2006 年，著名科學雜誌Nature刊登了兩篇文章，描述古生物學研究的一個新發現。這一新發現填補了達爾文進化論的一個空白。

2005 年七月，芝加哥大學的古生物學家Shubin 和他領導的小組在加拿大的Ellesmere 島上尋找古生物化石時，發現了一個很獨特的動物化石. 此動物像魚類，長2.75 米，有鱗，牙，鰓，鰭。它也有不象魚類的地方：有較寬的頭蓋骨，較活動的頸部，眼睛在頭的上部。它有交錯的肋骨形成一個大的胸腔，顯示有肺樣的組織可用於呼吸。它有很長的強壯的軀體，足以支持在陸上活動。當技術員進一步仔細研究胸側的鰭時，得到了一個驚人的發現：鰭里已有初步腳機構的形成，有原始的腕關節和五個象腳趾樣的骨頭。解刨學特徵顯示此生物部分時間生活在水中部分時間生活在陸上。經測定此生物生活在3億7千5百萬年前。這一時間非常重要，根據進化論歷史，3 億到4億年前正是古生物從水生（魚類）到陸生（四角動物，tetrapods）的進化時期。Shubin興奮的說：這不是一個普通的遠古時期的動物界的一個分支，這是人類的祖先。Shubin命名這一新發現的古生物為Fishapod (腳魚)，還有人叫它會行走的魚（walking fish）。

為什麽科學家對此發現如此興奮哪？根據達爾文的進化論，隨着外界生活環境的變化，生物會逐漸產生新的體徵和功能來適應環境，使其得以生存發展。人們在長期的生物進化研究和古生物學的研究中，發掘出了各個進化時期的古生物化石，積累了豐富的生物進化資料。但是已發現的古生物化石是不完全的，在人類6億年的進化歷史過程中，代表某些時期的化石還有待發現。這一點達爾文在世時就認識到了。其中關鍵的一個環節，即記錄正在進行的生物進化轉化過程的證據一直沒有發現。比如說，進化論認為生物是由水生進化到陸生，但一直沒有找到介於水生和陸生之間的動物化石。這一關鍵證據的缺乏，常常被反對進化論者作為論據。Shubin 的發現正好填補了進化論的這一空白。

在生物進化的歷史長河中，新發現的Fishapod生活於泥盆紀即大約3.5億到4.1億年前，在葉鰭魚（Panderichthys, found in Latvia in 1920s）和原始的tetrapods (found in Greenland 20 years ago) 之間。那一時期又稱作魚類的時代，地球上充滿了河流和沼澤濕地，植物也在這一時期從矮小叢生進化到高大的植物和樹林。隨着生態環境的變化，魚類如果可以部分時間在陸上活動自然有它的優越性。

對大多數生物學家，Fishapod的發現並不奇怪，連一些相信天才設計(intelligent design)的科學家也承認發現這種“正在進化（transitional）”的生物化石看來是不可避免的。但是就在shubin的文章發表後，在互聯網上出現了一些反對進化論的言論重複舊有的論點。針對這些言論，紐約自然歷史博物館的古生物學家Novacek說：如果你把creationism作為信條，任何科學發現都不會改變你的觀點，這些人永遠不會被說服。但是還有很多人他們對進化論還沒有固定的看法，Fishapod的發現對教育這些人是很有說服力的。

從廣義的角度來看，從古生物化石的研究到測定人類基因組的序列，進化論奠定了所有現代生物學的基礎。同時進化論又有廣泛的實際應用價值。比如大家都很擔心禽流感病毒H5N1會突變，產生新的可以感染人的病毒，從而造成大規模的流感。科學家們還清楚記得1918年的世界範圍內的流感造成4千萬人死亡的慘痛事實（比死於第一次世界大戰的人還多）。為什麽很多科學家擔心禽流感病毒（只傳播於鳥類和家禽之間）有可能變成在人與人之間傳染的病毒哪？因為從進化論的角度來說是可能的。任何一種生物都在適應環境的過程中不斷的進化演變，適者生存，只有適應環境才能繁衍下去。通過突變或遺傳物質重組，禽流感病毒是有可能獲得能在人身體裡生長的能力的。這樣它適應了新的環境（人體），可以在人體裡生長繁殖。這一能力是“進化來的（evolved）”。對禽流感病毒突變而感染人的擔心並不是杞人憂天，現在已有強有力的證據證明HIV最初是由非洲黑猩猩傳給人的。