達爾文理論支持者說他們的理論有大量的“科學證據”，美國一些知名的雜誌如“國家地理雜誌”，“科學美國人”都是美國乃至世界非常著名的科普雜誌，它也是達爾文的理論堅定的支持者，它經常發表一些文章告訴讀者什麼是那所謂的“科學證據”。

　　有一個理論說地震是因老鼠叫引起的。如果要證明這個理論正確，證據中最起碼應該在有1) 地震, 2)老鼠叫, 而且老鼠叫應該發生在地震之前，而不是地震之後。地震和老鼠叫的存在只是可能為證據的必要條件，不是充分條件。就是說即使地震和老鼠叫在一個實例中，此證據也可能不能說明如何問題。如果老鼠總是在叫，而地震只是偶爾發生，這個證據就沒有說服力了。如果一個證據只有地震發生或只有老鼠叫, 那麼論證就無必要進行下去，它沒有支持這個理論的必要條件。

　　即然要分析達爾文理論的“科學證據”是什麼，我們一定知道這個理論的含義是什麼。我在《達爾文理論和新達爾文理論》一文中已談到達爾文理論本是關於新物種產生機理的理論，說的是一個新的物種是如何在原有物種的基礎上出現的。達爾文認為變異和自然選擇是因，新物種生成是果。所以如何一個“科學證據”要證明這個理論正確，其中至少有兩點：1)自然選擇2)新物種生成。有了這兩點後，下一步人們才可以爭論自然選擇是不是新物種產生的原因。如果這兩點只有一點存在，那麼根本沒有爭論必要。這樣的例子沒有證明這個理論的必要條件;人們甚至不用理解這些例子到底說了什麼，從邏輯上就知道它不對。我現在就找一些現代達爾文理論支持者常引用的例子，讓讀者了解這些例子到底是怎麼回事。

　　1. 古生物學(化石地質學)

　　化石是保存在地層中的古代生物的遺體,遺蹟或遺物。各類生物的化石,在地層里的出現有一定的順序。但這只能說明生物不是一同來到世間的，每一個生物都可能有自己的祖先。人們不可能由化石來發現新生物產生的機制，不管新生物的到來是不是和自然選擇有關，死去的生物都可能形成化石。即使發現的化石是所謂的“過度化石”，那也不過是說在兩種已知的生物中還有另外一種生物，而不能說明這種新發現的化石是如何產生的。在這些例子中，人們只看到了新物種產生或進化的例子，而沒有自然選擇的影子。這樣的例子根本沒有支持達爾文理論的必要條件。

　　2. 比較解剖證據

　　比較解剖學用比較各個器官系統的方法，來系統觀察、動物間的親緣關係，進一步去尋找動物的進化規律和方向,是研究動物遺傳與進化的重要。比較解剖證據是進化論的三駕馬車之一。即比較解剖學、古生物學(化石地質學)、比較胚胎學(發育生物學)。

　　法國的居維葉(Cuvier)是比較解剖學的奠基人，於1801年出版《比較解剖學教程》，創立動物比較解剖學。他全面系統從事比較解剖學的研究，並確立了器官

　　相互關聯和器官的主次隸屬性的規律。。進化理論中重要的人物，俄國的B.O.科瓦列夫斯基(Ковалевский)解釋馬的進化就是比較用解剖學應用。

　　比較解剖學對找出動物間的親緣關係有幫助，但人們無法從動物間的親緣關係中找出它們產生的機制。動物間的親緣關係只能告訴動物進化的途徑，而不能動物進化的機制。就像化石，它並不能說明生物進化是由自然選擇產生，這樣的證據也根本沒有支持達爾文理論的必要條件。

　　3.遺蹟器官

　　達爾文在《物種起源》和《人類由來》兩部著作中提到了人身上幾個“退化的器官”,認為它們是進化過程中的“遺蹟”。所謂“遺蹟器官”就是指過去某個時候,這些器官是生存所必需的, 但隨着時間的推移和環境的變化,它們的功能逐步退化或完全消失。

　　人們常常列舉人體中有些器官看來似乎沒有用處，例如：盲腸、扁桃腺、副甲狀腺、尾椎骨等。進化論者認為這是人類進化的遺蹟，這些器官過去是有用的，後來人類漸漸進化，那些器官就因無用而退化萎縮，成為殘餘的器官。

　　應該從三方面看這個問題，第一：那些器官是否因無用而退化萎縮?有人有不同意見：

　　“盲腸 (Appendix) 控制腸內一部份的植物纖維，並擔任大腸組織的抗菌工作;扁桃腺 (Tonsils) 提供白血球細胞到咽頭去消滅對人體有害的細菌;副甲狀腺 (Parathyroid Glands) 負責調節鈣和磷酸鹽在血漿中的平衡作用;至於曾被人誤以為是尾巴退化證據的尾椎骨 (Coccyx Bone)，也在人體內輔助肛門括約肌 (Sphincter)，幫助大腸排泄。”

　　第二：有什麼證據是說人類的出始時，這些器官不是現在這樣?有什麼文字流下來這麼說的?所以，器官因無用而退化萎縮並不是事實，而是假設或想象。

　　第三： 即使“遺蹟器官”是隨着時間的推移和環境的變化, 功能逐步退化或全消失而形成，那麼也未必和達爾文理論中的自然選擇有任何關係。由“遺蹟器官”而得出自然選擇靠的是豐富的想象力，是基於拉馬克“用進廢退” 死亡的理論。

　　4.同源器官

　　根據百度百科的定義:“同源器官(homologous organ)指不同生物的某些器官在基本結構、各部分和生物體的相互關係以及胚胎發育的過程彼此相同，但在外形上有時並不相似，功能上也有差別。例如脊椎動物的前肢：鳥的翅膀、蝙蝠的翼手、鯨的胸鰭、狗的前肢以及人的上肢，雖然具有不同的外形，功能也並不盡同，但卻有相同的基本結構，內部骨骼都是由肱骨、前臂骨(橈骨、尺骨)、腕骨、掌骨和指骨組成;各部分骨塊和動物身體的相對位置相同;在胚胎發育上從相同的胚胎原基以相似的過程發育而來。”

　　“陸生脊椎動物的肺和魚鰾也是同源器官。從胚胎發育來看，肺和鰾同出於胚胎期原腸管的突出;從進化上來看，兩棲類的肺是從古代總鰭魚的鰾演變而來。”

　　同源器官對認識生物可能由進化產生和進化的關係是如何，但看不到自然選擇影子。