2006 年，著名科学杂志Nature刊登了两篇文章，描述古生物学研究的一个新发现。这一新发现填补了达尔文进化论的一个空白。

2005 年七月，芝加哥大学的古生物学家Shubin 和他领导的小组在加拿大的Ellesmere 岛上寻找古生物化石时，发现了一个很独特的动物化石. 此动物像鱼类，长2.75 米，有鳞，牙，鳃，鳍。它也有不象鱼类的地方：有较宽的头盖骨，较活动的颈部，眼睛在头的上部。它有交错的肋骨形成一个大的胸腔，显示有肺样的组织可用于呼吸。它有很长的强壮的躯体，足以支持在陆上活动。当技术员进一步仔细研究胸侧的鳍时，得到了一个惊人的发现：鳍里已有初步脚机构的形成，有原始的腕关节和五个象脚趾样的骨头。解刨学特征显示此生物部分时间生活在水中部分时间生活在陆上。经测定此生物生活在3亿7千5百万年前。这一时间非常重要，根据进化论历史，3 亿到4亿年前正是古生物从水生（鱼类）到陆生（四角动物，tetrapods）的进化时期。Shubin兴奋的说：这不是一个普通的远古时期的动物界的一个分支，这是人类的祖先。Shubin命名这一新发现的古生物为Fishapod (脚鱼)，还有人叫它会行走的鱼（walking fish）。

为什麽科学家对此发现如此兴奋哪？根据达尔文的进化论，随着外界生活环境的变化，生物会逐渐产生新的体征和功能来适应环境，使其得以生存发展。人们在长期的生物进化研究和古生物学的研究中，发掘出了各个进化时期的古生物化石，积累了丰富的生物进化资料。但是已发现的古生物化石是不完全的，在人类6亿年的进化历史过程中，代表某些时期的化石还有待发现。这一点达尔文在世时就认识到了。其中关键的一个环节，即记录正在进行的生物进化转化过程的证据一直没有发现。比如说，进化论认为生物是由水生进化到陆生，但一直没有找到介于水生和陆生之间的动物化石。这一关键证据的缺乏，常常被反对进化论者作为论据。Shubin 的发现正好填补了进化论的这一空白。

在生物进化的历史长河中，新发现的Fishapod生活于泥盆纪即大约3.5亿到4.1亿年前，在叶鳍鱼（Panderichthys, found in Latvia in 1920s）和原始的tetrapods (found in Greenland 20 years ago) 之间。那一时期又称作鱼类的时代，地球上充满了河流和沼泽湿地，植物也在这一时期从矮小丛生进化到高大的植物和树林。随着生态环境的变化，鱼类如果可以部分时间在陆上活动自然有它的优越性。

对大多数生物学家，Fishapod的发现并不奇怪，连一些相信天才设计(intelligent design)的科学家也承认发现这种“正在进化（transitional）”的生物化石看来是不可避免的。但是就在shubin的文章发表后，在互联网上出现了一些反对进化论的言论重复旧有的论点。针对这些言论，纽约自然历史博物馆的古生物学家Novacek说：如果你把creationism作为信条，任何科学发现都不会改变你的观点，这些人永远不会被说服。但是还有很多人他们对进化论还没有固定的看法，Fishapod的发现对教育这些人是很有说服力的。

从广义的角度来看，从古生物化石的研究到测定人类基因组的序列，进化论奠定了所有现代生物学的基础。同时进化论又有广泛的实际应用价值。比如大家都很担心禽流感病毒H5N1会突变，产生新的可以感染人的病毒，从而造成大规模的流感。科学家们还清楚记得1918年的世界范围内的流感造成4千万人死亡的惨痛事实（比死于第一次世界大战的人还多）。为什麽很多科学家担心禽流感病毒（只传播于鸟类和家禽之间）有可能变成在人与人之间传染的病毒哪？因为从进化论的角度来说是可能的。任何一种生物都在适应环境的过程中不断的进化演变，适者生存，只有适应环境才能繁衍下去。通过突变或遗传物质重组，禽流感病毒是有可能获得能在人身体里生长的能力的。这样它适应了新的环境（人体），可以在人体里生长繁殖。这一能力是“进化来的（evolved）”。对禽流感病毒突变而感染人的担心并不是杞人忧天，现在已有强有力的证据证明HIV最初是由非洲黑猩猩传给人的。