自然狀態下，DNA水平上的mutation的發生是隨機的。但作為基因的功能DNA模塊，自然狀態下，短期內發生能改變其功能的非同義突變隨機發生的幾率不大。自然突變由自然選擇決定其保留與否(根據這種突變對該物種生存的利弊平衡)，然而誰說經歷自然突變的某食物(比如某種果子)就一定對人物無害?這完全是兩個概念。Breeding出來的品種，嚴格意義上不算狹義上的轉基因。一般的轉基因食品，主要指轉入一些抗蟲，抗病基因的經濟類農作物加工後的食品。對人體是否有害，目前沒有定論，是因為很難進行大規模長期有針對性的臨床試驗。理論上，某些轉入經濟作物體內的抗蟲基因，對某些pest有特異性毒性，對人體是否有毒性，取決於人類是否有和目標pest基因同源的基因，同源性有多大。
至於人腸道對食物的吸收，這是一個更複雜的問題。因為腸道吸收不是單純的人體自身器官作用，而是腸道和腸道菌落共同作用的結果。不要說轉基因食品，一般的食物，都有可能打破腸道菌落的共生平衡。轉基因食品可能帶來的額外風險，是外源基因在腸道菌落中橫向轉移。如果說吃轉基因食品的風險比吃一半食物高，可能性在於加入經濟性植物的外源性基因，一般都經過修飾，使其有被增強的保守性。那麼在消化道內，外源基因橫向轉移的風險是不能排除的。
總而言之，轉基因食品在目前的研究手段下，是不能排除安全風險的。
