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《應如何“品味”DNA計算機?》續集一
送交者: 小胖墩 2004年02月05日18:59:13 於 [教育學術] 發送悄悄話

首先非常高興看到《新年又放新衛星——評所謂的“DNA計算機”(修改版)》中,小哥在作料里加了一些“糖”,把 “罵街”的話去掉了,味道的確有些兩樣。改錯就好!但是,在(修改版)又出現了連篇的不符合事實的信口開河!

有一點感到奇怪的是,為什麼兩次的作者會不一樣?一個叫bsSEU,而另一個則叫abing?後來一了解,原來冤枉了“北大人”,此人是交大的。這就讓交大人費解了,一般認為“娘”再丑,再有缺點,這個世上基本上不會有孩子把“娘”一棒子打死。而現在的“娘”剩下的只有賣“昂立一號“的本事了。看後心理很不好受,阿胖肯定不願意只是賣“昂立一號”大學的畢業生,不知其他學友或學長是怎樣想的?反過來,小哥的兩篇作品到真把阿胖的感情推到了與交大“合”的境地,以下就逐段分析一下小哥以為在網上就可以說話不負責任的地方。

雖然(修改版)對DNA computer的認識有了一些進步,但盡力擺弄的“知識”還是未能解釋清楚DNA computing 和 DNA computer間的關係?從Adleman 1994年在Science 雜誌寫了篇名為“Molecular computation of solutions to combinatorial problems”至今一共才10年還差一點,怎麼會連我們班上所有人都清楚的任何一個新學科發展所應遵循的基本規律的常識,可小哥偏偏就如此糊塗?當然也有可能是由於小哥的耐心不夠?

小哥還提到:“……DNA計算機相關的論文一時間成為計算機學家和生物學家研究的熱點。但很遺憾,從提出想法到現在所謂的DNA 計算機一直只是試管中的玩物,實在令人想象不出其取代電子計算機的可能性(可能偶過於悲觀吧)。” 我查了許久,沒有查到有人在探討”取代電子計算機的可能性”?小哥除了過於悲觀外,可能還過於多情了?

另一點更值得小哥注意:在一件事還沒有用事實扯完的時候,又在毫無根據的基礎上把水稻基因測序 “國家可以投資兩億元買些機器回來測什麼水稻基因” 也搭上了。有不同觀點沒關係,但一定要有依有據說話(這一點我們的確都應該向方舟子學習),不要以為在網上用筆名就可以亂講亂說而不負法律責任。至於800萬(100萬美元不到),聽說在美國僅是一般課題組長手上的經費,在中國也是常聽到數值,但不知道對研究 “DNA計算機”是否合適?阿胖沒有資格評說,但也沒有習慣憑想象評頭評足。倒也不妨考慮把這個“錢”投到小哥的專業試試看,當然希望小哥如果能把自己專業和發表論文記錄給大家鑑賞一下?在與上海市科委了解時得知他們還投了另外兩個800萬“交叉學科知識創新經費”給了復旦和中科院,小哥如果聽到那兩個課題的題目後可能更要氣的發瘋,大叫“一塌糊塗”了!

小哥又說:“有人引“2001年由以色列魏茨曼研究所首先完成的基於DNA分子的自動機模型被評選為當年的國際十大新聞併入選為世界上最小生物計算機的吉尼斯記錄”作為支持DNA 計算機的證據,偶不僅好笑,這是做科學研究阿,可不是搞什麼炒作,怎麼連這種不入流的吉尼斯紀錄和“十大”評選都拿來了呢?”。對此又費了阿胖一番時間調研,得到的結論是:如果有人用國際十大新聞併入選為世界上最小生物計算機的吉尼斯記錄”作為支持DNA 計算機課題申請的證據,連國內的第一道專家關也過不了。請問小哥說這番話的出處?又是一個毫不負責的發揮想象?而且,即使新聞界客觀反映一下曾經有過這樣一個記錄的事實,可以嗎?這些信息正好也反映了此類研究的受重視程度,不是嗎?再者,怎麼2001年有證據表明DNA 計算機還是最熱之一的一道菜,到小哥你的口裡就變成涼的了呢?請問小哥把“菜”變涼的證據又在哪裡?又憑想象?

如果再看一下小哥的“交大研究“DNA 計算機”在中國不是第一家,國內研究“DNA 計算機”也有了幾年的歷史了,可是過去國內那些論文實在令人汗顏,偶害怕外人恐怕因此而懷疑中國的科研素質。”這句話的具體含義是什麼?是準備護着中國人的面子而不把文章題目透露出來嗎?並且,小哥設法把查文章的網也封閉了以免做無用功?還是小哥推斷中國人根本不可能做出好的研究?或者是只有目前這篇論文要比過去的好?講話總希望他人聽個明白,對嗎?

另外,小哥你覺得“至於現在那一篇Linearly programmed DNA-based molecular computer operated on magnetic particle surface in test-tube. Chinese Science Bulletin 49(1):17-22, 200偶看不到全文,不過可以通過新聞知其大概。”這樣的話能拿到桌面上嗎?沒訂購PDF版本查不到全文,難道不可以到圖書館跑一趟嗎?這是依賴通過新聞做判斷的藉口嗎?真不知小哥是如何受的科學訓練?特別是當看到小哥用3個月都改不出一篇論文稿的水平時,真不知你是站在科學圈子裡談科學還在其他什麼地方?即使以這種速度種農活,農民都會嫌慢,不是嗎?

對於你的:‘新聞上是這麼寫的:“據悉,這一DNA 計算機是在以色列魏茨曼研究所的DNA 計算機的基礎上進行改進後完成的,其中包括用雙色熒光標記對輸入與輸出分子進行時檢測,用測序儀對自動運行過程進行實時監測,用磁珠表面反應法固化反應提高可控性操作技術等,以至最終在一定程度上完成模擬電子計算機處理0,1信號的功能,並可能來通過計算芯片技術把電子計算機的計算功能進行本質上的提升”這一段話,阿胖有些懶得回答,但還是幫你找到了答案:

《送交者: bluesea 於 February 02, 2004 06:09:54: 搞計算機都很清楚的一件事情,那就是硅芯片由於其物理特性,很快就要到應用的極限了。摩爾定律如果再想維持更久點的話我們必須尋求其他材料和辦法。另外現在大家都不再滿足只有0,1的計算。從智能開發角度來說顯然大家希望有功能更強大的計算機。
這些任務在計算機界中可以說不是未來式,而是現在迫切需要的。當然我不是說交大的DNA計算機就沒有搞假的可能,可是北大BBS的指責顯然沒有任何依據,只是字面推敲。這種功夫不是好漢所為啊。 》
《送交者: Andrew 於 February 02, 2004 07:01:09: 回答: 新到裡面對上交的DNA計算機批評不足取。 由 bluesea 於 February 02, 2004 06:09:54:
DNA Computer和DNA Computing不一定是一個概念吧?北大BBS的作者不知道有沒有讀新聞所報導的所謂DNA計算機所指的論文,如果僅僅根據新聞評判是不夠嚴謹得,國內的新聞大家又不是不知道。論文鏈接如下:http://www.scichina.com/ky/0401/ky0017.stm實際上該論文所講述的工作主要是在2001年以色列魏茨曼研究所在Nature上所發論文報導的圖靈機的一些模仿和改進,所以發在科學通報上也能理解,至於新聞上怎麼吹牛,那是國內學術界風氣使然,為了多爭取經費,放放“衛星”也是常有的事情,但評論的人除了看到新聞而‘義憤填膺’之外,最好冷靜下來讀讀原始論文,才好客觀評價,這樣才對國內學術發展有更多益處。現階段個人對什麼DNA計算機不報太大希望,不過利用DNA做材料實現DNA computing, 在生物醫學應用領域還是有一定前景得。論者所說利用鹼基配對原理倒是沒錯,說到底現在大量的生物學方法都是基於這個原理,DNA Computing 基於此總不能到成它的錯了吧。作者可能對除了PCR之外其它的生物學方法並不是很了解吧。2001年的Nature和這篇科學通報也涉及了一些其它基本生物學技術。》

小哥最後的觀點甚至走向更怪異了:“學科間能不能交叉?像我這樣搞研究的小爬蟲沒有資格亂說。不過一些研究生物學幾十年的老教授認為,“生物學本質上還是試驗性的科學,不是隨便可以搞交叉學科研究的”。 這樣的話的出處在那裡?是不是就是不能搞交叉的根據?是不是就是否定某一交叉課題不該執行的依據?越說越離譜了,因為連我們這一代人都會很容易得出這可能代表了一種非常低級和狹窄的思維的結論?阿胖真擔心,小哥這樣下去也許今後找工作都會遇到困難!但是阿胖還是不願意小哥變成了”小爬蟲“,因為” 小爬蟲“爬的軌跡與人行走的軌跡區別的確太大了!

快結束前,把小哥的第一段內容再拿出來看看:“此前鄙人寫了篇同名文章,本來是因為看了那篇新聞實在受不了,所以就來發發牢騷諷刺一下。不想一時竟激起無限波瀾,還上了新語絲。原文不過隨手寫寫而已,今日為此重新修訂此文,也對我本來的意思做一個澄清“。咱們都知道中國和世界的新聞界都有他浮誇的一面,但小哥如看了中科院辦的《科學時報》(http://www.sciencetimes.com.cn/),就會發現科學院還真是了不起,文字處理就相對嚴謹(當然如果想找毛病還是不會有問題的)。小哥能否估計一下有幾個人看後會像你一樣“實在受不了”?小哥難道真是有人所授予的“jealousy”一類的人?實際上中國也不應該例外,適量地用一般陳述性的方法報道一些科學研究進展也是必要的,但是要嚴控媒體中的那些不道德傢伙。

總之,分析歸納到現在仍理不出一條小哥到底想表達什麼的主線?打假?反學術腐敗?反新聞報道?反研究經費的分配?DNA計算機研究僅是PCR反應不過是“開開玩笑”?反對仍處在試管階段里的DNA計算機做下去?支持仍處在試管階段里的DNA計算機做下去,但提醒人們有難點?反中國科學?反科學系統?反交大?反政府?隨便罵罵街發發泄?但是不管怎麼說,小哥這次還是努力把“糖”多放了一些,僅是不巧放過了!這樣不僅不能滿足阿胖本人的口味,可能也難滿足中國學人的口味,因為聽說講學術問題時,信口開河、不負責任也屬於一類學術腐敗?說心裡話現在越分析小哥的“隨意”,越感覺到在浪費時間。儘管如此,阿胖還是努力做好了《應如何“品味”DNA計算機?》續集二的準備以等待小哥的《新年又放新衛星——評所謂的“DNA計算機”(再修改版)》的問世!

在說再見前,阿胖衷心地希望小哥能像一位名為Jiajie的人所寫的:However, I don’t think BsSEU(小哥) has really got any bad mind and believe that he will behavior well in future. He can still try to be a good scientist on the basis of self-mind-based broad knowledge.

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