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科学与宗教形成对立始于18世纪的启蒙运动时期。以启蒙运动思想家猛烈批评天主教统治的中世纪为标志。但是，当时的科学家并没有加入这种批判。直到19世纪，一些科学家才开始对宗教表现出敌意。

提到中世纪，人们头脑中立刻浮现出的形容词无非是“黑暗、蒙昧”，几乎一无是处。

一般认为，欧洲历史上的中世纪指的是从西罗马帝国灭亡(公元476年)到文艺复兴时期(公元1453年)为止。由于封建割据和频繁的战乱，这段时期欧洲科技和生产力水平低下，文明发展缓慢。另外，天主教内部的专制腐败也比较严重。因此，在17、18世纪启蒙运动中的康德和伏尔泰的作品中，把这段时期称作“黑暗时期”。

不过，天主教的改革者从一开始就不同意这种说法，在他们眼中，中世纪是一个社会与宗教和谐的美好时期，不但不黑暗，而且充满了光明。到了19世纪初浪漫主义运动兴起，这段时期更被描绘为充满了人与自然和谐相处的田园牧歌般的诗情画意。

启蒙运动思想家对中世纪的批判有点矫枉过正的倾向，自有其政治目的。新的历史研究渐渐纠正了人们头脑中固有的偏见。现在，很多历史学家和思想家认为，只有中世纪初期才可以称作真正的黑暗时代，而西方社会自11世纪开始就已经进入文化复兴时代。因此真正称得上“中世纪黑暗时期”的是从公元410年（或455年）到公元754年（或800年）。

天主教会对欧洲政治、文化的积极影响不容抹煞。德国历史学家弗兰赞在《圣教历史》中写道“天主教会是古代到中世纪欧洲文化继承的唯一纽带。”“欧洲在十九世纪重新发现了中世纪伟大光辉的成就。”“对此我们感到惊异，只有无知和成见才会坚持认为是黑暗的中世纪才会把愚昧和天主教联系在一起。”

美国学者斯塔夫里阿诺斯（Stavrianos）所著《全球通史》认为导致西方古典文明崩溃和进入黑暗的主要原因是日尔曼人、匈奴人、马扎尔人等蛮族的入侵。但是正是这样的入侵才使得西方古典文明被永久湮灭，从而被一种崭新的文化所代替，使得“西方在近代跑到了世界的前列”。他所认为的黑暗时代是从公元五世纪到公元1000年左右。

美国威尔杜兰（Will Durant）夫妇在他们所著的《世界文明史》中认为，基督教并没有带来罗马帝国后期和中世纪初期的倒退，相反，基督教曾起了非常积极的作用。“文化后退的基本原因不是基督教，而是蛮族习俗；不是宗教，而是战争。蛮族入侵的浪潮毁灭或弄穷了城市、修道院、图书馆、学校，而使得学者或科学家无法从事其工作。如果不是基督教会在这个崩溃中的文明维持了某种程度的秩序，则其破坏性可能更为严重。”他们引用安布罗西的话说：“在世界的动乱之中，基督教会毫不受动摇；波浪不能撼动它。而在其周围，每件事物都是陷入可怕的混乱，它向所有遭遇船难的人提供一个平静的港口，使他们可以得到安全。”

德国思想家瓜尔蒂尼（Romano Guardini）在《现代世界的结束》一书中说：“时下一般看法中，中世纪不外乎是原始的天真与狂热的想象的混合；有权势的人张牙舞爪，在下的百姓则是怯懦卑屈。但是这种看法根本不合乎历史实情。要公正地判断一个时代只有一个标准：即问这个时代能让人的尊严发展到怎样的程度？唯有这标准永远是公正的。所以，以任何时代的标准来看，中世纪的成就是宏伟的，它是人类历史中最崇高伟大的时期。”

因此，从某种意义上说，所谓的“黑暗中世纪”实在是被启蒙运动的思想家有意抹黑的。1784年康德在《什么是启蒙》一书中指出，启蒙就是使人们脱离未成熟状态，把人们从迷信或偏见中解放出来。启蒙运动的倡导者认为启蒙运动的目的是引导世界走出充满着传统教义、非理性、盲目信念、以及专制的黑暗时期。

不能不承认，天主教在其发展过程中，一些人为的清规戒律在一定程度上阻碍了科学的发展，压抑了人性，中世纪甚至发生了许多迫害科学家的事件，比如布鲁诺在火刑柱上被烧死。但是，如果人们不抱偏见来看这一段历史，就不难发现，天主教在这一时期一直是社会稳定的中坚力量，并推动着人类文明的进步。

启蒙时代的学者和文艺复兴时代的学者相比有很大的不同，他们不再借助于宗教来帮助文学和艺术复兴，而是力图以经验加理性思考，使知识体系独立于宗教的影响之外，从而建立自己的道德、美学和思想体系。这个时期的文化批评家、宗教怀疑论者、政治改革思想家联合起来，猛烈批判封建的社会制度和政治制度，抨击中世纪的神学教条，幻想建立一个合乎理性的社会和国家。

罗马天主教会在启蒙运动中受到了猛烈的批判。传统的基督信仰受到哲学家和怀疑论者的攻击。无神论的自然观在法国的一小部分知识分子中成为一种时尚。 1882年，德国存在主义哲学家弗里得利希尼采在《快乐的科学》一书中宣称：“上帝死了！”并且认为，“一切的价值都必须重新评估。”“我们的后人将生活在一个前所未有的更高尚的历史之中！” 可惜的是，尼采的预言没有实现，他们的后人不仅没有生活在更高尚的历史之中，反而在道德相对主义的影响之下一步步走向了堕落的深渊。

“活着的上帝”对整个西方文化，特别是对于西方人的道德灵性生活来说具有极为重要的意义。上帝在西方世界一直是人们的精神支柱、道德理想之终极寄托。如果上帝真的“死了”，人们就失去了与超验领域的精神联系，一切与之相关的艺术和文学表达主题就将失去根基。而对于西方人来说，没有价值基础的道德生活简直是不可想象的。

德国思想家韦伯曾提出了这样发人深省的问题：在一个科学至上的新时代，道德价值的根据究竟是什么呢？在这样一个人类历史前所未有的、既无上帝又无先知的当代环境中，我们学会了在上帝“缺席”的情况下生活了吗？科学能够完全代替上帝的角色吗？答案是否定的。科学能够告诉人们的仅仅是经验事实，完全是中性的，无所谓对与错。这就是所谓的工具理性的特征。例如，科学可以告诉人如何治疗疾病，也可以帮助人杀人；科学可以告诉人如何克隆人，但它不会告诉人应不应当克隆人。科学更不赋予人生以任何意义。

弗洛依德曾经说过：科学上的“重大发现”往往带来对“人类尊严”的重大打击。哥白尼的日心说把地球从“宇宙的中心”迁到了一个微不足道的角落，而达尔文的生物进化论则让人们知道我们的祖先并不高贵，不过是一种猿。

完全挣脱精神枷锁的现代人在获得自由以后，突然发现找不到自己在宇宙中的地位了，于是惶惶然不知所以。哲学家们早就意识到了这个问题的严重性。康德就问，在严格受着由科学所提供的自然法则限制的世界上，人的自由、尊严和价值在哪里？原来由上帝保证的东西，科学理性能够提供吗？当上帝被迫逊位，而理性却不能登基的时候，人类就将面临虚无主义的威胁。尼采就说，“我们越是培植起理性，也就越多地培植起虚无主义，我们也就越难以成为社会的忠诚一员。”

“上帝被迫逊位”后，人们在自由的生活中，道德状况已经发生了重大变化，人们的历史观和道德评判标准也发生了巨大变化。美国政治哲学家施特劳斯指出，人们已经习惯于用“进步还是倒退”的区别取代了传统社会的“好与坏”的区别。这在我们中国的意识形态中表现得最为明显。“先进”和“落后”是一对反义词。前者是褒义词，后者是贬义词。由于这种观念深人人心，现代人常常忘记了“好与坏”的标准在逻辑上本应该先于“进步还是倒退”的标准，进步的不一定是好的，落后的也不一定就是坏的。只有先有“好与坏”的判断标准才有可能判断某一历史发展变革究竟是人类的进步还是败坏。可是，当这个“好与坏”的绝对标准被推翻后，人们已经找不到一种合适的判断标准了。

当人失去了对上帝的信念以后，自然就失去了崇高向上的精神道德力量，于是专注于今生的情欲和眼前的物质享受。“我们吃喝快乐吧！因为明天就要死了。 ”（赛22：13）现代人的毕生追求及其成就感无不与赚钱消费活动紧密相关。随着技术意识形态对现代社会全面的统治，人类的价值追求发生了深刻的转变，传统的价值如勇敢、忠诚、勤奋、节俭、诚信、责任感等越来越被“有用价值”所取代。发展经济成了人类社会最主要的活动，经济价值在人类整个价值体系中占据着最高地位。人的社会价值则取决于他受过什么教育，从事什么职业，挣多少钱；道德观念在竞争规则中缺失，人们所推崇的成功者的特性无非是聪明、灵巧、狡诈以及娴熟的操作技巧等等；而失败者则往往是那些固守传统道德、喜好沉思、谨小慎微、追求完美、或者身体有残疾的人。