生物安全和控製程序時,出現系統性失職”(systematically failed to implement biosafety and containment procedures),舉的例子是“當雇員移除生物危險廢棄物時,故意撐開通往高壓釜室的門”(personnel deliberately propped open the door to the autoclave room while the employee removed biohazard waste)。為了解決問題,研究中心重新審視培訓流程,再次培訓員工。

研究中心的污水淨化系統也有問題,在之前的系統損壞後,轉換為化學處理,之後仍將改回熱去污系統(thermal decontamination system)。

CDC還發現研究中心的病原清單不準確,報道說問題已經解決。

當地的fredericknewspost.com是最早報道的媒體,8月2日的報道不需要藉由緩存,可順利閱讀。文中除了違反程序與污水處理問題,也提到了缺乏對員工再認證的周期性培訓( a lack of periodic recertification training for workers)。

《紐約時報》85日的報道也沒有被刪,在廢水處理問題上講得更具體些。20185月的暴雨淹沒、破壞了老舊的污水處理系統,使用新的化學系統需要修改一些研究流程。但CDC檢查發現,研究人員沒有嚴格遵循新流程,而且化學處理系統本身也有問題。發言人則強調,泄漏的污水沒有進入外部環境。

《紐約時報》還給出了一個可與前述報道印證的信息,研究中心並未完全關閉,除了與“特定病原與毒物”相關的研究,其他研究仍在進行。

雖然這麼看事情並不嚴重,但《紐約時報》在結尾還是狠狠捅了幾刀:政府的實驗室以前也出問題,包括CDC的和國家健康中心(National Institutes of Health)的;2009年德特里克堡的研究就被暫停過,因為儲藏了沒有列在數據庫里的病原;而且,前雇員Bruce Ivins就是2001年炭疽郵件事件的主要嫌疑人,有5人因炭疽身亡,Ivins自己則在2008年自殺。

大致梳理完上述信息,首先令我想起的,倒不是什麼疫情,而是此前觀察者網報道過的、美國核武裝的亂象,這些都可以說是一個老大帝國衰落的側寫。

我們都不必猜測美國隱瞞什麼,不必假設什麼,單就已經暴露出的問題,中方便可以理直氣壯地質問美國,要求給個交代:如此重要的實驗室,居然管理運作漏洞百出,這會增加人類遭受威脅的風險,請問美方作何解釋?

作為負責任的大國、安理會五常之一,這樣問並不過分吧。

EVENT201演習是怎麼回事?

還有一件事情被人們與實驗室問題相聯繫,被視為“邏輯鏈”或“證據鏈”上的一環,就是20191018日的EVENT201演習。

如果光聽名字,你可能會以為是美國疾控中心甚至是美軍的大動員,其實只是美國約翰霍普金斯衛生安全中心與蓋茨基金及世界經濟論壇合作舉辦的一次專家會議。會議邀請了15名政府、商界及公共衛生領袖參與,包括中國疾控中心主任高福院士。

可能讓普通人感到驚奇、一些自媒體也在拼命渲染的是,會上設定的正是冠狀病毒,與SARS類似,但傳播力更強些,像流感那樣。這與新型冠狀病毒看似很接近,如此巧合,豈不是“實錘”有什麼問題了?

然而從專業角度看,選擇SARS並不意外,以此猜測主辦者或參會者預知新冠疫情,並非合理的理由。

因為演習的目的,就是看人類應對大流行的能力,要假設難以控制的大流行,首選呼吸系統病毒。而要挑個近幾年比較“熱門”的病毒作為候選,大概率不是流感,就是冠狀病毒。本科選過病毒學的生科學生,基本都會這樣判斷吧。

在相關議論中,我倒是看到了比較“高段位”的陰謀論。有的人先說,高明的陰謀不是什麼都不說,而是半真半假——這話本身當然沒錯——但隨後,論者就玩弄話術,認為有缺陷的陰謀論也可能是陰謀的一部分,用以反覆闢謠來掩護“真相”,闢謠多了之後,人們就麻木了,對與陰謀論相符的“真相”就不在乎了。許多人看後竟紛紛跟風叫好。

然而,只要稍加思考就能發現,這種類似“兩頭堵”的話術,與其說思想深刻,不如說是取禍之道,更純粹與科學沒有什麼關係了。任何被闢謠的信息,都可以是你所認定的“真相”的掩護,那還有謠言嗎?

而且,任何國家,乃至個人都可以被這樣攻擊。咬定你做了某件壞事,然後編個陰謀論“佐證”,被擊破了就說這本來便是“有缺陷的陰謀論”,是“掩護”。如果放任這種思維方式流傳,甚至被追捧,實在看不出對中國、對人類有什麼好處。

從美國怎麼到武漢?

我們固然應該追究美國實驗室管理混亂的問題,但要將這一事件與新冠疫情相聯繫,卻還沒有什麼科學依據。所謂流感與新冠混淆的問題,前面已經分析過。

如果現在流行的這波新冠病毒從實驗室泄漏,被誤認為是流感,按照相關疾病的傳播和致病規律去思考,會有諸多疑點。

比如,6月調查、7月處理研究中心,與9月底開始的流感季之間有明顯的斷裂。即使以氣候不合適為理由,那麼當流感季真的到來,也無法解釋為何基地所處的馬里蘭州並看不出與疫情爆發有什麼特別的聯繫。

 

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2019929日起,當季流感第一周各州內部的地域分布廣泛程度,箭頭所指的馬里蘭州內是零星出現

 

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2019929日起,當季流感第一周,各州疑似流感占門診人數比的分類級別。馬里蘭州同樣沒有任何特殊之處,邊上的弗吉尼亞是最小級的二檔,但在2018-20192014-2015兩季,弗吉尼亞也是這樣,甚至馬里蘭州在2011-2012自己還是最小級的一檔。

再如,以新冠的傳播力以及美國與世界的聯通程度,兩三個月後很可能有了廣泛的傳播,就像張文宏所講的那樣,中國也更可能在多地“同時發病”,而不是集中在武漢。

為了解釋武漢的爆發,很多人將目光放在了軍運會,但軍運會期間從美國到武漢的人數,真的多到能夠將武漢與美國的聯繫,提升到明顯高於歐洲、加拿大或北上廣的程度嗎?

軍運會人群聚集,密切接觸的是各國運動員、裁判、媒體、志願者等等。你可以假設運動員身體素質好,沒發病或輕症自愈了,中國志願者身體素質差,帶到社區染病了,看着很合理,那麼外籍記者、工作人員呢?為何沒有在這些人里傳染?是不是都要假設一番身體素質特棒?

有的人說,可能來源國的人口密度和武漢不同,武漢人群密集所以爆發了,但上述這些人在武漢同樣面臨人群密集環境,如果染病回到自己國家,也不是個個都人口密度低吧?傳播時間並不比武漢晚多少,也就大約差個軍運會的會期,但全都沒有爆發跡象,那麼又要作何假設來理順推論呢?

更何況軍運會會期本身與新冠病毒的早期病例之間,還是有明顯的時間斷檔,總而言之,需要腦補的東西實在太多了。

當然,我們對新冠的流行病學特徵還不能說完全掌握,疫情的爆發也有一定的偶然性,因此上面這些質疑不是板上釘釘的推論,只是舉例說明,這些概率比較高的可能性,目前在流行病學上是繞不過去的。

也有人對伊朗、意大利的疫情迅猛感到驚奇,揣測是否更早就有傳播等等。這些故事版本五花八門,難以一一列舉。但在目前人類對新冠了解還不充分的水平上,基於各國紛亂的疫情與疾控,要反推更早的傳播時間或地點,是非常不靠譜的,要刻意連上實驗室泄漏的難度就更大了。

此外還需要提醒下,科學訓練很重要的一點是對前提條件、對假設等等的敏感性。當人們討論實驗室泄露、新冠與流感混淆時,其實有一個前提是全球(按陰謀論的劇本,至多排除美國少數知情人物)都不知道有新疾病,從與世界高度聯通的美國出來,自由傳播了至少兩個月。

而現在各國的疫情防控,有策略的差異,有重視程度的差異,有現實條件的推動或制約等等,已經是一個高度脫離假設的情形,變數也太多了。

順便提一下意大利的兩則“大新聞”。Giuseppe Remuzzi接受美國NPR採訪時,被問到意大利為什麼那麼慘,便回答說自己聽到一些信息,醫生們回憶12月甚至11月有奇怪的肺炎,推測在“意識到中國疫情爆發前”就有流傳,結論是“對抗你不知道的東西是不可能的嘛”。

而他在《柳葉刀》上發表文章,講的是按照中國疫情的規律,意大利可能發展到什麼程度,醫療系統會有多大壓力,壓根不是在追溯。

然而,有些自媒體或社交群在傳播時,把《柳葉刀》文章和採訪混為一談,似乎是《柳葉刀》確認了“奇怪肺炎”。其實,後面的“道聽途說”根本不是實錘。把兩條真消息捏成謠言,真假莫辨,倒是很有前面提到的“高級陰謀論”的風範。在最新的採訪中,他直接澄清自己並不是在談論“新冠病毒的源頭在何處”。

SARS以來,中國的監測系統接到過不少不明肺炎的上報,幾乎全部都排除了。各國情況也是類似的,畢竟新疾病是小概率事件。因此,意大利醫生的回憶只能作為一個線索。

現在中國幫助意大利抗疫,關係走近,如果這些病例樣本還在,我們應該推動與意方合作檢測。但目前引為證據,為時尚早。

而另一條“大新聞”聲稱,11日新冠就在意大利開始“流行”,其實是個標題黨。這個病例後面還有斷檔,還有長時期的零星出現階段。“開始流行”讓很多人誤以為,既然11日流行,那麼零星病例還可以再往前推,甚至可能早於武漢。

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但從圖上也能看出,意大利早期的曲線幾乎“躺平”,病例恐怕已經很難再往前推了。檢測更早的“奇怪肺炎”也許真能得到重大發現,但這一研究反而有些降低了對此的期待。

當然,早期病例的流行病學調查是值得進行的。除了直接感染新冠,也不排除11日先有其他原因導致的症狀,後來才感染新冠並得到檢測。但因為科學家的重點是討論模型,所以文章里壓根沒有提及個別病例的情況,無從判斷。

至於最近流傳的所謂Maatje Benassi0號病人,且與軍運會、實驗室有關的說法,除了她是運動員來過軍運會外,其他信息都沒有任何證據。“調查記者”自己連MaatjeMattew Benassi的夫妻關係都一度搞錯,說是兄妹。

荷蘭的0號病人是Benny Benassi?對不起,哪個國家公布病例是連姓名都給出的?誰都可以自稱是“調查記者”,然後指定某個姓名就是0號病人,拍個視頻言之鑿鑿。

更“勁爆”的是,所謂的Benny Benassi根本是個意大利DJ,人家的公開信息只是因為意大利封城,不能去北美演出了,壓根都不知道有沒有確診新冠呢。這美國“調查記者”連英文都不好了麼?

如果你看過視頻並自己稍加檢索,而不是看某些中文自媒體或社交平台上的轉述,應該也會對這群人天馬行空的邏輯感到驚奇。

中文自媒體和平台有多不靠譜呢?這群所謂的“調查記者”,他們自己壓根就沒把任何Benassi真正與德特里克堡聯繫起來,而在中文輿論場裡,卻言之鑿鑿說Mattew Benassi在德特里克堡工作。

變異與測序

從上述梳理可以看到,目前沒有任何證據,可以把某些人正在熱議的幾件事,聯繫到新冠疫情上。

但有人說,不管“實驗室泄漏”情況下傳播路徑大概率會是什麼樣子,也不管美國目前的失控狀態很像是首次面對疫情的狀況,病毒會變異啊。確實,變異這事真是個“法寶”。你只要隨便指定病毒如何變異,那它就可以克服重重阻礙,想去哪裡就去哪裡,想怎麼傳播就怎麼傳播。

你可以假設美國泄漏了病毒,而且是低致病性的,所以CDC的檢查、處理不緊不慢,幾個月後搞的演習還是個紙面的,但恰好突變提高致病性,引發了美國超強流感季。

你也可以假設它是低傳播性、低致病性,在美國沒傳開,沒發現,在軍運會也沒傳給其他國家的人,到了武漢社區,突變同時提高了傳播性和致病性。

用這種思路,其實完全可以跳脫什麼軍運會和實驗室,一切路徑都能實現。《瘟疫公司》玩玩可以,千萬別帶到現實世界啊。目前沒有證據證明,新冠病毒曾發生過那些變化。

測序可以幫助我們了解到底有什麼變異,可以了解不同樣本間的關係遠近。

很多人一直盯着Nextstrain.org,這家網站在持續更新全球新冠病毒基因的分析結果,到325日為止,已經有1200多個樣本。而短短幾天前,319日還只有700個樣本。

 

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打開網站,默認的樹狀圖是這樣的,圖中數量較多的紫色點是中國內地樣本,數量較多的紅色點是美國,藍色與其他紫色主要是亞洲國家與地區,橙色主要是美洲國家,黃綠色主要是歐洲、大洋洲國家。

具體歸為什麼地點按發現地算,如果有人從某地出發到了其他國家,才被發現並檢測,那麼就算落地國的。

你可以改變圖的參數、圖的“坐標”或說“分支長度”(Branch Length,比如上圖的橫坐標就是顯示日期的矩形圖,下圖是“極坐標”顯示突變數的輻射圖),選擇顏色表示國家或地區還是其他參數,也可以點在某個樣本上,了解突變、來源、研究作者等相關信息。

 

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如何理解樹狀圖呢?Nextstrain網站上舉了個簡單的例子,如下圖:

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假定你有A-E5個樣本,不同顏色的點,表示基因差異。藍色點是都有的,而根據黃色與青色,可以分成兩組。為何不用綠色與青色分組?因為黃色的範圍大於綠色。

需要注意的是DED是平頭的,E的線長出來一截,表示它還有個獨特的基因,是其他樣本沒有的,拖出來的線越長,基因組也就越獨特,C就是這樣的例子。

看上去很簡單,但如何解讀“樹”也不能想當然。有人看了下面這張圖,就聲稱病毒在歐美的傳播時間長,理由是美國、歐洲的突變數量比中國的高得多。

 

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先澄清一點,突變是一個概率事件,偶然性很大,病毒基因組小、複製周期短、錯誤率高、選擇壓力大,甚至有時還不得不考慮回復突變的概率,變數很多。傳播的時間久,累積的突變數量多,本來也只是一個籠統的說法,不能單憑個別數據推算可能的起源時間,只能整體估計。

更關鍵的是,突變數量和起源地真有關係嗎?假設A國和B國的疾控條件相同,病毒從A國到B國,在3個月裡總共傳了3000人,與本身在B3個月傳3000人,有本質區別嗎?病毒又不認識國境線。

中國樣本的突變數量少,最主要的原因是疫情徹底控制住了,目前只有前期的樣本,等於後半部分傳播的時間被砍掉了。

真正和辨別起源相關的是突變的多樣性,而不是數量。一般而言,突變五花八門,也就是在樹上分支多,那麼很可能更古老一些。

但對於致病微生物,千萬不能獨立看待突變多樣性,同樣要考慮疾控的影響。打個比方,病毒在A地傳播,但傳播的人數有限,傳到B地後,疫情失控,B地的病毒雖然晚,複製的機會卻比留在A地的病毒多得多,那麼複製出錯的機會也就更多,基因多樣性也就上去了。只有看與A地基因樹相連的地方,才能反映B地病毒的真正來源。

有人還指出,圖上一個高達26個突變的美國樣本後來被篡改了。這也是“隔行如隔山”導致的問題。科學工作者遇到一個奇特的數據,也許很興奮,但首先應該質疑數據是否有問題。如果確實出現了重大失誤,理應撤回數據。

不了解基因測序的人,會以為測序必定100%正確,其實根本不是,把基因打斷檢測,再一點點拼起來,真的不容易。中國較早提交的Wuhan-Hu-1樣本,在GenBank里的編號是MN908947,版本號是MN908947.3,更新了三次。

當樣本多了之後,還常有兩個國家的樣本基因相同的情況。我們可以假設下,如果一個龐大的分支,幾乎都來自甲國,在基部有AB兩個相同樣本,A的樣本取自乙國飛到甲國的病例,而且比當地的B發病略早,那么正常的推論是:這是一個乙國來的病例,甲國疫情失控後,導致分支大擴展。

當然,我們不能完全排除一些小概率事件。比如甲國首發病人C,恰好剛感染就出差去乙國傳給A,而且沒有突變,A恰好也是剛感染立即出差去甲國傳給了B。現在ABC序列是一樣的,而時間也沒拉開,因此它們在各自國內的傳播,可能和上一段假設的情況差別不大,那麼如果C沒有被測序,而AB測序了,我們就可能得到差不多的樹,以及相同的從乙國輸入甲國的推論。

唯一的問題是,這樣的小概率假設,科學家不會採信——當然也無法完全排除。科學家的謹慎是有道理的。

另外,好幾個國家在樹的多個分支上都有出現,不能簡單解讀為這些國家是發源地,都需要結合流行病學調查,看看是否多次輸入導致的多樣性。目前的證據沒有顛覆多次輸入的推論。

這麼說,光看“大樹”其實對推測“終極來源”沒什麼用?事實正是如此。“大樹”固然是靠基因之間的比較建起來的,可在一般情況下,後面採集的樣本其實主要是在把“樹”做大,對挖“深”根部沒什麼幫助。也可以擬合曲線,看看可能的最早分化時間,但這是比較粗糙的估計。

 

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最多也就是整體判斷下,“大樹”有沒有什麼“異常”。有些人假定病毒在其他國家先開始傳播,被當成其他疾病,那麼可以推論,即使早期樣本沒有發現,基於它們演化出的新版本,現在還是很有可能被測序,而且與從中國傳播出去的版本有很大不同。但目前還沒有發現此類“疑點”。

在樣本大增的情況下,Nextstrain還是強調:“重要的是,需要強調我們的結論受數據可獲性的限制。在所有病例中,只有一部分得到了檢測。在檢測的病例中,只有一部分樣本得到了測序。在不同地區、不同時段,哪些樣本被檢測、測序可能變化很大。而且,疫情系統樹的建構總是有一定的不確定性。

 

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因此,我們雖然可以解讀樣本之間的親疏關係,判斷他們之間的傳播路徑。但即使是這些用途,也需要小心對待。至於直接推到源頭,就太不靠譜了。

對判斷起源真正有用的,還是要靠早期樣本基因的比對。可由於這個病潛伏期長、有大量可自愈的輕症,早期樣本的進一步發掘很困難。

“零號病人”對新冠病毒來說,意義不大。如果是潛伏期短、病症猛烈的疾病,或許還有一絲可能找到,但對於新冠這樣潛伏期相對較長、輕症多且可自愈的疾病,不大可能找到“零號病人”,或者說找到的很可能不是真正的“零號病人”。

中國一開始對疾病的判斷限定與海鮮市場有關,美國等一開始限定與中國有關,從避免恐慌、避免擠兌醫療資源的角度來說,是可以理解的,但給溯源帶來了更多困難。

現有的早期樣本的比對研究,都無法擺脫這個困擾。而且樣本少的情況下,稍有缺失,就會有很大影響。Nextstrain也舉例,勸告人們在解讀科研數據時要謹慎。

例子是這樣的:假定黃國的病原有三支傳入藍國,如果所有圖上這些點全部測到,相當於開啟“上帝視角”,就能像第一幅圖那樣準確還原全貌。但如果少測了第一幅圖中右側的黃點,那麼就會像第二幅圖那樣,誤認為是單次傳入,而且時間也提前了。更極端的例子是,假如只測到一個黃點,甚至會得出完全相反的結論。

 

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有些先前發表的研究,雖然學者已經給出了很多評價,但這些討論似乎並未充分進入大眾視野。很多人依然在引用“五毒說”和“S型與L型”。這裡也簡單提一下。

被概括為“五毒說”的研究,首先是樣本局限性比較大。因為前面提到的早期樣本被限定在一定範圍,所以武漢樣本基本都與華南海鮮市場有關;而廣東首例、美國的兩個特殊類型都有武漢旅行史。

因此科學家在解讀時,始終是說,華南海鮮市場可能並不是最早的病毒傳播地點,但基本沒有把圈劃出武漢之外。“五毒說”的基礎就不存在。

其次,所用的蝙蝠冠狀病毒序列RaTG13與新冠病毒雖然接近,但要用來確定“祖先”還差得太遠。RaTG13與新冠病毒大約有4%的差異,即1000個以上的核苷酸,而新冠病毒的差異也就十幾個,根本不能確定RaTG13哪些地方與真正的“祖先型”接近。

類似地,還有日本BioData公司的研究。作者也用了RaTG13,但知道溯源肯定不靠譜,因此文章只是探討了病毒多次傳入的現象。

沒想到中文世界裡把它作為溯源證據,驚動了正主,直接用中文闢謠,官方“打臉”。

你也許會懷疑這是不是正主,不是叫“日本川崎生物數據公司”嗎?其實人家原名就叫“日本BioData”,川崎只是所在地而已。你會管中石油叫“中國北京石油”嗎?當然,這和3個月來中文媒體犯的其他錯誤相比,可以說是微不足道了。

至於“S型與L型”的論文,不僅同樣用了RaTG13,導致盲目判斷樣本分化的先後順序,而且犯了低級錯誤,把美國樣本中測序不准、可能是C可能是T的位點,當作既有C又有T,認為同時感染S型和L型。

如果是L型更早,那麼最早爆發的武漢L型多,時間上早期L型多,就都可以解釋了。但原作者堅持認為是S型早,而不審視自己方法學上的問題,不得不拼湊一套傳播力和毒力差異的故事,卻沒有其他證據支持。這套故事引發了各種遐想,可惜一切都建立於錯誤與過多的假設之上。

如果一項研究本身不包括測序工作,而只是基於其他人公開的序列進行測序,其實全世界的科研人員都可以做。搶發一篇漏洞很大的文章,恐怕不是因為手速快、腦子好,而是同行更為嚴謹。這類搶發並不是什麼好風氣。

後來,有報道稱發現了與新冠病毒相似度達99%的穿山甲冠狀病毒,是否就能夠用來比較準確地溯源呢?結果是空歡喜一場。它們僅在編碼E蛋白的基因上99%相似,整體上還不如蝙蝠冠狀病毒。還有研究發現,某些穿山甲冠狀病毒S蛋白(刺突蛋白)的受體結合區域與新冠很接近,蛋白質相似度高達97%。但這些只能說提供了野外重組可能的線索,離真正的源頭還有距離。

我接觸下來,網友熱衷討論的問題,生物學家們基本都“毫無波瀾,甚至有點想笑(也有想哭的吧)”。唯一讓少數人感到有趣的是,冠狀病毒的S蛋白中有個剪切位點,插入了4個氨基酸,被認為可能與致病性有關。

不過,這種“意外”沒有維持太久。3月初發表的研究發現,在狂測了200多個蝙蝠病毒樣本後,取自雲南的蝙蝠冠狀病毒RmYN023個氨基酸插入,雖然有一個不同,但新冠的4個插入一下子就沒那麼“不可思議”了。

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即使生物學家中間,之前對此事的看法也有所不同。搞分子生物學和遺傳學的會比較“重視”這個問題,搞生態的就比較淡定:我們對自然界種群的認識還差得遠呢,在野外種群里一時沒找到插入很正常,接着找唄。

據我所知,有學者試圖從美國的物種里尋找與這4個氨基酸完全一致的樣本。因為文章還沒有寫出來,具體的摸索方向,先暫時保密。但這確實是個溯源的思路之一,祝願他們成功。

不過4個氨基酸數量太少,光憑這個不能完全確定來源,還需要看蛋白質整體的吻合度。王立銘教授也曾提醒,要注意避免“選擇性注意”的錯誤:“只要它們(基因)彼此間的差異不是完全平均分布的,你總能找到一些地方的相似程度超過其他地方,你也總能找到少數幾個地方是完全一樣的。但是這種現象可能僅僅就是隨機的產物”。如果只看4個氨基酸,犯這類錯誤的可能性就會升高。

單單比較蛋白質的氨基酸序列也不夠,同時要比較基因序列。因為有些突變不改變氨基酸序列,基因的差異會比蛋白質顯示的要大。無論如何,如果這個方向能得到確切的結果,確實是一條有趣的線索。

總而言之,真要往前推來源,或證明來源在其他地方,現在有效的方法是:

·檢測美國去年的流感病例

·檢測意大利或其他國家更早的疑似病例

·尋找更接近新冠病毒的野外樣本

可以提供傳播鏈線索的是:

·尋找部分特定片段可能的重組來源

奧卡姆剃刀原則

回顧整個梳理過程,我們可以發現媒體、自媒體、社交平台用戶犯了許多錯誤,比如標題黨、誤解基本原理、不看文獻、不思考方法漏洞等。

而且,很多輕易對病毒來源做出的判斷或懷疑,都是基於對現有信息的誤讀或假設,甚至串聯幾個假設,看似“鐵證如山”“環環相扣”,最後無非推出一個小概率甚至極小概率事件。

科學上一般採用從簡的原則,基於多件小概率事件的推理很難被認為是“合理質疑”。科學家們在工作中也經常需要探討假說,但堆積多重假設的往往不是有價值的假說。

奧卡姆剃刀當然不是萬能的,不必然就正確,但科學上一般要依靠直接證據才能把小概率事件“扶正”。否則整個世界就亂套了,誰都可以舉出符合自己需要的可能性,然後咬定這個答案不可忽略,決策、判斷都無從談起了。

科學無法一勞永逸地擊碎“陰謀論”,因為小概率事件總有存在的空間。舉個例子,絕大部分UFO現象都能得到合理的解釋,科學家既不會也無法斷言UFO肯定不存在。

人們或許會認為,既然世界上熱衷陰謀論或小概率假設的人那麼多,我們為什麼要提高科學素養,拒絕這樣的方式呢?回到開頭,其實已經給出了答案,因為缺乏科學素養可能會傷害自身,比如莫名論定“吃蝙蝠”。

而且衛健事業跨越眾多學科,涉及社會經濟問題,還事關每個個體,極為複雜,要建設人類的“衛生健康共同體”,沒有民眾的科學素養打底將事倍功半。

全球貧困人口大幅下降,主要靠的是中國;全球森林面積增加,主要靠的還是中國;那麼,全球科學素養的提高,為什麼不能靠中國呢?這算是一個中國科普工作者小小的雄心壯志吧。

【研究新冠病毒,需要生物學家、流行病學家、臨床醫生等的通力合作,同樣地,科普工作也需要各方配合。有時,甚至醫生也會誤信媒體上對生物學研究的錯誤解讀,反之亦然。本文只是拋磚引玉,歡迎相關學科的專業人士批評指正,共同探討。

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  謝謝轉貼科普文章  /無內容 - 五十肩 03/31/20 (143)
  又臭又長還沒說,  /無內容 - dunesp 03/31/20 (180)
  幫你補充結語,全球疫病也是“靠”中國(CCP)。  /無內容 - 克佟 03/31/20 (167)
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