刚参加了RECOMB(REsearch in COMputational Biology)2001会议。
看见前面有人介绍了生物信息学的情形，我也来凑个热闹，谈谈观感。

这次会议在加拿大Montreal举行，会议主席是computational biology的
元老之一， Montreal大学的David Sankoff，程序委员会包括19位
世界范围的计算生物学家，有Thomas Lengauer担任主席。会议持续
4天(4.22-4.25)，包括9个特邀报告和40个论文报告。这里我首先介绍
三个邀请报告的内容：

MIT的Philip Sharp因发现断裂基因而获得诺贝奖。在第一天的会议上，他给了杰出
生物学报告，题目是RNA Biology and the Genome。他重点介绍了RNAi
(RNA interference)在功能基因组学中的应用,通过引入短的双链RNA
抑制特定基因的表达，来研究基因的功能。Amazing的是，这种实验很容易进行，
例如feeding the worm就可以进行。Sharp小组系统研究了RNAi的分子机制，
发现RNAi与co-repressor路径相关。看来这是一个比较有趣的技术。有趣的是，
Sharp是化学博士。

Harvard Medical School的George Church在第二天给了题为“Hunger for new technologies, metrics, and spatiotemporal models in functional genomics”
的计算生物学的报告。Church广泛报告了功能基因组中的问题，从 mircoarray
到gene network和proteomics等。

Celera的VP Mark Adams在最后一天给的是杰出生物技术讲座“The Sequence of the Human Genome”。主要介绍了Celera测定人类基因组和SNP发现的策略。

Sharp和Church看起来属于两种类型的研究者(大概算Hayek所谓的
“狐狸”和“刺猥”吧)，Sharp特别深入的研究一个问题：RNA splicing
他所有的研究都可以从这里展开，不管是生物信息学的研究，如
基因预测，还是生物技术的研究，如RNAi，都与RNA splicing
息息相关。而Church则兴趣广泛，其研究小组包括60以上
的研究人员，几乎就象一个小的Biotech公司。而他们的研究内容
也几乎涵盖功能基因组学的所有内容，如microarray,mass spectrumetry,
metabolic analysis,etc.

其他的特邀报告的意思不大。值得一提的还有两个：U. Montreal
的Franz Lang，提出了很有意思的问题,利用比较基因组学来预测
保守RNA二级结构的功能。Roche的总裁则强调了公众遗传学教育的
重要性。

RECOMB2001共有超过600人参加，比上次会议(在日本东京举行)时增加了一倍。
据估计下次会议(在Washington DC举行)时人数要超过800人。由此可见，计算
生物学已经成为人们的研究领域之一。RECOMB的目的之一是把生物学(特别是基因
组学)和计算科学的研究人员聚在一起，通过讨论和脑力激荡产生新的重要问题
及解决方法。RECOMB除了有特邀报告外，还有论文报告，每次大约会选择40片
左右的论文，并邀请作者到会演讲。今年投稿的文章超过150片，入选率约为1/4。
我的报告被安排在最后一天，直到会议开始后，我还在准备幻灯片，真有
点临时抱佛脚的意思。

第一天论文报告的主题是蛋白质结构和分子相互左右。我们组的TING CHEN报告了
用Tandem Mass Spectrum结合化学铰链技术来研究蛋白质结构及其相互作用的
方法和计算问题，因为他的报告已经听过好几次了，虽然很精彩，但缺点新鲜感。
Bonnie Berger研究组曾经首先发展序列分析方法预测 Coiled Coil的蛋白质结构，
这次她们运用类似的统计方法预测了另一类重要的结构MOTIF，Beta-Helix fold.
Peter Kim研究小组则报告了从基因组序列上预测相互作用的Coiled Coil蛋白。
Celera的Sorin Istrail小组报告了进行序列无关的蛋白质结构比较的新算法。
还有两个报告则是关于利用NMR结果帮助蛋白质结构预测与分子对接。RECOMB一般
并不将重点放在蛋白质结构计算上，因此第一天的报告未有特别精彩之处。Micheal
Waterman倒是对Bonnie Berger的方法很有兴趣，声称可以用HMM来改进。