台灣針灸研究起步於70年代，以科技界、醫學界為主要研究力量，並於1972年提出“以傳統針灸為基礎，佐以現代醫學之技術及學理，觀察針灸對治療疾病、鎮痛、麻醉的臨床實效，並探討其機理,生化反應，進而找出其作用的機轉”的研究目標。

僅短短幾年，台灣針灸就迅速從臨床研究轉向基礎研究為重點，着重於應用現代醫學知識探討針灸治病的真蒂。他們應用解剖方法、神經生理方法，以宏觀、層次、斷面等各側面對穴位進行分析。在經穴實質的研究方面提出“穴樹”說，發現人體經穴下，除血管與神經交合的束狀組織外，還包含由這個束狀組織向皮下延伸出去的各組織機構，其狀似樹叉，穴樹又分深、淺兩種；分別按病人性別、身高、體重，以電腦斷層掃描背部，進行統計分析，尋找不同體型病人各穴位得氣的安全深度；在探討針灸止痛機理方面，提出外治止痛與神經系統功能、經絡的作用有關等理論，並進一步探討針刺的“強弱關係”、“先入為主”、“占位優勢”等對止痛產生的實質性影響。針灸界還應用“案值儀”等作為中醫研究氣血的工具，以“秦”作為人體能量，即中醫氣血的測量單位；在針灸器材上推廣“無菌包裝用後即棄針灸針”；同時還推出“針灸處方的西化模式”。該模式根據病人的病因、病機、體質和病情，結合經穴的功能和配伍原理，用一種簡便的公式經電腦處理，開出病人針灸主穴、配穴的處方。

台灣針灸研究目前已邁向針灸與物理能量觀念結合的生物能醫學期，發展生物能診療觀念。針灸界認為，應當樹立當代針灸醫生的新形象，提出當代針灸醫生必須具備對人體構造、生理以及物理、化學、檢驗等新觀念、新知識，才能揭示針灸的機理，實現針灸現代化的認知。

台灣中醫人才產生有2條渠道，一是中國醫藥學院培養的學生；一是通過檢定考試和特種考試選拔的中醫人才。

中醫師特種考試類似大陸的自學考制。通過特種考試者產生的中醫師程度參差不齊，大學學歷僅占極少數，大部份是專科、中專、乃至高中、小學的畢業程度。這一部份人，必須再接受1年零6個月的訓練，包括基礎訓練和臨床訓練。基礎訓練內容有：基礎醫學（含生理學、病理學）、新醫學（含各種檢驗報告的判讀）、公共衛生及有關醫療法規等，為時6個月；臨床訓練則以臨床治療為重點（含一般訓練及分科訓練），為時1年。上述2項訓練期滿，才能由衛生署核發中醫師執照。

為提高中醫師對現代醫學的認知，1979年台灣衛生署與中國醫藥學院合辦“中醫師現代醫學進修班”，對志願進修的中醫師給予3～5個月現代基礎醫學教育，介紹現代醫藥新觀念、新知識與新技術，學習使用現代儀器，提高醫療技術。

1987年台灣衛生署下大決心，決定輪訓60歲以下所有在職中醫師，公布了“中醫師進修草案”。規定訓練經費由衛生署提供，進修時間為430學時，授課內容為：現代基礎醫學課程220課時、中醫藥210課時。參加輪訓的在職中醫師分別在周六、周日上課。該計劃的實施將台灣中醫界整體水平提高了一個層次。